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- EMDB-33468: cryo-EM structure of HK022 putRNA-less E.coli RNA polymerase elon... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33468
タイトルcryo-EM structure of HK022 putRNA-less E.coli RNA polymerase elongation complex
マップデータlocal-filtered map after post-process
試料
  • 複合体: HK022 putRNA-less E.coli RNA polymerase elongation complex
    • 複合体: E.coli RNA polymerase
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alphaポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit betaポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'ポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omegaポリメラーゼ
    • 複合体: DNA/RNA
      • DNA: non-template DNA
      • DNA: template DNA
      • RNA: RNA (nun gene and immunity region)
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation ...RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / 運動性 / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 ...DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / Shamshuipovirus HK022 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å
データ登録者Hwang S / Kang JY
資金援助 韓国, 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2019R1F1A1064026 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2019M3E5D6066058 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2021R1C1C100656011 韓国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM109824 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM103314 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis of transcriptional regulation by a nascent RNA element, HK022 putRNA.
著者: Seungha Hwang / Paul Dominic B Olinares / Jimin Lee / Jinwoo Kim / Brian T Chait / Rodney A King / Jin Young Kang /
要旨: Transcription, in which RNA polymerases (RNAPs) produce RNA from DNA, is the first step of gene expression. As such, it is highly regulated either by trans-elements like protein factors and/or by cis- ...Transcription, in which RNA polymerases (RNAPs) produce RNA from DNA, is the first step of gene expression. As such, it is highly regulated either by trans-elements like protein factors and/or by cis-elements like specific sequences on the DNA. Lambdoid phage HK022 contains a cis-element, put, which suppresses pausing and termination during transcription of the early phage genes. The putRNA transcript solely performs the anti-pausing/termination activities by interacting directly with the E.coli RNAP elongation complex (EC) by an unknown structural mechanism. In this study, we reconstituted putRNA-associated ECs and determined the structures using cryo-electron microscopy. The determined structures of putRNA-associated EC, putRNA-absent EC, and σ-bound EC suggest that the putRNA interaction with the EC counteracts swiveling, a conformational change previously identified to promote pausing and σ might modulate putRNA folding via σ-dependent pausing during elongation.
履歴
登録2022年5月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月10日-
マップ公開2022年8月10日-
更新2022年8月31日-
現状2022年8月31日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33468.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33468.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 98.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.007
最小 - 最大-0.07806769 - 0.1167621
平均 (標準偏差)0.00012893918 (±0.002312019)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ296296296
Spacing296296296
セルA=B=C: 313.75998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HK022 putRNA-less E.coli RNA polymerase elongation complex

全体名称: HK022 putRNA-less E.coli RNA polymerase elongation complex
要素
  • 複合体: HK022 putRNA-less E.coli RNA polymerase elongation complex
    • 複合体: E.coli RNA polymerase
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit alphaポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit betaポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'ポリメラーゼ
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase subunit omegaポリメラーゼ
    • 複合体: DNA/RNA
      • DNA: non-template DNA
      • DNA: template DNA
      • RNA: RNA (nun gene and immunity region)
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: HK022 putRNA-less E.coli RNA polymerase elongation complex

超分子名称: HK022 putRNA-less E.coli RNA polymerase elongation complex
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
分子量理論値: 440 KDa

+
超分子 #2: E.coli RNA polymerase

超分子名称: E.coli RNA polymerase / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#7
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #3: DNA/RNA

