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万見
- EMDB-28101: Structure of single homo-hexameric Holliday junction ATP-dependen... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28101
タイトルStructure of single homo-hexameric Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB motor
マップデータ
試料
  • 複合体: Single homo-hexameric AAA+ ATPase RuvB motor
    • タンパク質・ペプチド: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB
    • DNA: 49-mer DNA
    • DNA: 51-mer DNA
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


Holliday junction resolvase complex / four-way junction helicase activity / four-way junction DNA binding / DNA recombination / ヘリカーゼ / DNA修復 / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DNA helicase, Holliday junction RuvB-type / RuvB C-terminal winged helix domain / RuvB, AAA lid domain / RuvB C-terminal winged helix domain / RuvB AAA lid domain / RuvB-like P-loop domain / Holliday junction DNA helicase RuvB P-loop domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities ...DNA helicase, Holliday junction RuvB-type / RuvB C-terminal winged helix domain / RuvB, AAA lid domain / RuvB C-terminal winged helix domain / RuvB AAA lid domain / RuvB-like P-loop domain / Holliday junction DNA helicase RuvB P-loop domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Holliday junction branch migration complex subunit RuvB
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Shen ZF / Rish AD / Fu TM
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of single homo-hexameric Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB motor
著者: Shen ZF / Rish AD / Fu TM
履歴
登録2022年9月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年5月10日-
マップ公開2023年5月10日-
更新2023年5月10日-
現状2023年5月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28101.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28101.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 38.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.314
最小 - 最大-2.4995036 - 3.927434
平均 (標準偏差)0.0030204488 (±0.09500741)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ216216216
Spacing216216216
セルA=B=C: 233.28001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_28101_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_28101_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Single homo-hexameric AAA+ ATPase RuvB motor

全体名称: Single homo-hexameric AAA+ ATPase RuvB motor
要素
  • 複合体: Single homo-hexameric AAA+ ATPase RuvB motor
    • タンパク質・ペプチド: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB
    • DNA: 49-mer DNA
    • DNA: 51-mer DNA
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: Single homo-hexameric AAA+ ATPase RuvB motor

超分子名称: Single homo-hexameric AAA+ ATPase RuvB motor / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)

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分子 #1: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB

分子名称: Holliday junction ATP-dependent DNA helicase RuvB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
株: ATCC 27634 / DSM 579 / HB8
分子量理論値: 36.024688 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MEDLALRPKT LDEYIGQERL KQKLRVYLEA AKARKEPLEH LLLFGPPGLG KTTLAHVIAH ELGVNLRVTS GPAIEKPGDL AAILANSLE EGDILFIDEI HRLSRQAEEH LYPAMEDFVM DIVIGQGPAA RTIRLELPRF TLIGATTRPG LITAPLLSRF G IVEHLEYY ...文字列:
MEDLALRPKT LDEYIGQERL KQKLRVYLEA AKARKEPLEH LLLFGPPGLG KTTLAHVIAH ELGVNLRVTS GPAIEKPGDL AAILANSLE EGDILFIDEI HRLSRQAEEH LYPAMEDFVM DIVIGQGPAA RTIRLELPRF TLIGATTRPG LITAPLLSRF G IVEHLEYY TPEELAQGVM RDARLLGVRI TEEAALEIGR RSRGTMRVAK RLFRRVRDFA QVAGEEVITR ERALEALAAL GL DELGLEK RDREILEVLI LRFGGGPVGL ATLATALSED PGTLEEVHEP YLIRQGLLKR TPRGRVATEL AYRHLGYPPP VGP LLEP

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分子 #2: 49-mer DNA

分子名称: 49-mer DNA / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 15.146732 KDa
配列文字列:
(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC) (DG)(DA)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC) (DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA) (DC) (DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT) (DG)

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分子 #3: 51-mer DNA

分子名称: 51-mer DNA / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス)
分子量理論値: 15.69107 KDa
配列文字列: (DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT)(DA) (DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG) (DA) (DG)(DC)(DC)(DG)(DT) ...文字列:
(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DG)(DG) (DT)(DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT)(DA) (DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC) (DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DT)(DC)(DT)(DG) (DA) (DG)(DC)(DC)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA) (DA)(DG)(DA)

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分子 #4: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #6: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1ixs

初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 695592
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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