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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24231 | ||||||||||||
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タイトル | Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC | ||||||||||||
マップデータ | recombined double nuclear outer ring | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | nuclear pore complex (核膜孔) / outer ring / Nup84 complex / TRANSLOCASE (輸送酵素) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mRNA export from nucleus in response to heat stress / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear pore inner ring / Seh1-associated complex / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / protein localization to nuclear inner membrane / protein exit from endoplasmic reticulum / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / COPII-coated vesicle budding / COPII-mediated vesicle transport ...mRNA export from nucleus in response to heat stress / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear pore inner ring / Seh1-associated complex / positive regulation of ER to Golgi vesicle-mediated transport / protein localization to nuclear inner membrane / protein exit from endoplasmic reticulum / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / COPII-coated vesicle budding / COPII-mediated vesicle transport / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore localization / nuclear pore central transport channel / telomere tethering at nuclear periphery / regulation of nucleocytoplasmic transport / regulation of TORC1 signaling / nuclear pore organization / nuclear pore outer ring / SUMOylation of SUMOylation proteins / COPII vesicle coat / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore cytoplasmic filaments / tRNA export from nucleus / positive regulation of protein exit from endoplasmic reticulum / SUMOylation of RNA binding proteins / SUMOylation of chromatin organization proteins / structural constituent of nuclear pore / RNA export from nucleus / vacuolar membrane / silent mating-type cassette heterochromatin formation / nucleocytoplasmic transport / poly(A)+ mRNA export from nucleus / nuclear localization sequence binding / NLS-bearing protein import into nucleus / ERAD pathway / subtelomeric heterochromatin formation / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / ribosomal large subunit export from nucleus / positive regulation of TOR signaling / mRNA transport / mRNA export from nucleus / 核膜孔 / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to amino acid starvation / protein export from nucleus / cell periphery / protein import into nucleus / double-strand break repair / protein transport / 核膜 / 核膜 / chromosome, telomeric region / hydrolase activity / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / 小胞体 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Akey CW / Rout MP | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2022 タイトル: Comprehensive structure and functional adaptations of the yeast nuclear pore complex. 著者: Christopher W Akey / Digvijay Singh / Christna Ouch / Ignacia Echeverria / Ilona Nudelman / Joseph M Varberg / Zulin Yu / Fei Fang / Yi Shi / Junjie Wang / Daniel Salzberg / Kangkang Song / ...著者: Christopher W Akey / Digvijay Singh / Christna Ouch / Ignacia Echeverria / Ilona Nudelman / Joseph M Varberg / Zulin Yu / Fei Fang / Yi Shi / Junjie Wang / Daniel Salzberg / Kangkang Song / Chen Xu / James C Gumbart / Sergey Suslov / Jay Unruh / Sue L Jaspersen / Brian T Chait / Andrej Sali / Javier Fernandez-Martinez / Steven J Ludtke / Elizabeth Villa / Michael P Rout / 要旨: Nuclear pore complexes (NPCs) mediate the nucleocytoplasmic transport of macromolecules. Here we provide a structure of the isolated yeast NPC in which the inner ring is resolved by cryo-EM at sub- ...Nuclear pore complexes (NPCs) mediate the nucleocytoplasmic transport of macromolecules. Here we provide a structure of the isolated yeast NPC in which the inner ring is resolved by cryo-EM at sub-nanometer resolution to show how flexible connectors tie together different structural and functional layers. These connectors may be targets for phosphorylation and regulated disassembly in cells with an open mitosis. Moreover, some nucleoporin pairs and transport factors have similar interaction motifs, which suggests an evolutionary and mechanistic link between assembly and transport. We provide evidence for three major NPC variants that may foreshadow functional specializations at the nuclear periphery. Cryo-electron tomography extended these studies, providing a model of the in situ NPC with a radially expanded inner ring. Our comprehensive model reveals features of the nuclear basket and central transporter, suggests a role for the lumenal Pom152 ring in restricting dilation, and highlights structural plasticity that may be required for transport. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24231.map.gz | 390.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24231-v30.xml emd-24231.xml | 45.1 KB 45.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_24231_fsc.xml | 13.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_24231.png | 132 KB | ||
マスクデータ | emd_24231_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-24231.cif.gz | 11.2 KB | ||
その他 | emd_24231_additional_1.map.gz emd_24231_additional_2.map.gz emd_24231_additional_3.map.gz emd_24231_additional_4.map.gz emd_24231_additional_5.map.gz emd_24231_half_map_1.map.gz emd_24231_half_map_2.map.gz | 392.1 MB 392.3 MB 1.5 MB 387.6 MB 390.9 MB 80.8 MB 80.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24231 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24231 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24231.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | recombined double nuclear outer ring | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.66 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_24231_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: zoned proximal outer nuclear ring
ファイル | emd_24231_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | zoned proximal outer nuclear ring | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: zoned proximal outer nuclear ring
ファイル | emd_24231_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | zoned proximal outer nuclear ring | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: post processed multibody for double nuclear outer ring
ファイル | emd_24231_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | post processed multibody for double nuclear outer ring | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: zoned Nup188-192 density ring
ファイル | emd_24231_additional_4.map | ||||||||||||
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注釈 | zoned Nup188-192 density ring | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: zoned putative basket density ring
ファイル | emd_24231_additional_5.map | ||||||||||||
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注釈 | zoned putative basket density ring | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map for double Y multibody
ファイル | emd_24231_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map for double Y multibody | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map for double Y multibody
ファイル | emd_24231_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map for double Y multibody | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : yeast double outer ring
+超分子 #1: yeast double outer ring
+分子 #1: Nucleoporin NUP188
+分子 #2: unknown
+分子 #3: Nucleoporin NUP120
+分子 #4: Nucleoporin NUP85
+分子 #5: Nucleoporin 145c
+分子 #6: Protein transport protein SEC13
+分子 #7: Nucleoporin SEH1
+分子 #8: Nucleoporin NUP84
+分子 #9: Nucleoporin NUP133
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL | |||||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 5 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III | |||||||||||||||||||||
詳細 | double outer ring imaged from isolated yeast NPC |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm 最大 デフォーカス(補正後): 3.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(補正後): 1.5 µm / 倍率(補正後): 37651 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 50000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4015 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | molecular dynamics flexible fitting |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | PDB-7n84: |