超分子名称: DNA/RNA / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3

+
分子 #1: non-template DNA

分子名称: non-template DNA / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Shamshuipovirus HK022 (ウイルス)
分子量理論値: 54.756973 KDa
配列文字列: (DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC) (DC)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DC) (DT)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DT)(DA) (DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA) (DG)(DT)(DA)(DC)(DA) ...文字列:
(DG)(DC)(DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC) (DC)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DC) (DT)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DT)(DA) (DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA) (DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA) (DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DC)(DC)(DA)(DT)(DA) (DG)(DA) (DC)(DG)(DA)(DA)(DC)(DG)(DG) (DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA)(DC) (DC)(DA)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DG)(DC)(DG) (DG)(DG)(DT)(DT)(DC) (DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DG) (DG)(DC)(DA)(DA)(DT) (DG)(DC)(DT)(DG) (DC)(DT)(DC)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DC)(DG) (DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG) (DC)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DT) (DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DC)(DG)

+
分子 #2: template DNA

分子名称: template DNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Shamshuipovirus HK022 (ウイルス)
分子量理論値: 54.512855 KDa
配列文字列: (DC)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG) (DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DC)(DC) (DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG) ...文字列:
(DC)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG) (DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG)(DC)(DC) (DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT)(DA) (DA)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DA) (DT)(DT) (DG)(DC)(DC)(DG)(DT)(DT)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DC) (DC)(DG)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT) (DC)(DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DT) (DG)(DG)(DT)(DT) (DT)(DA)(DA)(DA)(DG) (DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DC)(DG)(DT)(DT) (DC)(DG)(DT)(DC)(DT) (DA)(DT)(DG)(DG) (DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG) (DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DA) (DA)(DA)(DG) (DT)(DT)(DC)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DG) (DT)(DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DA) (DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DA)(DG)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT) (DC)(DA)(DT)(DG)(DC)

+
分子 #3: RNA (nun gene and immunity region)

分子名称: RNA (nun gene and immunity region) / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Shamshuipovirus HK022 (ウイルス)
分子量理論値: 30.714211 KDa
配列文字列:
AUAGACGAAC GGCGCGUCUU UAAACCAUGC GUCGGGAGCG CGGCGGGUUC AGGAUGAACG GCAAUGCUGC UCAUUAGCGA GAAGGCUUU UUUGCU

+
分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
分子量理論値: 36.55868 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MQGSVTEFLK PRLVDIEQVS STHAKVTLEP LERGFGHTLG NALRRILLSS MPGCAVTEVE IDGVLHEYST KEGVQEDILE ILLNLKGLA VRVQGKDEVI LTLNKSGIGP VTAADITHDG DVEIVKPQHV ICHLTDENAS ISMRIKVQRG RGYVPASTRI H SEEDERPI ...文字列:
MQGSVTEFLK PRLVDIEQVS STHAKVTLEP LERGFGHTLG NALRRILLSS MPGCAVTEVE IDGVLHEYST KEGVQEDILE ILLNLKGLA VRVQGKDEVI LTLNKSGIGP VTAADITHDG DVEIVKPQHV ICHLTDENAS ISMRIKVQRG RGYVPASTRI H SEEDERPI GRLLVDACYS PVERIAYNVE AARVEQRTDL DKLVIEMETN GTIDPEEAIR RAATILAEQL EAFVDLRDVR QP EVKEEKP EFDPILLRPV DDLELTVRSA NCLKAEAIHY IGDLVQRTEV ELLKTPNLGK KSLTEIKDVL ASRGLSLGMR LEN WPPASI ADE

