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- EMDB-25982: Cryo-EM structure of hMPV preF bound by Fabs MPE8 and SAN32-2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25982
タイトルCryo-EM structure of hMPV preF bound by Fabs MPE8 and SAN32-2
マップデータ
試料
  • 複合体: Trimeric prefusion hMPV F glycoprotein bound by three molecules of Fabs SAN32-2 and MPE8
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • タンパク質・ペプチド: SAN32-2 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: SAN32-2 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: MPE8 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: MPE8 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / fusion of virus membrane with host plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / 細胞膜 / Fusion glycoprotein F0
機能・相同性情報
生物種Human metapneumovirus (ヒトメタニューモウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Rush SA / Hsieh C-L / McLellan JS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Welch FoundationF-0003-19620604 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2022
タイトル: Characterization of prefusion-F-specific antibodies elicited by natural infection with human metapneumovirus.
著者: Scott A Rush / Gurpreet Brar / Ching-Lin Hsieh / Emilie Chautard / Jennifer N Rainho-Tomko / Chris D Slade / Christine A Bricault / Ana Kume / James Kearns / Rachel Groppo / Sophia T Mundle / ...著者: Scott A Rush / Gurpreet Brar / Ching-Lin Hsieh / Emilie Chautard / Jennifer N Rainho-Tomko / Chris D Slade / Christine A Bricault / Ana Kume / James Kearns / Rachel Groppo / Sophia T Mundle / Linong Zhang / Danilo Casimiro / Tong-Ming Fu / Joshua M DiNapoli / Jason S McLellan /
要旨: Human metapneumovirus (hMPV) is a major cause of acute respiratory infections in infants and older adults, for which no vaccines or therapeutics are available. The viral fusion (F) glycoprotein is ...Human metapneumovirus (hMPV) is a major cause of acute respiratory infections in infants and older adults, for which no vaccines or therapeutics are available. The viral fusion (F) glycoprotein is required for entry and is the primary target of neutralizing antibodies; however, little is known about the humoral immune response generated from natural infection. Here, using prefusion-stabilized F proteins to interrogate memory B cells from two older adults, we obtain over 700 paired non-IgM antibody sequences representing 563 clonotypes, indicative of a highly polyclonal response. Characterization of 136 monoclonal antibodies reveals broad recognition of the protein surface, with potently neutralizing antibodies targeting each antigenic site. Cryo-EM studies further reveal two non-canonical sites and the molecular basis for recognition of the apex of hMPV F by two prefusion-specific neutralizing antibodies. Collectively, these results provide insight into the humoral response to hMPV infection in older adults and will help guide vaccine development.
履歴
登録2022年1月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月14日-
マップ公開2022年9月14日-
更新2022年11月23日-
現状2022年11月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25982.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25982.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36688 Å
密度
表面レベル登録者による: 6.0
最小 - 最大-10.731491 - 44.180817
平均 (標準偏差)3.674986e-06 (±1.015123)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 349.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Trimeric prefusion hMPV F glycoprotein bound by three molecules o...

全体名称: Trimeric prefusion hMPV F glycoprotein bound by three molecules of Fabs SAN32-2 and MPE8
要素
  • 複合体: Trimeric prefusion hMPV F glycoprotein bound by three molecules of Fabs SAN32-2 and MPE8
    • タンパク質・ペプチド: Fusion glycoprotein F0
    • タンパク質・ペプチド: SAN32-2 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: SAN32-2 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: MPE8 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: MPE8 Fab light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Trimeric prefusion hMPV F glycoprotein bound by three molecules o...

超分子名称: Trimeric prefusion hMPV F glycoprotein bound by three molecules of Fabs SAN32-2 and MPE8
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Human metapneumovirus (ヒトメタニューモウイルス)
分子量理論値: 457.9 kDa/nm

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分子 #1: Fusion glycoprotein F0

