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- EMDB-24298: Cryo-ET platelet of control mouse (3 week) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24298
タイトルCryo-ET platelet of control mouse (3 week)
マップデータRepresentative tomographic reconstruction of platelet from control mouse(3 week). Bin4.
試料
  • 細胞: Platelet of control mouse (3 week)
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Huo T / Wang Z
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Using Cryo-ET to distinguish platelets during pre-acute myeloid leukemia from steady state hematopoiesis.
著者: Yuewei Wang / Tong Huo / Yu-Jung Tseng / Lan Dang / Zhili Yu / Wenjuan Yu / Zachary Foulks / Rebecca L Murdaugh / Steven J Ludtke / Daisuke Nakada / Zhao Wang /
要旨: Early diagnosis of acute myeloid leukemia (AML) in the pre-leukemic stage remains a clinical challenge, as pre-leukemic patients show no symptoms, lacking any known morphological or numerical ...Early diagnosis of acute myeloid leukemia (AML) in the pre-leukemic stage remains a clinical challenge, as pre-leukemic patients show no symptoms, lacking any known morphological or numerical abnormalities in blood cells. Here, we demonstrate that platelets with structurally abnormal mitochondria emerge at the pre-leukemic phase of AML, preceding detectable changes in blood cell counts or detection of leukemic blasts in blood. We visualized frozen-hydrated platelets from mice at different time points during AML development in situ using electron cryo-tomography (cryo-ET) and identified intracellular organelles through an unbiased semi-automatic process followed by quantitative measurement. A large proportion of platelets exhibited changes in the overall shape and depletion of organelles in AML. Notably, 23% of platelets in pre-leukemic cells exhibit abnormal, round mitochondria with unfolded cristae, accompanied by a significant drop in ATP levels and altered expression of metabolism-related gene signatures. Our study demonstrates that detectable structural changes in pre-leukemic platelets may serve as a biomarker for the early diagnosis of AML.
履歴
登録2021年6月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年2月23日-
マップ公開2022年2月23日-
更新2022年2月23日-
現状2022年2月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_24298.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24298.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Representative tomographic reconstruction of platelet from control mouse(3 week). Bin4.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 48.24 Å
密度
最小 - 最大-100.33286 - 30.880512
平均 (標準偏差)7.569549e-09 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-480-480-288
サイズ960960576
Spacing960960576
セルA: 46310.402 Å / B: 46310.402 Å / C: 27786.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z48.24000208333348.24000208333348.24
M x/y/z960960576
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z46310.40246310.40227786.240
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-480-480-288
NC/NR/NS960960576
D min/max/mean-100.33330.8810.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Platelet of control mouse (3 week)

全体名称: Platelet of control mouse (3 week)
要素
  • 細胞: Platelet of control mouse (3 week)

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超分子 #1: Platelet of control mouse (3 week)

超分子名称: Platelet of control mouse (3 week) / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 295 K
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: AURION / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.8 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 51

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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