+
分子 #5: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
分子量理論値: 150.820875 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MVYSYTEKKR IRKDFGKRPQ VLDVPYLLSI QLDSFQKFIE QDPEGQYGLE AAFRSVFPIQ SYSGNSELQY VSYRLGEPVF DVQECQIRG VTYSAPLRVK LRLVIYEREA PEGTVKDIKE QEVYMGEIPL MTDNGTFVIN GTERVIVSQL HRSPGVFFDS D KGKTHSSG ...文字列:
MVYSYTEKKR IRKDFGKRPQ VLDVPYLLSI QLDSFQKFIE QDPEGQYGLE AAFRSVFPIQ SYSGNSELQY VSYRLGEPVF DVQECQIRG VTYSAPLRVK LRLVIYEREA PEGTVKDIKE QEVYMGEIPL MTDNGTFVIN GTERVIVSQL HRSPGVFFDS D KGKTHSSG KVLYNARIIP YRGSWLDFEF DPKDNLFVRI DRRRKLPATI ILRALNYTTE QILDLFFEKV IFEIRDNKLQ ME LVPERLR GETASFDIEA NGKVYVEKGR RITARHIRQL EKDDVKLIEV PVEYIAGKVV AKDYIDESTG ELICAANMEL SLD LLAKLS QSGHKRIETL FTNDLDHGPY ISETLRVDPT NDRLSALVEI YRMMRPGEPP TREAAESLFE NLFFSEDRYD LSAV GRMKF NRSLLREEIE GSGILSKDDI IDVMKKLIDI RNGKGEVDDI DHLGNRRIRS VGEMAENQFR VGLVRVERAV KERLS LGDL DTLMPQDMIN AKPISAAVKE FFGSSQLSQF MDQNNPLSEI THKRRISALG PGGLTRERAG FEVRDVHPTH YGRVCP IET PEGPNIGLIN SLSVYAQTNE YGFLETPYRK VTDGVVTDEI HYLSAIEEGN YVIAQANSNL DEEGHFVEDL VTCRSKG ES SLFSRDQVDY MDVSTQQVVS VGASLIPFLE HDDANRALMG ANMQRQAVPT LRADKPLVGT GMERAVAVDS GVTAVAKR G GVVQYVDASR IVIKVNEDEM YPGEAGIDIY NLTKYTRSNQ NTCINQMPCV SLGEPVERGD VLADGPSTDL GELALGQNM RVAFMPWNGY NFEDSILVSE RVVQEDRFTT IHIQELACVS RDTKLGPEEI TADIPNVGEA ALSKLDESGI VYIGAEVTGG DILVGKVTP KGETQLTPEE KLLRAIFGEK ASDVKDSSLR VPNGVSGTVI DVQVFTRDGV EKDKRALEIE EMQLKQAKKD L SEELQILE AGLFSRIRAV LVAGGVEAEK LDKLPRDRWL ELGLTDEEKQ NQLEQLAEQY DELKHEFEKK LEAKRRKITQ GD DLAPGVL KIVKVYLAVK RRIQPGDKMA GRHGNKGVIS KINPIEDMPY DENGTPVDIV LNPLGVPSRM NIGQILETHL GMA AKGIGD KINAMLKQQQ EVAKLREFIQ RAYDLGADVR QKVDLSTFSD EEVMRLAENL RKGMPIATPV FDGAKEAEIK ELLK LGDLP TSGQIRLYDG RTGEQFERPV TVGYMYMLKL NHLVDDKMHA RSTGSYSLVT QQPLGGKAQF GGQRFGEMEV WALEA YGAA YTLQEMLTVK SDDVNGRTKM YKNIVDGNHQ MEPGMPESFN VLLKEIRSLG INIELEDE

