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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28059 | |||||||||
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タイトル | Venezuelan equine encephalitis virus-like particle in complex with Fab SKT20 | |||||||||
マップデータ | Final map after post-processing | |||||||||
試料 |
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キーワード | Venezuelan equine encephalitis virus / neutralizing antibody (中和抗体) / VEEV / VIRUS LIKE PARTICLE-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
生物種 | Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス) / Macaca fascicularis (カニクイザル) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Tsybovsky Y / Pletnev S / Verardi R / Roederer M / Kwong PD | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2023 タイトル: Vaccine elicitation and structural basis for antibody protection against alphaviruses. 著者: Matthew S Sutton / Sergei Pletnev / Victoria Callahan / Sungyoul Ko / Yaroslav Tsybovsky / Tatsiana Bylund / Ryan G Casner / Gabriele Cerutti / Christina L Gardner / Veronica Guirguis / ...著者: Matthew S Sutton / Sergei Pletnev / Victoria Callahan / Sungyoul Ko / Yaroslav Tsybovsky / Tatsiana Bylund / Ryan G Casner / Gabriele Cerutti / Christina L Gardner / Veronica Guirguis / Raffaello Verardi / Baoshan Zhang / David Ambrozak / Margaret Beddall / Hong Lei / Eun Sung Yang / Tracy Liu / Amy R Henry / Reda Rawi / Arne Schön / Chaim A Schramm / Chen-Hsiang Shen / Wei Shi / Tyler Stephens / Yongping Yang / Maria Burgos Florez / Julie E Ledgerwood / Crystal W Burke / Lawrence Shapiro / Julie M Fox / Peter D Kwong / Mario Roederer / 要旨: Alphaviruses are RNA viruses that represent emerging public health threats. To identify protective antibodies, we immunized macaques with a mixture of western, eastern, and Venezuelan equine ...Alphaviruses are RNA viruses that represent emerging public health threats. To identify protective antibodies, we immunized macaques with a mixture of western, eastern, and Venezuelan equine encephalitis virus-like particles (VLPs), a regimen that protects against aerosol challenge with all three viruses. Single- and triple-virus-specific antibodies were isolated, and we identified 21 unique binding groups. Cryo-EM structures revealed that broad VLP binding inversely correlated with sequence and conformational variability. One triple-specific antibody, SKT05, bound proximal to the fusion peptide and neutralized all three Env-pseudotyped encephalitic alphaviruses by using different symmetry elements for recognition across VLPs. Neutralization in other assays (e.g., chimeric Sindbis virus) yielded variable results. SKT05 bound backbone atoms of sequence-diverse residues, enabling broad recognition despite sequence variability; accordingly, SKT05 protected mice against Venezuelan equine encephalitis virus, chikungunya virus, and Ross River virus challenges. Thus, a single vaccine-elicited antibody can protect in vivo against a broad range of alphaviruses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28059.map.gz | 374.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28059-v30.xml emd-28059.xml | 20.6 KB 20.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_28059_fsc.xml | 28.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_28059.png | 101.5 KB | ||
マスクデータ | emd_28059_msk_1.map | 1.9 GB | マスクマップ | |
その他 | emd_28059_additional_1.map.gz emd_28059_half_map_1.map.gz emd_28059_half_map_2.map.gz | 1.5 GB 1.6 GB 1.6 GB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28059 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28059 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28059.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Final map after post-processing | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2315 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_28059_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Map before post-processing
ファイル | emd_28059_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Map before post-processing | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 2
ファイル | emd_28059_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 1
ファイル | emd_28059_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex between Venezuelan equine encephalitis virus-like particl...
全体 | 名称: Complex between Venezuelan equine encephalitis virus-like particle and Fab SKT20 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex between Venezuelan equine encephalitis virus-like particl...
