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- EMDB-28809: Yeast ATP synthase map in conformation-1 at pH 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28809
タイトルYeast ATP synthase map in conformation-1 at pH 6
マップデータ
試料
  • 複合体: ATP synthaseATP合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
  • リガンド: x 3種
キーワードF-type ATP synthase / yeast (酵母) / mitochondrial (ミトコンドリア) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


cristae formation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, central stalk / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, catalytic core / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, stator stalk / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, catalytic sector F(1) / mitochondrial nucleoid / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis ...cristae formation / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, central stalk / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex assembly / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, catalytic core / mitochondrial proton-transporting ATP synthase, stator stalk / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, coupling factor F(o) / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex / mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex, catalytic sector F(1) / mitochondrial nucleoid / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / proton motive force-driven ATP synthesis / proton transmembrane transporter activity / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / ATP合成酵素 / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton transmembrane transport / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ADP binding / ミトコンドリア / protein-containing complex assembly / ミトコンドリア内膜 / lipid binding / ATP hydrolysis activity / ミトコンドリア / ATP binding / identical protein binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
ATP synthase, F0 complex, subunit H / ATP synthase complex subunit h / ATP synthase, F0 complex, subunit J / ATP synthase protein 8, fungal type / ATP synthase, F0 complex, subunit F, mitochondria, fungi / ATP synthase j chain / Fungal ATP synthase protein 8 (A6L) / Mitochondrial F1-F0 ATP synthase subunit F of fungi / : / Fungal epsilon subunit of F1F0-ATP synthase C-terminal domain ...ATP synthase, F0 complex, subunit H / ATP synthase complex subunit h / ATP synthase, F0 complex, subunit J / ATP synthase protein 8, fungal type / ATP synthase, F0 complex, subunit F, mitochondria, fungi / ATP synthase j chain / Fungal ATP synthase protein 8 (A6L) / Mitochondrial F1-F0 ATP synthase subunit F of fungi / : / Fungal epsilon subunit of F1F0-ATP synthase C-terminal domain / ATP synthase, F0 complex, subunit B/MI25 / ATP synthase, F0 complex, subunit B / Mitochondrial ATP synthase B chain precursor (ATP-synt_B) / ATP synthase, F0 complex, subunit D, mitochondrial / ATP synthase D chain, mitochondrial (ATP5H) / ATP synthase, F0 complex, subunit D superfamily, mitochondrial / ATP synthase, F0 complex, subunit A, bacterial/mitochondria / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit, mitochondrial / ATP synthase, F1 complex, epsilon subunit superfamily, mitochondrial / Mitochondrial ATP synthase epsilon chain / ATPase, OSCP/delta subunit, conserved site / ATP synthase delta (OSCP) subunit signature. / F1F0 ATP synthase OSCP/delta subunit, N-terminal domain superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit A / ATP synthase, F0 complex, subunit A, active site / ATP synthase, F0 complex, subunit A superfamily / ATP synthase A chain / ATP synthase a subunit signature. / ATPase, OSCP/delta subunit / ATP synthase delta (OSCP) subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit / ATP synthase, F1 complex, delta/epsilon subunit, N-terminal / F0F1 ATP synthase delta/epsilon subunit, N-terminal / ATP synthase, Delta/Epsilon chain, beta-sandwich domain / ATP synthase, F0 complex, subunit C / F1F0 ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase, F0 complex, subunit C, DCCD-binding site / ATP synthase c subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit conserved site / ATP synthase gamma subunit signature. / ATP synthase, F1 complex, beta subunit / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal domain superfamily / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit / ATP synthase, F1 complex, gamma subunit superfamily / ATP合成酵素 / ATP synthase, alpha subunit, C-terminal / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit / ATP synthase, F1 complex, alpha subunit nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta chain, C terminal domain / V-ATPase proteolipid subunit C-like domain / F/V-ATP synthase subunit C superfamily / ATP synthase subunit C / ATPase, F1/V1 complex, beta/alpha subunit, C-terminal / ATP synthase subunit alpha, N-terminal domain-like superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain superfamily / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, N-terminal domain / ATP synthase alpha/beta family, beta-barrel domain / ATPase, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain, active site / ATP synthase alpha and beta subunits signature. / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP synthase subunit beta, mitochondrial / ATP synthase subunit a / ATP synthase protein 8 / ATP synthase subunit 4, mitochondrial / ATP synthase subunit alpha, mitochondrial / ATP synthase subunit 5, mitochondrial / ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial / ATP synthase subunit d, mitochondrial / ATP synthase subunit gamma, mitochondrial / ATP synthase subunit 9, mitochondrial ...ATP synthase subunit beta, mitochondrial / ATP synthase subunit a / ATP synthase protein 8 / ATP synthase subunit 4, mitochondrial / ATP synthase subunit alpha, mitochondrial / ATP synthase subunit 5, mitochondrial / ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial / ATP synthase subunit d, mitochondrial / ATP synthase subunit gamma, mitochondrial / ATP synthase subunit 9, mitochondrial / ATP synthase subunit J, mitochondrial / ATP synthase subunit f, mitochondrial / ATP synthase subunit delta, mitochondrial / ATP synthase subunit H, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Sharma S / Patel H / Luo M / Mueller DM / Liao M
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS) 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Conformational ensemble of yeast ATP synthase at low pH reveals unique intermediates and plasticity in F-F coupling.
著者: Stuti Sharma / Min Luo / Hiral Patel / David M Mueller / Maofu Liao /
要旨: Mitochondrial adenosine triphosphate (ATP) synthase uses the proton gradient across the inner mitochondrial membrane to synthesize ATP. Structural and single molecule studies conducted mostly at ...Mitochondrial adenosine triphosphate (ATP) synthase uses the proton gradient across the inner mitochondrial membrane to synthesize ATP. Structural and single molecule studies conducted mostly at neutral or basic pH have provided details of the reaction mechanism of ATP synthesis. However, pH of the mitochondrial matrix is slightly acidic during hypoxia and pH-dependent conformational changes in the ATP synthase have been reported. Here we use single-particle cryo-EM to analyze the conformational ensemble of the yeast (Saccharomyces cerevisiae) ATP synthase at pH 6. Of the four conformations resolved in this study, three are reaction intermediates. In addition to canonical catalytic dwell and binding dwell structures, we identify two unique conformations with nearly identical positions of the central rotor but different catalytic site conformations. These structures provide new insights into the catalytic mechanism of the ATP synthase and highlight elastic coupling between the catalytic and proton translocating domains.
履歴
登録2022年11月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月7日-
マップ公開2024年2月7日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28809.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28809.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.014
最小 - 最大-0.024215441 - 0.07478261
平均 (標準偏差)-0.000068763766 (±0.00397088)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 256.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_28809_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_28809_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ATP synthase

