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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-32356 | |||||||||
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タイトル | Computational design of a potent Epstein-Barr virus fusion protein gB nanoparticle vaccine | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Virology (ウイルス学) / Microbiology / Vaccine (ワクチン) / EBV / IMMUNE SYSTEM (免疫系) | |||||||||
生物種 | Human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.33 Å | |||||||||
データ登録者 | Sun C / Wang AJ / Fang XY / Gao YZ / Liu Z / Zeng MS | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2023 タイトル: A gB nanoparticle vaccine elicits a protective neutralizing antibody response against EBV 著者: Sun C / Kang YF / Fang XY / Liu YN / Bu GL / Wang AJ / Li Y / Zhu QY / Zhang H / Xie C / Kong XW / Peng YJ / Lin WJ / Zhou L / Chen XC / Lu ZZ / Xu HQ / Hong DC / Zhang X / Zhong L / Feng GK ...著者: Sun C / Kang YF / Fang XY / Liu YN / Bu GL / Wang AJ / Li Y / Zhu QY / Zhang H / Xie C / Kong XW / Peng YJ / Lin WJ / Zhou L / Chen XC / Lu ZZ / Xu HQ / Hong DC / Zhang X / Zhong L / Feng GK / Zeng YX / Xu M / Zhong Q / Liu Z / Zeng MS | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_32356.map.gz | 917.9 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-32356-v30.xml emd-32356.xml | 10.3 KB 10.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_32356_fsc.xml | 33.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_32356.png | 37.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-32356.cif.gz | 5.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32356 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-32356 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_32356.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.668 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : gB-I53-50 NP
全体 | 名称: gB-I53-50 NP |
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要素 |
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-超分子 #1: gB-I53-50 NP
超分子 | 名称: gB-I53-50 NP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) |
-分子 #1: glycoprotein B
分子 | 名称: glycoprotein B / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other |
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由来(天然) | 生物種: Human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) |
配列 | 文字列: QTPEQPAPPA TTVQPTATRQ QTSFPFRVCE LSSHGDLFRF SSDIQCPSFG TRENHTEGLL MVFKDNIIPY SFKVRSYTKI VTNILIYNGH RADSVTNRHE EKFSVESYET DQMDTIYQCY NAVKMTKDGL TRVYVDRDGV NITVNLKPTG GLANGVRRYA SQTELYDAPG ...文字列: QTPEQPAPPA TTVQPTATRQ QTSFPFRVCE LSSHGDLFRF SSDIQCPSFG TRENHTEGLL MVFKDNIIPY SFKVRSYTKI VTNILIYNGH RADSVTNRHE EKFSVESYET DQMDTIYQCY NAVKMTKDGL TRVYVDRDGV NITVNLKPTG GLANGVRRYA SQTELYDAPG RVEATYRTRT TVNCLITDMM AKSNSPFDFF VTTTGQTVEM SPFYDGKNTE TFHERADSFH VRTNYKIVDY DNRGTNPQGE RRAFLDKGTY TLSWKLENRT AYCPLQHWQT FDSTIATETG KSIHFVTDEG TSSFVTNTTV GIELPDAFKC IEEQVNKTMH EKYEAVQDRY TKGQEAITYF ITSGGLLLAW LPLTPRSLAT VKNLTELTTP TSSPPSSPSP PAPPAARGST SAAVLRRRRR NAGNATTPVP PAAPGKSLGT LNNPATVQIQ FAYDSLRRQI NRMLGDLARA WCLEQKRQNM VLRELTKINP TTVMSSIYGK AVAAKRLGDV ISVSQCVPVN QATVTLRKSM RVPGSETMCY SRPLVSFSFI NDTKTYEGQL GTDNEIFLTK KMTEVCQATS QYYFQSGNEI HVYNDYHHFK TIELDGIATL QTFISLNTSL IENIDFASLE LYSRDEQRAS NVFDLEGIFR EYNFQAQNIA GLRKDLDNAV S |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 53000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 2.44 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |