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- EMDB-29930: T. cruzi topoisomerase II alpha bound to dsDNA and the covalent i... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29930
タイトルT. cruzi topoisomerase II alpha bound to dsDNA and the covalent inhibitor CT1
マップデータFinal refined and sharpened map from NU refinement.
試料
  • 複合体: Topoisomerase II alpha bound to dsDNA and inhibitor CT1
    • 複合体: Topoisomerase II alpha
      • 複合体: dsDNAデオキシリボ核酸
        • DNA: DNA (28-MER)
      • タンパク質・ペプチド: DNA topoisomerase 2DNAトポイソメラーゼ
  • リガンド: 2-{3-[(Z)-iminomethyl]-1H-1,2,4-triazol-1-yl}-1-{(3M)-3-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-6H-pyrrolo[3,4-b]pyridin-6-yl}ethan-1-one
キーワードTopoisomerase (DNAトポイソメラーゼ) / DNA binding protein (DNA結合タンパク質) / Topoisomerase inhibitor / ISOMERASE (異性化酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase 2, TOPRIM domain / DNA topoisomerase II, eukaryotic-type / C-terminal associated domain of TOPRIM / C-terminal associated domain of TOPRIM / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 ...DNA topoisomerase 2, TOPRIM domain / DNA topoisomerase II, eukaryotic-type / C-terminal associated domain of TOPRIM / C-terminal associated domain of TOPRIM / DNA topoisomerase, type IIA, alpha-helical domain superfamily / DNA topoisomerase, type IIA, domain A / DNA topoisomerase, type IIA, domain A, alpha-beta / DNA gyrase/topoisomerase IV, subunit A / DNA Topoisomerase IV / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA topoisomerase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ) / Escherichia coli (大腸菌) / Trypanosoma cruzi strain CL Brener (クルーズトリパノソーマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Schenk A / Deniston C / Noeske J
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust219639/Z/19/Z 英国
Wellcome Trust108517/Z/15/Z 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Cyanotriazoles are selective topoisomerase II poisons that rapidly cure trypanosome infections.
著者: Srinivasa P S Rao / Matthew K Gould / Jonas Noeske / Manuel Saldivia / Rajiv S Jumani / Pearly S Ng / Olivier René / Yen-Liang Chen / Marcel Kaiser / Ryan Ritchie / Amanda Fortes Francisco / ...著者: Srinivasa P S Rao / Matthew K Gould / Jonas Noeske / Manuel Saldivia / Rajiv S Jumani / Pearly S Ng / Olivier René / Yen-Liang Chen / Marcel Kaiser / Ryan Ritchie / Amanda Fortes Francisco / Nila Johnson / Debjani Patra / Harry Cheung / Colin Deniston / Andreas D Schenk / Wilian A Cortopassi / Remo S Schmidt / Natalie Wiedemar / Bryanna Thomas / Rima Palkar / Nahdiyah A Ghafar / Vanessa Manoharan / Catherine Luu / Jonathan E Gable / Kah Fei Wan / Elmarie Myburgh / Jeremy C Mottram / Whitney Barnes / John Walker / Charles Wartchow / Natasha Aziz / Colin Osborne / Juergen Wagner / Christopher Sarko / John M Kelly / Ujjini H Manjunatha / Pascal Mäser / Jan Jiricek / Suresh B Lakshminarayana / Michael P Barrett / Thierry T Diagana /
要旨: Millions who live in Latin America and sub-Saharan Africa are at risk of trypanosomatid infections, which cause Chagas disease and human African trypanosomiasis (HAT). Improved HAT treatments are ...Millions who live in Latin America and sub-Saharan Africa are at risk of trypanosomatid infections, which cause Chagas disease and human African trypanosomiasis (HAT). Improved HAT treatments are available, but Chagas disease therapies rely on two nitroheterocycles, which suffer from lengthy drug regimens and safety concerns that cause frequent treatment discontinuation. We performed phenotypic screening against trypanosomes and identified a class of cyanotriazoles (CTs) with potent trypanocidal activity both in vitro and in mouse models of Chagas disease and HAT. Cryo-electron microscopy approaches confirmed that CT compounds acted through selective, irreversible inhibition of trypanosomal topoisomerase II by stabilizing double-stranded DNA:enzyme cleavage complexes. These findings suggest a potential approach toward successful therapeutics for the treatment of Chagas disease.
履歴
登録2023年3月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月12日-
マップ公開2023年7月12日-
更新2023年7月12日-
現状2023年7月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29930.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29930.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Final refined and sharpened map from NU refinement.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.845 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-2.2801254 - 4.1476197
平均 (標準偏差)-0.0003583988 (±0.06518587)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 324.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_29930_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Final half map from NU refinement.

ファイルemd_29930_half_map_1.map
注釈Final half map from NU refinement.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Final half map from NU refinement.

ファイルemd_29930_half_map_2.map
注釈Final half map from NU refinement.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Topoisomerase II alpha bound to dsDNA and inhibitor CT1

全体名称: Topoisomerase II alpha bound to dsDNA and inhibitor CT1
要素
  • 複合体: Topoisomerase II alpha bound to dsDNA and inhibitor CT1
    • 複合体: Topoisomerase II alpha
      • 複合体: dsDNAデオキシリボ核酸
        • DNA: DNA (28-MER)
      • タンパク質・ペプチド: DNA topoisomerase 2DNAトポイソメラーゼ
  • リガンド: 2-{3-[(Z)-iminomethyl]-1H-1,2,4-triazol-1-yl}-1-{(3M)-3-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-6H-pyrrolo[3,4-b]pyridin-6-yl}ethan-1-one

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超分子 #1: Topoisomerase II alpha bound to dsDNA and inhibitor CT1

超分子名称: Topoisomerase II alpha bound to dsDNA and inhibitor CT1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)

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超分子 #2: Topoisomerase II alpha

超分子名称: Topoisomerase II alpha / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi (クルーズトリパノソーマ)

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超分子 #3: dsDNA

超分子名称: dsDNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 2 / 含まれる分子: #2 / 詳細: DNA sequence: GG GAT AAC AAT GAG CTC ATT GTT ATC CC
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: DNA topoisomerase 2

分子名称: DNA topoisomerase 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trypanosoma cruzi strain CL Brener (クルーズトリパノソーマ)
分子量理論値: 89.322438 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GRNADRKQIL GIPKLDDANE AGGKYSHRCT LILTEGDSAK ALCTAGLAVK DRDYFGVFPL RGKPLNVRDA TLKKVMACAE FQAVSKIMG LDIRQKYSGV ERLRYGHLMI MSDQDHDGSH IKGLIINMIH HYWPDLIKTP GFLQQFITPI VKARKKGRSD G DDRAISFF ...文字列:
GRNADRKQIL GIPKLDDANE AGGKYSHRCT LILTEGDSAK ALCTAGLAVK DRDYFGVFPL RGKPLNVRDA TLKKVMACAE FQAVSKIMG LDIRQKYSGV ERLRYGHLMI MSDQDHDGSH IKGLIINMIH HYWPDLIKTP GFLQQFITPI VKARKKGRSD G DDRAISFF SMPDYFEWKN AIGDGIRNYE IRYYKGLGTS GAKEGREYFE NIDRHRLDFV HEDATDDARI VMAFAKDKVE ER KHWITQF KANTNVNESM NYNVRTVRYS EFVDKELILF SVADCERSIP SVIDGLKPGQ RKIIFSSFKR RLTRSIKVVQ LAG YVSEHA AYHHGEQSLV QTIVGLAQNF VGSNNVPLLQ QDGQFGTRLQ GGKDHAAGRY IFTRLTNIAR YIYHPSDDFV VDYK DDDGL SVEPFYYVPV IPMVLVNGTS GIGTGFATNI PNYSPLEVID NLMRLLRGEE VQPMKPWYFG FAGTIEEKEK GKFVS TGCA NVRPDGVVQI TELPIGTWTQ GYKKFLEELR EKEVVVQYRE HNTDVTVDFE VFLHPEVLHH WVAQGCVEER LQLREY IHA TNIIAFDREG QITKYRDAEA VLKEFYLVRL EYYAKRRDFL IGDLRSVASK LENMVRFVTE VVDGRLIVTR RRKKELL EE LRQRGYAPFP LQQKKKVSST TIQQGEEEGA ADATHATAED VFLVLQPAVD EGGDEDNQET PEMRRAARDY DYLLGMRL W NLTAEMIARL QSQLQKARDE LAALEKRTPK DLWAEDLNQL RPRIENLFEE RAKEIASI

UniProtKB: DNA topoisomerase 2

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分子 #2: DNA (28-MER)

分子名称: DNA (28-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 8.604566 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DA)(DC)(DA)(DA) (DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DT)(DT) (DG)(DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)

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分子 #3: 2-{3-[(Z)-iminomethyl]-1H-1,2,4-triazol-1-yl}-1-{(3M)-3-[2-(trifl...

分子名称: 2-{3-[(Z)-iminomethyl]-1H-1,2,4-triazol-1-yl}-1-{(3M)-3-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-6H-pyrrolo[3,4-b]pyridin-6-yl}ethan-1-one
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: YWX
分子量理論値: 398.341 Da
Chemical component information

ChemComp-YWX:
2-{3-[(Z)-iminomethyl]-1H-1,2,4-triazol-1-yl}-1-{(3M)-3-[2-(trifluoromethyl)phenyl]-6H-pyrrolo[3,4-b]pyridin-6-yl}ethan-1-one

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.3
構成要素:
濃度名称式
0.02 MHEPES
0.1 Mpotassium chlorideKCl
0.003 Mmagnesium chlorideMgCl2
0.001 MTCEP
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.026000000000000002 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
#0 - デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / #0 - デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / #0 - 撮影したグリッド数: 1 / #0 - 実像数: 3014 / #0 - 平均露光時間: 2.8 sec. / #0 - 平均電子線量: 50.0 e/Å2
#0 - 詳細: Micrographs collected at 30 degrees tilt using a Falcon 4i camera.
#1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
#1 - デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / #1 - デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / #1 - 撮影したグリッド数: 1 / #1 - 実像数: 2220 / #1 - 平均露光時間: 2.98 sec. / #1 - 平均電子線量: 50.0 e/Å2
#1 - 詳細: Micrographs collected at 30 degrees tilt using a Falcon 4 camera.
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1659398
詳細: 955991 particles for tilted data 703407 particles for untilted data
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Initial model generated using ab-inito reconstruction in cryoSPARC
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 179787
詳細Untilted and tilted data merged
Image recording ID1
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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