全体名称: ATP synthaseATP合成酵素
要素
  • 複合体: ATP synthaseATP合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit gamma, mitochondrialATP合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit delta, mitochondrialATP合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit epsilon, mitochondrialATP合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit 4, mitochondrialATP合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit d, mitochondrialATP合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit H, mitochondrialATP合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit f, mitochondrialATP合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit 9, mitochondrialATP合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase protein 8ATP合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit aATP合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit J, mitochondrialATP合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit 5, mitochondrialATP合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit alpha, mitochondrialATP合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: ATP synthase subunit beta, mitochondrialATP合成酵素
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHATE IONリン酸塩

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超分子 #1: ATP synthase

超分子名称: ATP synthase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#12, #1, #13-#14
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: ATP synthase subunit 5, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit 5, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 20.199393 KDa
配列文字列:
PPPVRLFGVE GTYATALYQA AAKNSSIDAA FQSLQKVEST VKKNPKLGHL LLNPALSLKD RNSVIDAIVE THKNLDGYVV NLLKVLSEN NRLGCFEKIA SDFGVLNDAH NGLLKGTVTS AEPLDPKSFK RIEKALSASK LVGQGKSLKL ENVVKPEIKG G LLVELGDK TVDLSISTKI QKLIKVLED

UniProtKB: ATP synthase subunit 5, mitochondrial

+
分子 #2: ATP synthase subunit gamma, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit gamma, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 28.984291 KDa
配列文字列: EVEMRLKSIN AIEKITKTMK IVASTRLSKA EKAKISAKKM DEAEQLFYKN AETKNLDKEL IVAITSDKGL CGSIHSQLAK AVRRHLNDQ PNADIVTIGD KIKMQLLRTH PNNIKLSING IGKDAPTFQE SALIADKLLS VMKAGTYPKI SIFYNDPVSS L SFEPSEKP ...文字列:
EVEMRLKSIN AIEKITKTMK IVASTRLSKA EKAKISAKKM DEAEQLFYKN AETKNLDKEL IVAITSDKGL CGSIHSQLAK AVRRHLNDQ PNADIVTIGD KIKMQLLRTH PNNIKLSING IGKDAPTFQE SALIADKLLS VMKAGTYPKI SIFYNDPVSS L SFEPSEKP IFNAKTIEQS PSFGKFEIDT DANVPRDLFE YTLANQMLTA MAQGYAAEIS ARRNAMDNAS KNAGDMINRY SI LYNRTRQ AVITNELVDI ITGA

UniProtKB: ATP synthase subunit gamma, mitochondrial

+
分子 #3: ATP synthase subunit delta, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit delta, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 14.080876 KDa
配列文字列:
SSGLKLQFAL PHETLYSGSE VTQVNLPAKS GRIGVLANHV PTVEQLLPGV VEVMEGSNSK KFFISGGFAT VQPDSQLCVT AIEAFPLES FSQENIKNLL AEAKKNVSSS DAREAAEAAI QVEVLENLQS VLK

UniProtKB: ATP synthase subunit delta, mitochondrial

+
分子 #4: ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 6.388076 KDa
配列文字列:
SAWRKAGISY AAYLNVAAQA IRSSLKTELQ TASVLNRSQT DAFYTQYKNG TAASEPTPI

UniProtKB: ATP synthase subunit epsilon, mitochondrial

+
分子 #5: ATP synthase subunit 4, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit 4, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 17.561969 KDa
配列文字列:
NDESILLLTF LGFTGLVAKY LAPAYKDFAD ARMKKVSDVL NASRNKHVEA VKDRIDSVSQ LQNVAETTKV LFDVSKETVE LESEAFELK QKVELAHEAK AVLDSWVRYE ASLRQLEQRQ LAKSVVSRVQ SELGNPKFQE KVLQQSISEI EQLLSK

UniProtKB: ATP synthase subunit 4, mitochondrial

+
分子 #6: ATP synthase subunit d, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit d, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 19.509188 KDa
配列文字列:
AKSAANKLDW AKVISSLRIT GSTATQLSSF KKRNDEARRQ LLELQSQPTE VDFSHYRSVL KNTSVIDKIE SYVKQYKPVK IDASKQLQV IESFEKHAMT NAKETESLVS KELKDLQSTL DNIQSARPFD ELTVDDLTKI KPEIDAKVEE MVKKGKWDVP G YKDRFGNL NVM

UniProtKB: ATP synthase subunit d, mitochondrial

+
分子 #7: ATP synthase subunit H, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit H, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 10.090904 KDa
配列文字列:
QDLYLRELKD TKLAPSTLQD AEGNVKPWNP PQKPNLPELE LQGPEALKAY TEQNVETAHV AKESEEGESE PIEEDWLVLD DAEETKESH

UniProtKB: ATP synthase subunit H, mitochondrial

+
分子 #8: ATP synthase subunit f, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit f, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 9.383837 KDa
配列文字列:
VSTLIPPKVV SSKNIGSAPN AKRIANVVHF YKSLPQGPAP AIKANTRLAR YKAKYFDGDN ASGKPLWHFA LGIIAFGYSM EYYFH

UniProtKB: ATP synthase subunit f, mitochondrial

+
分子 #9: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit 9, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 7.663243 KDa
配列文字列:
MQLVLAAKYI GAGISTIGLL GAGIGIAIVF AALINGVSRN PSIKDTVFPM AILGFALSEA TGLFCLMVSF LLLFG

