[日本語] English
万見
- EMDB-26723: Structure of IsrB ternary complex with RNA mutant and target DNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26723
タイトルStructure of IsrB ternary complex with RNA mutant and target DNA
マップデータ
試料
  • 複合体: IsrB-RNA-DNA complex
    • タンパク質・ペプチド: IsrB protein-lambdaN
    • RNA: omegaRNA-boxB
    • DNA: target-DNA
    • DNA: non-target-DNA
生物種Desulfovirgula thermocuniculi (バクテリア) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å
データ登録者Seiichi H / Kappel K / Zhang F
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Structure of the OMEGA nickase IsrB in complex with ωRNA and target DNA.
著者: Seiichi Hirano / Kalli Kappel / Han Altae-Tran / Guilhem Faure / Max E Wilkinson / Soumya Kannan / F Esra Demircioglu / Rui Yan / Momoko Shiozaki / Zhiheng Yu / Kira S Makarova / Eugene V ...著者: Seiichi Hirano / Kalli Kappel / Han Altae-Tran / Guilhem Faure / Max E Wilkinson / Soumya Kannan / F Esra Demircioglu / Rui Yan / Momoko Shiozaki / Zhiheng Yu / Kira S Makarova / Eugene V Koonin / Rhiannon K Macrae / Feng Zhang /
要旨: RNA-guided systems, such as CRISPR-Cas, combine programmable substrate recognition with enzymatic function, a combination that has been used advantageously to develop powerful molecular technologies. ...RNA-guided systems, such as CRISPR-Cas, combine programmable substrate recognition with enzymatic function, a combination that has been used advantageously to develop powerful molecular technologies. Structural studies of these systems have illuminated how the RNA and protein jointly recognize and cleave their substrates, guiding rational engineering for further technology development. Recent work identified a new class of RNA-guided systems, termed OMEGA, which include IscB, the likely ancestor of Cas9, and the nickase IsrB, a homologue of IscB lacking the HNH nuclease domain. IsrB consists of only around 350 amino acids, but its small size is counterbalanced by a relatively large RNA guide (roughly 300-nt ωRNA). Here, we report the cryogenic-electron microscopy structure of Desulfovirgula thermocuniculi IsrB (DtIsrB) in complex with its cognate ωRNA and a target DNA. We find the overall structure of the IsrB protein shares a common scaffold with Cas9. In contrast to Cas9, however, which uses a recognition (REC) lobe to facilitate target selection, IsrB relies on its ωRNA, part of which forms an intricate ternary structure positioned analogously to REC. Structural analyses of IsrB and its ωRNA as well as comparisons to other RNA-guided systems highlight the functional interplay between protein and RNA, advancing our understanding of the biology and evolution of these diverse systems.
履歴
登録2022年4月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年10月19日-
マップ公開2022年10月19日-
更新2022年10月26日-
現状2022年10月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_26723.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26723.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.255 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.73
最小 - 最大-0.25337994 - 1.7427977
平均 (標準偏差)0.033618342 (±0.14755921)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 200.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_26723_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_26723_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : IsrB-RNA-DNA complex

全体名称: IsrB-RNA-DNA complex
要素
  • 複合体: IsrB-RNA-DNA complex
    • タンパク質・ペプチド: IsrB protein-lambdaN
    • RNA: omegaRNA-boxB
    • DNA: target-DNA
    • DNA: non-target-DNA

-
超分子 #1: IsrB-RNA-DNA complex

超分子名称: IsrB-RNA-DNA complex / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Desulfovirgula thermocuniculi (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
分子 #1: IsrB protein-lambdaN

分子名称: IsrB protein-lambdaN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Desulfovirgula thermocuniculi (バクテリア)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KMSDSEVNQE AKPEVKPEVK PETHINLKVS DGSSEIFFKI KKTTPLRRLM EAFAKRQGKE MDSLRFLYDG IRIQADQTPE DLDMEDNDII EAHREQIGGS MDAQTRRRER RAEKQAQWKA ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MASWSHPQFE KGGGSGGGSG GSAWSHPQFE KMSDSEVNQE AKPEVKPEVK PETHINLKVS DGSSEIFFKI KKTTPLRRLM EAFAKRQGKE MDSLRFLYDG IRIQADQTPE DLDMEDNDII EAHREQIGGS MDAQTRRRER RAEKQAQWKA ANMSTSITRV PVVGVDGRPL MPTTPRKARL LIRDGLAVPR RNKLGLFYIQ MLRPVGTRTQ PVALAVDPGA KYDGVAVASH RRVELRAMVF LPDDVPRKME TRRNLRRARR YRKTPRRPAR FDNRRRKGYW LAPTQRFKVE ARLKVVRELC RIYPVQLIVT EDVRFNHARD RNGKYFSTVE IGKTLTYREY RKLAELRLVE VSETDAWRER FGLEKRTERK CEQVPETHAN DAAAMLMGVT GCAHNPAAPF FVWRRLRYAR RSLFRQNPQK DGVRPRFGGT ANGGFFRKGD WVEAEKAGKV YRGWVCGLPT ETTKLVGVAD ADGKRIGQFS PKKVRLLARS TGFSWKEVAA HSSPEVSKGE ELFTGVVPIL VELDGDVNGH KFSVRGEGEG DATNGKLTLK FICTTGKLPV PWPTLVTTLT YGVQCFSRYP DHMKQHDFFK SAMPEGYVQE RTISFKDDGT YKTRAEVKFE GDTLVNRIEL KGIDFKEDGN ILGHKLEYNF NSHNVYITAD KQKNGIKANF KIRHNVEDGS VQLADHYQQN TPIGDGPVLL PDNHYLSTQS KLSKDPNEKR DHMVLLEFVT AAGITLGMDE LYK

-
分子 #2: omegaRNA-boxB

分子名称: omegaRNA-boxB / タイプ: rna / ID: 2
由来(天然)生物種: Desulfovirgula thermocuniculi (バクテリア)
配列文字列: ggGCCUUAUU AAAUGACUUC UCGUCAACCA CCCCUGAAAG GGGGCCCGGU UUGGCGGGGC CGGGGGCAAC UGGCUGACCA GGCGGCCCGG UUCGCCGGGC AGGGGUCCGC GGGGCUACCA AGGACUUCCG GGUGUUUCGC CAGCCCGGAC UAUCUCCGGC AGAACCGCUC ...文字列:
ggGCCUUAUU AAAUGACUUC UCGUCAACCA CCCCUGAAAG GGGGCCCGGU UUGGCGGGGC CGGGGGCAAC UGGCUGACCA GGCGGCCCGG UUCGCCGGGC AGGGGUCCGC GGGGCUACCA AGGACUUCCG GGUGUUUCGC CAGCCCGGAC UAUCUCCGGC AGAACCGCUC AAUGCCGCGG CCGGCCAAGA CCGGCCUAAG CCCUGCGGAC AGCGCCGAGG CGACAAUCAC UCCGAAAGGA GGCCGUGUAU CGGCGAAAGC CCUGAAGAAG GGC

-
分子 #3: target-DNA

分子名称: target-DNA / タイプ: dna / ID: 3 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
gatCAGCTCA AGAGAAGTCA TTTAATAAGG C

-
分子 #4: non-target-DNA

分子名称: non-target-DNA / タイプ: dna / ID: 4 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
TACTGAAGAG TTGAGCTGat

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
最大 デフォーカス（公称値）: 0.0026000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.001 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 3.1265 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 50661

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る