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分子 #6: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
分子量理論値: 158.073609 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: VKDLLKFLKA QTKTEEFDAI KIALASPDMI RSWSFGEVKK PETINYRTFK PERDGLFCAR IFGPVKDYEC LCGKYKRLKH RGVICEKCG VEVTQTKVRR ERMGHIELAS PTAHIWFLKS LPSRIGLLLD MPLRDIERVL YFESYVVIEG GMTNLERQQI L TEEQYLDA ...文字列:
VKDLLKFLKA QTKTEEFDAI KIALASPDMI RSWSFGEVKK PETINYRTFK PERDGLFCAR IFGPVKDYEC LCGKYKRLKH RGVICEKCG VEVTQTKVRR ERMGHIELAS PTAHIWFLKS LPSRIGLLLD MPLRDIERVL YFESYVVIEG GMTNLERQQI L TEEQYLDA LEEFGDEFDA KMGAEAIQAL LKSMDLEQEC EQLREELNET NSETKRKKLT KRIKLLEAFV QSGNKPEWMI LT VLPVLPP DLRPLVPLDG GRFATSDLND LYRRVINRNN RLKRLLDLAA PDIIVRNEKR MLQEAVDALL DNGRRGRAIT GSN KRPLKS LADMIKGKQG RFRQNLLGKR VDYSGRSVIT VGPYLRLHQC GLPKKMALEL FKPFIYGKLE LRGLATTIKA AKKM VEREE AVVWDILDEV IREHPVLLNR APTLHRLGIQ AFEPVLIEGK AIQLHPLVCA AYNADFDGDQ MAVHVPLTLE AQLEA RALM MSTNNILSPA NGEPIIVPSQ DVVLGLYYMT RDCVNAKGEG MVLTGPKEAE RLYRSGLASL HARVKVRITE YEKDAN GEL VAKTSLKDTT VGRAILWMIV PKGLPYSIVN QALGKKAISK MLNTCYRILG LKPTVIFADQ IMYTGFAYAA RSGASVG ID DMVIPEKKHE IISEAEAEVA EIQEQFQSGL VTAGERYNKV IDIWAAANDR VSKAMMDNLQ TETVINRDGQ EEKQVSFN S IYMMADSGAR GSAAQIRQLA GMRGLMAKPD GSIIETPITA NFREGLNVLQ YFISTHGARK GLADTALKTA NSGYLTRRL VDVAQDLVVT EDDCGTHEGI MMTPVIEGGD VKEPLRDRVL GRVTAEDVLK PGTADILVPR NTLLHEQWCD LLEENSVDAV KVRSVVSCD TDFGVCAHCY GRDLARGHII NKGEAIGVIA AQSIGEPGTQ LTMRTFHIGG AASRAAAESS IQVKNKGSIK L SNVKSVVN SSGKLVITSR NTELKLIDEF GRTKESYKVP YGAVLAKGDG EQVAGGETVA NWDPHTMPVI TEVSGFVRFT DM IDGQTIT RQTDELTGLS SLVVLDSAER TAGGKDLRPA LKIVDAQGND VLIPGTDMPA QYFLPGKAIV QLEDGVQISS GDT LARIPQ ESGGTKDITG GLPRVADLFE ARRPKEPAIL AEISGIVSFG KETKGKRRLV ITPVDGSDPY EEMIPKWRQL NVFE GERVE RGDVISDGPE APHDILRLRG VHAVTRYIVN EVQDVYRLQG VKINDKHIEV IVRQMLRKAT IVNAGSSDFL EGEQV EYSR VKIANRELEA NGKVGATYSR DLLGITKASL ATESFISAAS FQETTRVLTE AAVAGKRDEL RGLKENVIVG RLIPAG TGY AYHQDRMRRR AAGEAPAAPQ VTAEDASASL AELLNAGLGG SDNELELEVL FQGPSSGHHH HHHHHHH

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分子 #7: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

分子名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ポリメラーゼ
由来(天然)生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
分子量理論値: 10.249547 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARVTVQDAV EKIGNRFDLV LVAARRARQM QVGGKDPLVP EENDKTTVIA LREIEEGLIN NQILDVRERQ EQQEQEAAEL QAVTAIAEG RR

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分子 #8: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #9: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3trisaminomethane
10.0 mMMg(C5H8NO4)2magnesium glutamate
150.0 mMKC5H8NO4potassium glutamate
5.0 mMC4H10O2S2Dithiothreitolジチオトレイトール

詳細: pH adjustment at 4'C
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.026000000000000002 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: using two layers of blot papers.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8175 / 平均電子線量: 42.16 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 411900
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

8585

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 137000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 103900

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6c6t

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7xug:
cryo-EM structure of HK022 putRNA-less E.coli RNA polymerase elongation complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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