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万見
- EMDB-27122: Global refinement for integrin alphaM/beta2 ectodomain in complex... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27122
タイトルGlobal refinement for integrin alphaM/beta2 ectodomain in complex with adenylate cyclase toxin RTX751 and M1F5 Fab
マップデータTernary complex global refinement unsharpened map
試料
  • 複合体: Ternary complex of integrin alphaM/beta2 ectodomain with adenylate cyclase toxin RTX domain and M1F5 Fab
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Goldsmith JA / McLellan JS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI155453 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Structural basis for non-canonical integrin engagement by Bordetella adenylate cyclase toxin.
著者: Jory A Goldsmith / Andrea M DiVenere / Jennifer A Maynard / Jason S McLellan /
要旨: Integrins are ubiquitous cell-surface heterodimers that are exploited by pathogens and toxins, including leukotoxins that target β integrins on phagocytes. The Bordetella adenylate cyclase toxin ...Integrins are ubiquitous cell-surface heterodimers that are exploited by pathogens and toxins, including leukotoxins that target β integrins on phagocytes. The Bordetella adenylate cyclase toxin (ACT) uses the αβ integrin as a receptor, but the structural basis for integrin binding and neutralization by antibodies is poorly understood. Here, we use cryoelectron microscopy to determine a 2.7 Å resolution structure of an ACT fragment bound to αβ. This structure reveals that ACT interacts with the headpiece and calf-2 of the α subunit in a non-canonical manner specific to bent, inactive αβ. Neutralizing antibody epitopes map to ACT residues involved in α binding, providing the basis for antibody-mediated attachment inhibition. Furthermore, binding to αβ positions the essential ACT acylation sites, which are conserved among toxins exported by type I secretion systems, at the cell membrane. These findings reveal a structural mechanism for integrin-mediated attachment and explain antibody-mediated neutralization of ACT intoxication.
履歴
登録2022年5月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月17日-
マップ公開2022年8月17日-
更新2022年9月14日-
現状2022年9月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27122.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27122.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 147.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Ternary complex global refinement unsharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.073 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.21
最小 - 最大-0.38224623 - 1.1229726
平均 (標準偏差)-0.00015632887 (±0.022360858)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ338338338
Spacing338338338
セルA=B=C: 362.67398 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Ternary complex global refinement sharpened map (DeepEMhancer)

ファイルemd_27122_additional_1.map
注釈Ternary complex global refinement sharpened map (DeepEMhancer)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Ternary complex global refinement half-map A

ファイルemd_27122_half_map_1.map
注釈Ternary complex global refinement half-map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Ternary complex global refinement half-map B

ファイルemd_27122_half_map_2.map
注釈Ternary complex global refinement half-map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of integrin alphaM/beta2 ectodomain with adenylat...

全体名称: Ternary complex of integrin alphaM/beta2 ectodomain with adenylate cyclase toxin RTX domain and M1F5 Fab
要素
  • 複合体: Ternary complex of integrin alphaM/beta2 ectodomain with adenylate cyclase toxin RTX domain and M1F5 Fab

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超分子 #1: Ternary complex of integrin alphaM/beta2 ectodomain with adenylat...

超分子名称: Ternary complex of integrin alphaM/beta2 ectodomain with adenylate cyclase toxin RTX domain and M1F5 Fab
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3k6s

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 347508
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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