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- EMDB-27042: SARS-CoV-2 S protein mix in complex with Novavax NHP 37611 polycl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27042
タイトルSARS-CoV-2 S protein mix in complex with Novavax NHP 37611 polyclonal Fab
マップデータrefined map of SARS-CoV-2 ancestral spike mix with Novavax NHP 37611 fabs (C1 symmetry)
試料
  • 複合体: SARS-CoV-2 S protein mix in complex with Novavax NHP 37611 polyclonal Fab
    • 複合体: SARS-CoV-2 S protein
    • 複合体: Novavax NHP 37611 polyclonal Fab
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) / Macaca mulatta (アカゲザル)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Jackson AM / Bangaru S / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-004923 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2022
タイトル: Antibodies from primary humoral responses modulate the recruitment of naive B cells during secondary responses.
著者: Jeroen M J Tas / Ja-Hyun Koo / Ying-Cing Lin / Zhenfei Xie / Jon M Steichen / Abigail M Jackson / Blake M Hauser / Xuesong Wang / Christopher A Cottrell / Jonathan L Torres / John E Warner / ...著者: Jeroen M J Tas / Ja-Hyun Koo / Ying-Cing Lin / Zhenfei Xie / Jon M Steichen / Abigail M Jackson / Blake M Hauser / Xuesong Wang / Christopher A Cottrell / Jonathan L Torres / John E Warner / Kathrin H Kirsch / Stephanie R Weldon / Bettina Groschel / Bartek Nogal / Gabriel Ozorowski / Sandhya Bangaru / Nicole Phelps / Yumiko Adachi / Saman Eskandarzadeh / Michael Kubitz / Dennis R Burton / Daniel Lingwood / Aaron G Schmidt / Usha Nair / Andrew B Ward / William R Schief / Facundo D Batista /
要旨: Vaccines generate high-affinity antibodies by recruiting antigen-specific B cells to germinal centers (GCs), but the mechanisms governing the recruitment to GCs on secondary challenges remain unclear. ...Vaccines generate high-affinity antibodies by recruiting antigen-specific B cells to germinal centers (GCs), but the mechanisms governing the recruitment to GCs on secondary challenges remain unclear. Here, using preclinical SARS-CoV and HIV mouse models, we demonstrated that the antibodies elicited during primary humoral responses shaped the naive B cell recruitment to GCs during secondary exposures. The antibodies from primary responses could either enhance or, conversely, restrict the GC participation of naive B cells: broad-binding, low-affinity, and low-titer antibodies enhanced recruitment, whereas, by contrast, the high titers of high-affinity, mono-epitope-specific antibodies attenuated cognate naive B cell recruitment. Thus, the directionality and intensity of that effect was determined by antibody concentration, affinity, and epitope specificity. Circulating antibodies can, therefore, be important determinants of antigen immunogenicity. Future vaccines may need to overcome-or could, alternatively, leverage-the effects of circulating primary antibodies on subsequent naive B cell recruitment.
履歴
登録2022年5月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月7日-
マップ公開2022年9月7日-
更新2022年10月26日-
現状2022年10月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27042.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27042.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈refined map of SARS-CoV-2 ancestral spike mix with Novavax NHP 37611 fabs (C1 symmetry)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.063 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.019956565 - 0.043134578
平均 (標準偏差)-0.0003270637 (±0.0023569234)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 528.128 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map of SARS-CoV-2 ancestral spike mix with...

ファイルemd_27042_half_map_1.map
注釈half map of SARS-CoV-2 ancestral spike mix with Novavax NHP 37611 fabs (C1 symmetry)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map of SARS-CoV-2 ancestral spike mix with...

ファイルemd_27042_half_map_2.map
注釈half map of SARS-CoV-2 ancestral spike mix with Novavax NHP 37611 fabs (C1 symmetry)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SARS-CoV-2 S protein mix in complex with Novavax NHP 37611 polycl...

全体名称: SARS-CoV-2 S protein mix in complex with Novavax NHP 37611 polyclonal Fab
要素
  • 複合体: SARS-CoV-2 S protein mix in complex with Novavax NHP 37611 polyclonal Fab
    • 複合体: SARS-CoV-2 S protein
    • 複合体: Novavax NHP 37611 polyclonal Fab

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超分子 #1: SARS-CoV-2 S protein mix in complex with Novavax NHP 37611 polycl...

超分子名称: SARS-CoV-2 S protein mix in complex with Novavax NHP 37611 polyclonal Fab
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0

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超分子 #2: SARS-CoV-2 S protein

超分子名称: SARS-CoV-2 S protein / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Novavax NHP 37611 polyclonal Fab

超分子名称: Novavax NHP 37611 polyclonal Fab / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl formate

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6vyb

初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 80461

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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