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- EMDB-29047: Wildtype rat TRPV2 in nanodiscs bound to RR and 2-APB -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29047
タイトルWildtype rat TRPV2 in nanodiscs bound to RR and 2-APB
マップデータ
試料
  • 複合体: Tetramer of wildtype rat TRPV2 in nanodiscs bound to ruthenium red
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
  • リガンド: 1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE
  • リガンド: 2-aminoethyl diphenylborinate
  • リガンド: ruthenium(6+) azanide pentaamino(oxido)ruthenium (1/4/2)
キーワードTRPV2 / 2-APB / TRP Channel (TRPチャネル) / Ruthenium Red / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


growth cone membrane / TRPチャネル / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / monoatomic cation transmembrane transport / 細胞内膜系 / positive regulation of axon extension / axonal growth cone / monoatomic cation channel activity / calcium channel activity ...growth cone membrane / TRPチャネル / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / monoatomic cation transmembrane transport / 細胞内膜系 / positive regulation of axon extension / axonal growth cone / monoatomic cation channel activity / calcium channel activity / メラノソーム / lamellipodium / cell body / positive regulation of cold-induced thermogenesis / 神経繊維 / negative regulation of cell population proliferation / 細胞膜 / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 1-4 / Transient receptor potential cation channel subfamily V / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Pumroy RA / Protopopova AD / Rocereta JA / De Jesus-Perez JJ / Fluck EC / Moiseenkova-Bell VY
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM144120 米国
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2024
タイトル: Molecular details of ruthenium red pore block in TRPV channels.
著者: Ruth A Pumroy / José J De Jesús-Pérez / Anna D Protopopova / Julia A Rocereta / Edwin C Fluck / Tabea Fricke / Bo-Hyun Lee / Tibor Rohacs / Andreas Leffler / Vera Moiseenkova-Bell /
要旨: Transient receptor potential vanilloid (TRPV) channels play a critical role in calcium homeostasis, pain sensation, immunological response, and cancer progression. TRPV channels are blocked by ...Transient receptor potential vanilloid (TRPV) channels play a critical role in calcium homeostasis, pain sensation, immunological response, and cancer progression. TRPV channels are blocked by ruthenium red (RR), a universal pore blocker for a wide array of cation channels. Here we use cryo-electron microscopy to reveal the molecular details of RR block in TRPV2 and TRPV5, members of the two TRPV subfamilies. In TRPV2 activated by 2-aminoethoxydiphenyl borate, RR is tightly coordinated in the open selectivity filter, blocking ion flow and preventing channel inactivation. In TRPV5 activated by phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate, RR blocks the selectivity filter and closes the lower gate through an interaction with polar residues in the pore vestibule. Together, our results provide a detailed understanding of TRPV subfamily pore block, the dynamic nature of the selectivity filter and allosteric communication between the selectivity filter and lower gate.
履歴
登録2022年12月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月7日-
マップ公開2024年2月7日-
更新2024年2月21日-
現状2024年2月21日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29047.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29047.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.834 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.0
最小 - 最大-19.149374000000002 - 35.629759999999997
平均 (標準偏差)-0.000000000007882 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 266.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_29047_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_29047_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tetramer of wildtype rat TRPV2 in nanodiscs bound to ruthenium red

全体名称: Tetramer of wildtype rat TRPV2 in nanodiscs bound to ruthenium red
要素
  • 複合体: Tetramer of wildtype rat TRPV2 in nanodiscs bound to ruthenium red
    • タンパク質・ペプチド: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
  • リガンド: 1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE
  • リガンド: 2-aminoethyl diphenylborinate
  • リガンド: ruthenium(6+) azanide pentaamino(oxido)ruthenium (1/4/2)

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超分子 #1: Tetramer of wildtype rat TRPV2 in nanodiscs bound to ruthenium red

超分子名称: Tetramer of wildtype rat TRPV2 in nanodiscs bound to ruthenium red
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 340 KDa

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分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2

分子名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 86.798891 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MTSASSPPAF RLETSDGDEE GNAEVNKGKQ EPPPMESPFQ REDRNSSPQI KVNLNFIKRP PKNTSAPSQQ EPDRFDRDRL FSVVSRGVP EELTGLLEYL RWNSKYLTDS AYTEGSTGKT CLMKAVLNLQ DGVNACIMPL LQIDKDSGNP KLLVNAQCTD E FYQGHSAL ...文字列:
MTSASSPPAF RLETSDGDEE GNAEVNKGKQ EPPPMESPFQ REDRNSSPQI KVNLNFIKRP PKNTSAPSQQ EPDRFDRDRL FSVVSRGVP EELTGLLEYL RWNSKYLTDS AYTEGSTGKT CLMKAVLNLQ DGVNACIMPL LQIDKDSGNP KLLVNAQCTD E FYQGHSAL HIAIEKRSLQ CVKLLVENGA DVHLRACGRF FQKHQGTCFY FGELPLSLAA CTKQWDVVTY LLENPHQPAS LE ATDSLGN TVLHALVMIA DNSPENSALV IHMYDGLLQM GARLCPTVQL EEISNHQGLT PLKLAAKEGK IEIFRHILQR EFS GPYQPL SRKFTEWCYG PVRVSLYDLS SVDSWEKNSV LEIIAFHCKS PNRHRMVVLE PLNKLLQEKW DRLVSRFFFN FACY LVYMF IFTVVAYHQP SLDQPAIPSS KATFGESMLL LGHILILLGG IYLLLGQLWY FWRRRLFIWI SFMDSYFEIL FLLQA LLTV LSQVLRFMET EWYLPLLVLS LVLGWLNLLY YTRGFQHTGI YSVMIQKVIL RDLLRFLLVY LVFLFGFAVA LVSLSR EAR SPKAPEDNNS TVTEQPTVGQ EEEPAPYRSI LDASLELFKF TIGMGELAFQ EQLRFRGVVL LLLLAYVLLT YVLLLNM LI ALMSETVNHV ADNSWSIWKL QKAISVLEME NGYWWCRRKK HREGRLLKVG TRGDGTPDER WCFRVEEVNW AAWEKTLP T LSEDPSGPGI TGNKKNPTSK PGKNSASEED HLPLQVLQSP

UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2

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分子 #2: 1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE

分子名称: 1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: PEX
分子量理論値: 522.632 Da
Chemical component information

ChemComp-PEX:
1,2-DIDECANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOETHANOLAMINE

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分子 #3: 2-aminoethyl diphenylborinate

分子名称: 2-aminoethyl diphenylborinate / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: FZ4
分子量理論値: 225.094 Da
Chemical component information

ChemComp-FZ4:
2-aminoethyl diphenylborinate / 2-APB / ジフェニルボリン酸2-アミノエチル

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分子 #4: ruthenium(6+) azanide pentaamino(oxido)ruthenium (1/4/2)

分子名称: ruthenium(6+) azanide pentaamino(oxido)ruthenium (1/4/2)
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: R2R
分子量理論値: 559.525 Da
Chemical component information

ChemComp-R2R:
ruthenium(6+) azanide pentaamino(oxido)ruthenium (1/4/2) / Ruthenium red

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 20.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 10643 / 平均電子線量: 42.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 690077
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

20677

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 65741
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7n0m


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-8ffm:
Wildtype rat TRPV2 in nanodiscs bound to RR and 2-APB

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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