[日本語] English
万見
- EMDB-28065: Cas7-11 in complex with DR-mismatched target RNA, Csx29 and Csx30 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28065
タイトルCas7-11 in complex with DR-mismatched target RNA, Csx29 and Csx30
マップデータCas7-11 in complex with DR-mismatched target RNA, Csx29 and Csx30, focus refined on Cas7-11
試料
  • 複合体: Cas7-11 in complex with DR-mismatched target RNA, Csx29 and Csx30
    • タンパク質・ペプチド: Csx30
    • タンパク質・ペプチド: Cas7-11
    • タンパク質・ペプチド: Csx29
    • RNA: crRNA
    • RNA: DR-mismatched target RNA
  • リガンド: ZINC ION
機能・相同性CHAT domain / CHAT domain / CRISPR type III-associated protein / RAMP superfamily / defense response to virus / CRISPR-associated RAMP family protein / DUF4209 domain-containing protein / CHAT domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Desulfonema ishimotonii (バクテリア) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Demircioglu FE / Wilkinson ME / Strecker J / Li D / Faure G / Macrae RK / Zhang F
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)1DP1-HL141201 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)2R01HG009761-05 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: RNA-activated protein cleavage with a CRISPR-associated endopeptidase.
著者: Jonathan Strecker / F Esra Demircioglu / David Li / Guilhem Faure / Max E Wilkinson / Jonathan S Gootenberg / Omar O Abudayyeh / Hiroshi Nishimasu / Rhiannon K Macrae / Feng Zhang /
要旨: In prokaryotes, CRISPR-Cas systems provide adaptive immune responses against foreign genetic elements through RNA-guided nuclease activity. Recently, additional genes with non-nuclease functions have ...In prokaryotes, CRISPR-Cas systems provide adaptive immune responses against foreign genetic elements through RNA-guided nuclease activity. Recently, additional genes with non-nuclease functions have been found in genetic association with CRISPR systems, suggesting that there may be other RNA-guided non-nucleolytic enzymes. One such gene from encodes the TPR-CHAT protease Csx29, which is associated with the CRISPR effector Cas7-11. Here, we demonstrate that this CRISPR-associated protease (CASP) exhibits programmable RNA-activated endopeptidase activity against a sigma factor inhibitor to regulate a transcriptional response. Cryo-electron microscopy of an active and substrate-bound CASP complex reveals an allosteric activation mechanism that reorganizes Csx29 catalytic residues upon target RNA binding. This work reveals an RNA-guided function in nature that can be leveraged for RNA-sensing applications in vitro and in human cells.
履歴
登録2022年9月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月16日-
マップ公開2022年11月16日-
更新2022年12月7日-
現状2022年12月7日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_28065.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28065.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cas7-11 in complex with DR-mismatched target RNA, Csx29 and Csx30, focus refined on Cas7-11
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9945 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.054282203 - 0.14339264
平均 (標準偏差)4.175599e-05 (±0.003667266)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 318.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_28065_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Cas7-11 in complex with DR-mismatched target RNA, Csx29...

ファイルemd_28065_half_map_1.map
注釈Cas7-11 in complex with DR-mismatched target RNA, Csx29 and Csx30, half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Cas7-11 in complex with DR-mismatched target RNA, Csx29...

ファイルemd_28065_half_map_2.map
注釈Cas7-11 in complex with DR-mismatched target RNA, Csx29 and Csx30, half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Cas7-11 in complex with DR-mismatched target RNA, Csx29 and Csx30

全体名称: Cas7-11 in complex with DR-mismatched target RNA, Csx29 and Csx30
要素
  • 複合体: Cas7-11 in complex with DR-mismatched target RNA, Csx29 and Csx30
    • タンパク質・ペプチド: Csx30
    • タンパク質・ペプチド: Cas7-11
    • タンパク質・ペプチド: Csx29
    • RNA: crRNA
    • RNA: DR-mismatched target RNA
  • リガンド: ZINC ION

-
超分子 #1: Cas7-11 in complex with DR-mismatched target RNA, Csx29 and Csx30

超分子名称: Cas7-11 in complex with DR-mismatched target RNA, Csx29 and Csx30
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Desulfonema ishimotonii (バクテリア)