超分子 | 名称: Complex between Venezuelan equine encephalitis virus-like particle and Fab SKT20 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス) |
分子量 | 理論値: 33 MDa |
-分子 #1: Coat protein
分子 | 名称: Coat protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MFPFQPMYPM QPMPYRNPFA APRRPWFPRT DPFLAMQVQE LTRSMANLTF KQRRDAPPEG PSAKKPKKE ASQKQKGGGQ GKKKKNQGKK KAKTGPPNPK AQNGNKKKTN KKPGKRQRMV MKLESDKTF PIMLEGKING YACVVGGKLF RPMHVEGKID NDVLAALKTK ...文字列: MFPFQPMYPM QPMPYRNPFA APRRPWFPRT DPFLAMQVQE LTRSMANLTF KQRRDAPPEG PSAKKPKKE ASQKQKGGGQ GKKKKNQGKK KAKTGPPNPK AQNGNKKKTN KKPGKRQRMV MKLESDKTF PIMLEGKING YACVVGGKLF RPMHVEGKID NDVLAALKTK KASKYDLEYA DV PQNMRAD TFKYTHEKPQ GYYSWHHGAV QYENGRFTVP KGVGAKGDSG RPILDNQGRV VAI VLGGVN EGSRTALSVV MWNEKGVTVK YTPENCEQW SLVTTMCLLA NVTFPCAQPP ICYDR KPAE TLAMLSVNVD NPGYDELLEA AVKCPGRKRR STEELFNEY KLTRPYMARC IRCAVGS CH SPIAIEAVKS DGHDGYVRLQ TSSQYGLDSS GNLKGRTMRY DMHGTIKEIP LHQVSLYT S RPCHIVDGHG YFLLARCPAG DSITMEFKKD SVRHSCSVPY EVKFNPVGRE LYTHPPEHG VEQACQVYAH DAQNRGAYVE MHLPGSEVDS SLVSLSGSSV TVTPPDGTSA LVECECGGTK ISETINKTK QFSQCTKKEQ CRAYRLQNDK WVYNSDKLPK AAGATLKGKL HVPFLLADGK C TVPLAPEP MITFGFRSVS LKLHPKNPTY LITRQLADEP HYTHELISEP AVRNFTVTEK GW EFVWGNH PPKRFWAQET APGNPHGLPH EVITHYYHRY PMSTILGLSI CAAIATVSVA AST WLFCRS RVACLTPYRL TPNARIPFCL AVLCCARTAR AETTWESLDH LWNNNQQMFW IQLL IPLAA LIVVTRLLRC VCCVVPFLVM AGAAAPA YE HATTMPSQAG ISYNTIVNRA GYAPLP ISI TPTKIKLIPT VNLEYVTCHY KTGMDSPAIK CCGSQECTPT YRPDEQCKVF TGVYPFM WG GAYCFCDTEN TQVSKAYVMK SDDCLADHAE AYKAHTASVQ AFLNITVGEH SIVTTVYV N GETPVNFNGV KITAGPLSTA WTPFDRKIVQ YAGEIYNYDF PEYGAGQPGA FGDIQSRTV SSSDLYANTN LVLQRPKAGA IHVPYTQAPS GFEQWKKDKA PSLKFTAPFG CEIYTNPIRA ENCAVGSIP LAFDIPDALF TRVSETPTLS AAECTLNECV YSSDFGGIAT VKYSASKSGK C AVHVPSGT ATLKEAAVEL TEQGSATIHF STANIHPEFR LQICTSYVTC KGDCHPPKDH IV THPQYHA QTFTAAVSKT AWTWLTSLLG GSAVIIIIGL VLATIVAMYV LTNQKHN |
-分子 #2: Fab SKT20 heavy chain
分子 | 名称: Fab SKT20 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Macaca fascicularis (カニクイザル) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: QVQVQESGPG LVKPSETLSL TCAVSSGSIN DDSYYWTWIR QSPGKGLEWL GFIHGGTGKS FYNPSLESRV TISKDTSRNQ FSLTLSSVSA ADTAVYYCAR SHFCSNTFCY GWFDVWGPGI RVTVSS AST KGPSVFPLAP SSRSTSESTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS ...文字列: QVQVQESGPG LVKPSETLSL TCAVSSGSIN DDSYYWTWIR QSPGKGLEWL GFIHGGTGKS FYNPSLESRV TISKDTSRNQ FSLTLSSVSA ADTAVYYCAR SHFCSNTFCY GWFDVWGPGI RVTVSS AST KGPSVFPLAP SSRSTSESTA ALGCLVKDYF PEPVTVSWNS GSLTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYVC NVNHKPSNTK VDKRVEIKTC Gglevlfq |
-分子 #3: Fab SKT20 light chain
分子 | 名称: Fab SKT20 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Macaca fascicularis (カニクイザル) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DVVMTQTPLS LPITPGEPAS ISCRSSQSLL HSNGNTYLHW YLQKPGQSPQ LLIYGGSNRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SKVEAEDVGV YYCVQAIAFP WTFGQGTKVE IK RTVAAPS VFIFPPSEDQ VKSGTVSVVC LLNNFYPREA SVKWKVDGAL KTGNSQESVT ...文字列: DVVMTQTPLS LPITPGEPAS ISCRSSQSLL HSNGNTYLHW YLQKPGQSPQ LLIYGGSNRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SKVEAEDVGV YYCVQAIAFP WTFGQGTKVE IK RTVAAPS VFIFPPSEDQ VKSGTVSVVC LLNNFYPREA SVKWKVDGAL KTGNSQESVT EQDSKDNTYS LSSTLTLSST EYQSHKVYAC EVTHQGLSSP VTKSFNRGEC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.25 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.75 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 47.5 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |