[日本語] English
万見
- EMDB-28753: Cryo-electron tomography of S42Y a-synuclein preformed fibrils -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28753
タイトルCryo-electron tomography of S42Y a-synuclein preformed fibrils
マップデータCryo-electron tomography of S42Y a-synuclein preformed fibrils
試料
  • 細胞器官・細胞要素: S42Y a-synuclein preformed fibrils
キーワードa-synuclein / preformed fibrils / PROTEIN FIBRIL
生物種Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Jiang J / Boparai N / Dai W / Kim YS
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)1R01-NS100919 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)1R01-NS101461 米国
引用ジャーナル: Acta Neuropathol / 年: 2023
タイトル: Transcriptional mutagenesis of α-synuclein caused by DNA oxidation in Parkinson's disease pathogenesis.
著者: Sambuddha Basu / Minkyung Song / Levi Adams / Inhye Jeong / Goun Je / Subhrangshu Guhathakurta / Jennifer Jiang / Nikpreet Boparai / Wei Dai / Fernando Cardozo-Pelaez / Suren A Tatulian / Kyu ...著者: Sambuddha Basu / Minkyung Song / Levi Adams / Inhye Jeong / Goun Je / Subhrangshu Guhathakurta / Jennifer Jiang / Nikpreet Boparai / Wei Dai / Fernando Cardozo-Pelaez / Suren A Tatulian / Kyu Young Han / Jordan Elliott / Jean Baum / Pamela J McLean / Dennis W Dickson / Yoon-Seong Kim /
要旨: Oxidative stress plays an essential role in the development of Parkinson's disease (PD). 8-oxo-7,8-dihydroguanine (8-oxodG, oxidized guanine) is the most abundant oxidative stress-mediated DNA lesion. ...Oxidative stress plays an essential role in the development of Parkinson's disease (PD). 8-oxo-7,8-dihydroguanine (8-oxodG, oxidized guanine) is the most abundant oxidative stress-mediated DNA lesion. However, its contributing role in underlying PD pathogenesis remains unknown. In this study, we hypothesized that 8-oxodG can generate novel α-synuclein (α-SYN) mutants with altered pathologic aggregation through a phenomenon called transcriptional mutagenesis (TM). We observed a significantly higher accumulation of 8-oxodG in the midbrain genomic DNA from PD patients compared to age-matched controls, both globally and region specifically to α-SYN. In-silico analysis predicted that forty-three amino acid positions can contribute to TM-derived α-SYN mutation. Here, we report a significantly higher load of TM-derived α-SYN mutants from the midbrain of PD patients compared to controls using a sensitive PCR-based technique. We found a novel Serine42Tyrosine (S42Y) α-SYN as the most frequently detected TM mutant, which incidentally had the highest predicted aggregation score amongst all TM variants. Immunohistochemistry of midbrain sections from PD patients using a newly characterized antibody for S42Y identified S42Y-laden Lewy bodies (LB). We further demonstrated that the S42Y TM variant significantly accelerates WT α-SYN aggregation by cell and recombinant protein-based assays. Cryo-electron tomography revealed that S42Y exhibits considerable conformational heterogeneity compared to WT fibrils. Moreover, S42Y exhibited higher neurotoxicity compared to WT α-SYN as shown in mouse primary cortical cultures and AAV-mediated overexpression in the substantia nigra of C57BL/6 J mice. To our knowledge, this is the first report describing the possible contribution of TM-generated mutations of α-SYN to LB formation and PD pathogenesis.
履歴
登録2022年11月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月31日-
マップ公開2024年1月31日-
更新2024年1月31日-
現状2024年1月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_28753.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28753.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 238.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-electron tomography of S42Y a-synuclein preformed fibrils
ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.536 Å
密度
最小 - 最大-72.762969999999996 - 52.964269999999999
平均 (標準偏差)0.0194919 (±1.588628)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-4-9-8
サイズ92189276
Spacing89292176
セルA: 7614.1123 Å / B: 7861.6562 Å / C: 648.736 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : S42Y a-synuclein preformed fibrils

全体名称: S42Y a-synuclein preformed fibrils
要素
  • 細胞器官・細胞要素: S42Y a-synuclein preformed fibrils

-
超分子 #1: S42Y a-synuclein preformed fibrils

超分子名称: S42Y a-synuclein preformed fibrils / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態filament

-
試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 25 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 293.15 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Blot time: 3.5 seconds.
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: EMS / 直径: 10 nm

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 倍率（公称値）: 63000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 41 / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 41

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る