-
分子 #1: Csx30

分子名称: Csx30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Desulfonema ishimotonii (バクテリア)
分子量理論値: 62.688184 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNTTTYNTTT DALLEWGKVY FQKEDFSEFL DNLEAYISDA GDSLKDELES GVEKLVLGIK SAEAVIFGEA VIGTTPENEA WYDAEESFL TLDCAVWLSQ ALDRVVRRQD ASLADSLIAR LDEAINRVAE KLYADNLSPL RFSSLNEIRR SALEATDEKY H YLFPWHGA ...文字列:
MNTTTYNTTT DALLEWGKVY FQKEDFSEFL DNLEAYISDA GDSLKDELES GVEKLVLGIK SAEAVIFGEA VIGTTPENEA WYDAEESFL TLDCAVWLSQ ALDRVVRRQD ASLADSLIAR LDEAINRVAE KLYADNLSPL RFSSLNEIRR SALEATDEKY H YLFPWHGA ACDVDENILL ILTEEYHLIG ADKAGANLSE ELRGDLPFIF AELERDEVLR AYVEKENALS LALENTMREH WA FGLLEAA RDEGYNHPYP ADVGMRIHQV ARAVFSQTNL SPAERLAVAI AGACFTPEIS EDRRLEILLD CEERVCEIEA PTG DDTSVR VIKDLKALAD HRVRHEIPAE SLVSLWFEQI EAAGTDFDTK TPMDELVLRM LSDNVITLSV DRKAASQTET DDVK PQKGK IIPFPVPDIA NDEVEYQKAV GGGSANDSKV KFPGLLEIQG CRDGDKAILL EDTDDAAANH RKLFSILKAG KLNSA FFIQ SDDGEWVESE SKPTMEDNRI ILHDSHHSSF VWILDTGSMQ LRQSVKCVKD ALNKKTGSAK KLKPKTMIVW VTIPQE G

-
分子 #2: Cas7-11

分子名称: Cas7-11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Desulfonema ishimotonii (バクテリア)
分子量理論値: 183.844984 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MTTTMKISIE FLEPFRMTKW QESTRRNKNN KEFVRGQAFA RWHRNKKDNT KGRPYITGTL LRSAVIRSAE NLLTLSDGKI SEKTCCPGK FDTEDKDRLL QLRQRSTLRW TDKNPCPDNA ETYCPFCELL GRSGNDGKKA EKKDWRFRIH FGNLSLPGKP D FDGPKAIG ...文字列:
MTTTMKISIE FLEPFRMTKW QESTRRNKNN KEFVRGQAFA RWHRNKKDNT KGRPYITGTL LRSAVIRSAE NLLTLSDGKI SEKTCCPGK FDTEDKDRLL QLRQRSTLRW TDKNPCPDNA ETYCPFCELL GRSGNDGKKA EKKDWRFRIH FGNLSLPGKP D FDGPKAIG SQRVLNRVDF KSGKAHDFFK AYEVDHTRFP RFEGEITIDN KVSAEARKLL CDSLKFTDRL CGALCVIRFD EY TPAADSG KQTENVQAEP NANLAEKTAE QIISILDDNK KTEYTRLLAD AIRSLRRSSK LVAGLPKDHD GKDDHYLWDI GKK KKDENS VTIRQILTTS ADTKELKNAG KWREFCEKLG EALYLKSKDM SGGLKITRRI LGDAEFHGKP DRLEKSRSVS IGSV LKETV VCGELVAKTP FFFGAIDEDA KQTALQVLLT PDNKYRLPRS AVRGILRRDL QTYFDSPCNA ELGGRPCMCK TCRIM RGIT VMDARSEYNA PPEIRHRTRI NPFTGTVAEG ALFNMEVAPE GIVFPFQLRY RGSEDGLPDA LKTVLKWWAE GQAFMS GAA STGKGRFRME NAKYETLDLS DENQRNDYLK NWGWRDEKGL EELKKRLNSG LPEPGNYRDP KWHEINVSIE MASPFIN GD PIRAAVDKRG TAVVTFVKYK AEGEEAKPVC AYKAESFRGV IRSAVARIHM EDGVPLTELT HSDCECLLCQ IFGSEYEA G KIRFEDLVFE SDPEPVTFDH VAIDRFTGGA ADKKKFDDSP LPGSPARPLM LKGSFWIRRD VLEDEEYCKA LGKALADVN NGLYPLGGKS AIGYGQVKSL GIKGDDKRIS RLMNPAFDET DVAVPEKPKT DAEVRIEAEK VYYPHYFVEP HKKVEREEKP CGHQKFHEG RLTGKIRCKL ITKTPLIVPD TSNDDFFRPA DKEARKEKDE YHKSYAFFRL HKQIMIPGSE LRGMVSSVYE T VTNSCFRI FDETKRLSWR MDADHQNVLQ DFLPGRVTAD GKHIQKFSET ARVPFYDKTQ KHFDILDEQE IAGEKPVRMW VK RFIKRLS LVDPAKHPQK KQDNKWKRRK EGIATFIEQK NGSYYFNVVT NNGCTSFHLW HKPDNFDQEK LEGIQNGEKL DCW VRDSRY QKAFQEIPEN DPDGWECKEG YLHVVGPSKV EFSDKKGDVI NNFQGTLPSV PNDWKTIRTN DFKNRKRKNE PVFC CEDDK GNYYTMAKYC ETFFFDLKEN EEYEIPEKAR IKYKELLRVY NNNPQAVPES VFQSRVAREN VEKLKSGDLV YFKHN EKYV EDIVPVRISR TVDDRMIGKR MSADLRPCHG DWVEDGDLSA LNAYPEKRLL LRHPKGLCPA CRLFGTGSYK GRVRFG FAS LENDPEWLIP GKNPGDPFHG GPVMLSLLER PRPTWSIPGS DNKFKVPGRK FYVHHHAWKT IKDGNHPTTG KAIEQSP NN RTVEALAGGN SFSFEIAFEN LKEWELGLLI HSLQLEKGLA HKLGMAKSMG FGSVEIDVES VRLRKDWKQW RNGNSEIP N WLGKGFAKLK EWFRDELDFI ENLKKLLWFP EGDQAPRVCY PMLRKKDDPN GNSGYEELKD GEFKKEDRQK KLTTPWTPW A

-
分子 #3: Csx29

分子名称: Csx29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Desulfonema ishimotonii (バクテリア)
分子量理論値: 88.311875 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSNPIRDIQD RLKTAKFDNK DDMMNLASSL YKYEKQLMDS SEATLCQQGL SNRPNSFSQL SQFRDSDIQS KAGGQTGKFW QNEYEACKN FQTHKERRET LEQIIRFLQN GAEEKDADDL LLKTLARAYF HRGLLYRPKG FSVPARKVEA MKKAIAYCEI I LDKNEEES ...文字列:
MSNPIRDIQD RLKTAKFDNK DDMMNLASSL YKYEKQLMDS SEATLCQQGL SNRPNSFSQL SQFRDSDIQS KAGGQTGKFW QNEYEACKN FQTHKERRET LEQIIRFLQN GAEEKDADDL LLKTLARAYF HRGLLYRPKG FSVPARKVEA MKKAIAYCEI I LDKNEEES EALRIWLYAA MELRRCGEEY PENFAEKLFY LANDGFISEL YDIRLFLEYT EREEDNNFLD MILQENQDRE RL FELCLYK ARACFHLNQL NDVRIYGESA IDNAPGAFAD PFWDELVEFI RMLRNKKSEL WKEIAIKAWD KCREKEMKVG NNI YLSWYW ARQRELYDLA FMAQDGIEKK TRIADSLKSR TTLRIQELNE LRKDAHRKQN RRLEDKLDRI IEQENEARDG AYLR RNPPC FTGGKREEIP FARLPQNWIA VHFYLNELES HEGGKGGHAL IYDPQKAEKD QWQDKSFDYK ELHRKFLEWQ ENYIL NEEG SADFLVTLCR EIEKAMPFLF KSEVIPEDRP VLWIPHGFLH RLPLHAAMKS GNNSNIEIFW ERHASRYLPA WHLFDP APY SREESSTLLK NFEEYDFQNL ENGEIEVYAP SSPKKVKEAI RENPAILLLL CHGEADMTNP FRSCLKLKNK DMTIFDL LT VEDVRLSGSR ILLGACESDM VPPLEFSVDE HLSVSGAFLS HKAGEIVAGL WTVDSEKVDE CYSYLVEEKD FLRNLQEW Q MAETENFRSE NDSSLFYKIA PFRIIGFPAE

-
分子 #4: crRNA

分子名称: crRNA / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Desulfonema ishimotonii (バクテリア)
分子量理論値: 12.134133 KDa
配列文字列:
UUGAUGUCAC GGAACCUUUG UUGUCUUCGA CAUGGGUA

-
分子 #5: DR-mismatched target RNA

分子名称: DR-mismatched target RNA / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 8.931381 KDa
配列文字列:
UACCCAUGUC GAAGACAACA AAGUAUUU

-
分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 65733
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る