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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24386 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of TRPV3 in complex with osthole | ||||||||||||||||||
マップデータ | TRPV3 in complex with osthole | ||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | TRP channel (TRPチャネル) / V3 / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of hair cycle / TRPチャネル / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / monoatomic cation channel activity / calcium channel activity / monoatomic ion channel activity / receptor complex / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.99 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Neuberger A / Nadezhdin KD | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, ドイツ, 5件
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引用 | ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2021 タイトル: Structural mechanism of TRPV3 channel inhibition by the plant-derived coumarin osthole. 著者: Arthur Neuberger / Kirill D Nadezhdin / Eleonora Zakharian / Alexander I Sobolevsky / 要旨: TRPV3, a representative of the vanilloid subfamily of TRP channels, is predominantly expressed in skin keratinocytes and has been implicated in cutaneous sensation and associated with numerous skin ...TRPV3, a representative of the vanilloid subfamily of TRP channels, is predominantly expressed in skin keratinocytes and has been implicated in cutaneous sensation and associated with numerous skin pathologies and cancers. TRPV3 is inhibited by the natural coumarin derivative osthole, an active ingredient of Cnidium monnieri, which has been used in traditional Chinese medicine for the treatment of a variety of human diseases. However, the structural basis of channel inhibition by osthole has remained elusive. Here we present cryo-EM structures of TRPV3 in complex with osthole, revealing two types of osthole binding sites in the transmembrane region of TRPV3 that coincide with the binding sites of agonist 2-APB. Osthole binding converts the channel pore into a previously unidentified conformation with a widely open selectivity filter and closed intracellular gate. Our structures provide insight into competitive inhibition of TRPV3 by osthole and can serve as a template for the design of osthole chemistry-inspired drugs targeting TRPV3-associated diseases. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24386.map.gz | 59.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24386-v30.xml emd-24386.xml | 15 KB 15 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_24386.png | 41 KB | ||
Filedesc metadata | emd-24386.cif.gz | 6.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24386 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24386 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24386.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | TRPV3 in complex with osthole | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : sample 1
全体 | 名称: sample 1 |
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要素 |
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-超分子 #1: sample 1
超分子 | 名称: sample 1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 92.481547 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGAHSKEMAP LMGKRTTAPG GNPVVLTEKR PADLTPTKKS AHFFLEIEGF EPNPTVTKTS PPIFSKPMDS NIRQCLSGNC DDMDSPQSP QDDVTETPSN PNSPSANLAK EEQRQKKKRL KKRIFAAVSE GCVEELRELL QDLQDLCRRR RGLDVPDFLM H KLTASDTG ...文字列: MGAHSKEMAP LMGKRTTAPG GNPVVLTEKR PADLTPTKKS AHFFLEIEGF EPNPTVTKTS PPIFSKPMDS NIRQCLSGNC DDMDSPQSP QDDVTETPSN PNSPSANLAK EEQRQKKKRL KKRIFAAVSE GCVEELRELL QDLQDLCRRR RGLDVPDFLM H KLTASDTG KTCLMKALLN INPNTKEIVR ILLAFAEEND ILDRFINAEY TEEAYEGQTA LNIAIERRQG DITAVLIAAG AD VNAHAKG VFFNPKYQHE GFYFGETPLA LAACTNQPEI VQLLMENEQT DITSQDSRGN NILHALVTVA EDFKTQNDFV KRM YDMILL RSGNWELETM RNNDGLTPLQ LAAKMGKAEI LKYILSREIK EKPLRSLSRK FTDWAYGPVS SSLYDLTNVD TTTD NSVLE IIVYNTNIDN RHEMLTLEPL HTLLHTKWKK FAKYMFFLSF CFYFFYNITL TLVSYYRPRE DEDLPHPLAL THKMS WLQL LGRMFVLIWA TCISVKEGIA IFLLRPSDLQ SILSDAWFHF VFFVQAVLVI LSVFLYLFAY KEYLACLVLA MALGWA NML AYTRGFQSMG MYSVMIQKVI LHDVLKFLFV YILFLLGFGV ALASLIEKCS KDKKDCSSYG SFSDAVLELF KLTIGLG DL NIQQNSTYPI LFLFLLITYV ILTFVLLLNM LIALMGETVE NVSKESERIW RLQRARTILE FEKMLPEWLR SRFRMGEL C KVADEDFRLC LRINEVKWTE WKTHVSFLNE DPGPIRRTAD LNKIQDSSRS NSKTTLYAFD ELDEFPETSV LVPRGSAAA WSHPQFEK UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3 |
-分子 #2: 7-methoxy-8-(3-methylbut-2-enyl)chromen-2-one
分子 | 名称: 7-methoxy-8-(3-methylbut-2-enyl)chromen-2-one / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 8 / 式: A0O |
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分子量 | 理論値: 244.286 Da |
Chemical component information | ChemComp-A0O: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3 mg/mL | |||||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -1.5 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3997 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 96.5 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 1147004 |
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初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
初期 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14) |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14) |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14) / 使用した粒子像数: 63523 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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得られたモデル | PDB-7rau: |