UniProtKB: ATP synthase subunit 9, mitochondrial

+
分子 #10: ATP synthase protein 8

分子名称: ATP synthase protein 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 5.046215 KDa
配列文字列:
FYFMNQLTYG FLLMITLLIL FSQFFLPMIL RLYVSRLFIS K

UniProtKB: ATP synthase protein 8

+
分子 #11: ATP synthase subunit a

分子名称: ATP synthase subunit a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 25.07323 KDa
配列文字列: LTTFSLYTII VLLVITSLYT LTNNNNKIIG SRWLISQEAI YDTIMNMTKG QIGGKNWGLY FPMIFTLFMF IFIANLISMI PYSFALSAH LVFIISLSIV IWLGNTILGL YKHGWVFFSL FVPAGTPLPL VPLLVIIETL SYFARAISLG LRLGSNILAG H LLMVILAG ...文字列:
LTTFSLYTII VLLVITSLYT LTNNNNKIIG SRWLISQEAI YDTIMNMTKG QIGGKNWGLY FPMIFTLFMF IFIANLISMI PYSFALSAH LVFIISLSIV IWLGNTILGL YKHGWVFFSL FVPAGTPLPL VPLLVIIETL SYFARAISLG LRLGSNILAG H LLMVILAG LTFNFMLINL FTLVFGFVPL AMILAIMMLE FAIGIIQGYV WAILTASYLK DAVYLH

UniProtKB: ATP synthase subunit a

+
分子 #12: ATP synthase subunit J, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit J, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 4.145884 KDa
配列文字列:
MLKRFPTPIL KVYWPFFVAG AAVYYGMSKA ADLSSNT

UniProtKB: ATP synthase subunit J, mitochondrial

+
分子 #13: ATP synthase subunit alpha, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit alpha, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 54.748148 KDa
配列文字列: KAQPTEVSSI LEERIKGVSD EANLNETGRV LAVGDGIARV FGLNNIQAEE LVEFSSGVKG MALNLEPGQV GIVLFGSDRL VKEGELVKR TGNIVDVPVG PGLLGRVVDA LGNPIDGKGP IDAAGRSRAQ VKAPGILPRR SVHEPVQTGL KAVDALVPIG R GQRELIIG ...文字列:
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UniProtKB: ATP synthase subunit alpha, mitochondrial

+
分子 #14: ATP synthase subunit beta, mitochondrial

分子名称: ATP synthase subunit beta, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ATP合成酵素
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 50.752641 KDa
配列文字列: STPITGKVTA VIGAIVDVHF EQSELPAILN ALEIKTPQGK LVLEVAQHLG ENTVRTIAMD GTEGLVRGEK VLDTGGPISV PVGRETLGR IINVIGEPID ERGPIKSKLR KPIHADPPSF AEQSTSAEIL ETGIKVVDLL APYARGGKIG LFGGAGVGKT V FIQELINN ...文字列:
STPITGKVTA VIGAIVDVHF EQSELPAILN ALEIKTPQGK LVLEVAQHLG ENTVRTIAMD GTEGLVRGEK VLDTGGPISV PVGRETLGR IINVIGEPID ERGPIKSKLR KPIHADPPSF AEQSTSAEIL ETGIKVVDLL APYARGGKIG LFGGAGVGKT V FIQELINN IAKAHGGFSV FTGVGERTRE GNDLYREMKE TGVINLEGES KVALVFGQMN EPPGARARVA LTGLTIAEYF RD EEGQDVL LFIDNIFRFT QAGSEVSALL GRIPSAVGYQ PTLATDMGLL QERITTTKKG SVTSVQAVYV PADDLTDPAP ATT FAHLDA TTVLSRGISE LGIYPAVDPL DSKSRLLDAA VVGQEHYDVA SKVQETLQTY KSLQDIIAIL GMDELSEQDK LTVE RARKI QRFLSQPFAV AEVFTGIPGK LVRLKDTVAS FKAVLEGKYD NIPEHAFYMV GGIEDVVAKA EKLAAEAN

UniProtKB: ATP synthase subunit beta, mitochondrial

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分子 #15: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 5 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

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分子 #16: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 5 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #17: PHOSPHATE ION

分子名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: PO4
分子量理論値: 94.971 Da
Chemical component information

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 52.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

7548

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 146826

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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