分子名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human metapneumovirus (ヒトメタニューモウイルス)
分子量理論値: 60.453852 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSWKVVIIFS LLITPQHGLK ESYLEESCST ITEGYLSVLR TGWYTNVFTL EVGDVENLTC ADGPSLIKTE LDLTKSALRE LRTVSADQL AREEQIENPR RRRFVLGAIA CGVATAAAVT AGVAIAKCIR LESEVTAIKN CLKKTNECVS TLGCGVRVLA T AVRELKDF ...文字列:
MSWKVVIIFS LLITPQHGLK ESYLEESCST ITEGYLSVLR TGWYTNVFTL EVGDVENLTC ADGPSLIKTE LDLTKSALRE LRTVSADQL AREEQIENPR RRRFVLGAIA CGVATAAAVT AGVAIAKCIR LESEVTAIKN CLKKTNECVS TLGCGVRVLA T AVRELKDF VSKNLTRAIN KNKCDIPDLK MAVSFSQFNR RFLNVVRQFS DNAGITPAIS KDLMTDAELA RAISNMPTSA GQ IKLMLEN RAMVRRKGFG ILIGVYGSSV IYMVQLPIFG VIDTPCWIVK AAPSCSEKKG NYACLLREDQ GWYCQNAGST VYY PCEKDC ETRGDHVFCD TAAGINVAEQ SKECNINIST TNYPCKVSCG RHPISMVALS PLGALVACYK GVSCSIGSNR VGII KQLNK GCSYITNQDA DTVTIDNTVY QLSKVEGEQH VIKGRPVSSS FDPVKFPQDQ FNVALDQCFE SIENSQALVD QSNRI LSSA EKGNTGGGGS GYIPEAPRDG QAYVRKDGEW VLLSTFLGRS LEVLFQGPGH HHHHHHHSAW SHPQFEK

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分子 #2: SAN32-2 Fab heavy chain

分子名称: SAN32-2 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.099031 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVQSGAE VKKPGESLRI SCKSSGYTFT TYWITWVRQM PGKGLEWMGR IDPSDSYTDY SPSFKGHVTI SVDKSINTAY LQWGSLKSS DTAIFYCARQ ASSGKIYFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列:
EVQLVQSGAE VKKPGESLRI SCKSSGYTFT TYWITWVRQM PGKGLEWMGR IDPSDSYTDY SPSFKGHVTI SVDKSINTAY LQWGSLKSS DTAIFYCARQ ASSGKIYFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EPKSCD

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分子 #3: SAN32-2 Fab light chain

分子名称: SAN32-2 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.542988 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCQASQGIN YYLNWYQQKP GKAPKVLIYD ASDLETGVPS RFSGGGSGTH FTFTISSLQT EDIGTYYCQ QYDNLPFTFG QGTRLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQMTQSPSS LSASVGDRVT ITCQASQGIN YYLNWYQQKP GKAPKVLIYD ASDLETGVPS RFSGGGSGTH FTFTISSLQT EDIGTYYCQ QYDNLPFTFG QGTRLEIKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS Q ESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #4: MPE8 Fab heavy chain

分子名称: MPE8 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.985793 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGGG LVKPGGSLRL SCAASGFTFS SYSMNWVRQA PGKGLEWVSS ISASSSYSDY ADSAKGRFTI SRDNAKTSLF LQMNSLRAE DTAIYFCARA RATGYSSITP YFDIWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ...文字列:
EVQLVESGGG LVKPGGSLRL SCAASGFTFS SYSMNWVRQA PGKGLEWVSS ISASSSYSDY ADSAKGRFTI SRDNAKTSLF LQMNSLRAE DTAIYFCARA RATGYSSITP YFDIWGQGTL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS KSTSGGTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ALTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYICN VNHKPSNTKV DKKVEPKSCD

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分子 #5: MPE8 Fab light chain

分子名称: MPE8 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.772092 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSVVTQPPSV SGAPGQRVTI SCTGSSSNIG AGYDVHWYQQ LPGTAPKLLI YDNNNRPSGV PDRFSASKSG TSASLAITGL QAEDEADYY CQSYDRSLSG VFGTGTKVTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP ...文字列:
QSVVTQPPSV SGAPGQRVTI SCTGSSSNIG AGYDVHWYQQ LPGTAPKLLI YDNNNRPSGV PDRFSASKSG TSASLAITGL QAEDEADYY CQSYDRSLSG VFGTGTKVTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHKSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPTECS

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 6 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
2.0 mMTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
200.0 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム
0.02 %sodium azideNaN3
0.025 %amphipolA8-35
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 29000
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3636 / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 772860
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / ソフトウェア - 詳細: cryoSPARC Live
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: ab-initio
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 134989

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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