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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22818 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Zika virus in complex with E protein cross-linking human monoclonal antibody ADI30056 | |||||||||
マップデータ | ZIKV in complex with human monoclonal antibody ADI30056ジカウイルス | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / negative regulation of innate immune response / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / membrane => GO:0016020 / RNA helicase activity / molecular adaptor activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / 中心体 / エンベロープ (ウイルス) / lipid binding / host cell nucleus / virion attachment to host cell / GTP binding / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Sevvana M / Rogers TF / Miller AS / Long F / Klose T / Beutler N / Lai YC / Parren M / Walker LM / Buda G ...Sevvana M / Rogers TF / Miller AS / Long F / Klose T / Beutler N / Lai YC / Parren M / Walker LM / Buda G / Burton DR / Rossmann MG / Kuhn RJ | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Viruses / 年: 2020 タイトル: Structural Basis of Zika Virus Specific Neutralization in Subsequent Flavivirus Infections. 著者: Madhumati Sevvana / Thomas F Rogers / Andrew S Miller / Feng Long / Thomas Klose / Nathan Beutler / Yen-Chung Lai / Mara Parren / Laura M Walker / Geeta Buda / Dennis R Burton / Michael G ...著者: Madhumati Sevvana / Thomas F Rogers / Andrew S Miller / Feng Long / Thomas Klose / Nathan Beutler / Yen-Chung Lai / Mara Parren / Laura M Walker / Geeta Buda / Dennis R Burton / Michael G Rossmann / Richard J Kuhn / 要旨: Zika virus (ZIKV), a mosquito-borne human flavivirus that causes microcephaly and other neurological disorders, has been a recent focus for the development of flavivirus vaccines and therapeutics. We ...Zika virus (ZIKV), a mosquito-borne human flavivirus that causes microcephaly and other neurological disorders, has been a recent focus for the development of flavivirus vaccines and therapeutics. We report here a 4.0 Å resolution structure of the mature ZIKV in complex with ADI-30056, a ZIKV-specific human monoclonal antibody (hMAb) isolated from a ZIKV infected donor with a prior dengue virus infection. The structure shows that the hMAb interactions span across the E protein dimers on the virus surface, inhibiting conformational changes required for the formation of infectious fusogenic trimers similar to the hMAb, ZIKV-117. Structure-based functional analysis, and structure and sequence comparisons, identified ZIKV residues essential for neutralization and crucial for the evolution of highly potent E protein crosslinking Abs in ZIKV. Thus, this epitope, ZIKV's "Achilles heel", defined by the contacts between ZIKV and ADI-30056, could be a suitable target for the design of therapeutic antibodies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22818.map.gz | 3.8 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22818-v30.xml emd-22818.xml | 22 KB 22 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22818.png | 222.6 KB | ||
その他 | emd_22818_half_map_1.map.gz emd_22818_half_map_2.map.gz | 812 MB 812 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22818 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22818 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22818.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | ZIKV in complex with human monoclonal antibody ADI30056 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: ZIKV in complex with human monoclonal antibody ADI30056 - Half Map 1
ファイル | emd_22818_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | ZIKV in complex with human monoclonal antibody ADI30056 - Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: ZIKV in complex with human monoclonal antibody ADI30056 - Half Map 2
ファイル | emd_22818_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | ZIKV in complex with human monoclonal antibody ADI30056 - Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Zika virus in complex with monoclonal antibody ADI30056
全体 | 名称: Zika virus in complex with monoclonal antibody ADI30056ジカウイルス |
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要素 |
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-超分子 #1: Zika virus in complex with monoclonal antibody ADI30056
超分子 | 名称: Zika virus in complex with monoclonal antibody ADI30056 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 理論値: 15 MDa |
-超分子 #3: monoclonal antibody ADI30056
超分子 | 名称: monoclonal antibody ADI30056 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Scheffersomyces stipitis (菌類) |
-超分子 #2: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013
超分子 | 名称: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 タイプ: virus / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 / NCBI-ID: 2043570 生物種: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
Host system | 生物種: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Envelope protein shell / 直径: 500.0 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: ADI30056 Fab heavy chain variable region
分子 | 名称: ADI30056 Fab heavy chain variable region / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 13.467001 KDa |
組換発現 | 生物種: Scheffersomyces stipitis (菌類) |
配列 | 文字列: EVQLLESGGG VVQPGGSLRL SCTASGFTFR NFGIHWVRQA PGKRLEWVAF IRYDGRNKYY ADSVKGRFIS SRDNSKNMVY LDMKSLRPE DTAIYHCAAD GEETSPGSFD YWGQGTLVTV SS |
-分子 #2: ADI30056 Fab light chain variable region
分子 | 名称: ADI30056 Fab light chain variable region / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.385728 KDa |
組換発現 | 生物種: Scheffersomyces stipitis (菌類) |
配列 | 文字列: DIVMTQTPSS LAASVGDSVT ITCRASESVS TVLNWYQHKP GKAPKLLIYA ASTLPSGVPS RFSGSGSGTD FTLSISSLQP EDFAIYYCQ QSYFSPRTFG GGTKVEIK |
-分子 #3: envelope protein E
分子 | 名称: envelope protein E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス) |
分子量 | 理論値: 54.186762 KDa |
組換発現 | 生物種: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス) |
配列 | 文字列: IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQ YVCKRTLVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF ACSKKMTGKS IQPENLEYRI MLSVHGSQHS GMIVNDTGHE T DENRAKVE ...文字列: IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQ YVCKRTLVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF ACSKKMTGKS IQPENLEYRI MLSVHGSQHS GMIVNDTGHE T DENRAKVE ITPNSPRAEA TLGGFGSLGL DCEPRTGLDF SDLYYLTMNN KHWLVHKEWF HDIPLPWHAG ADTGTPHWNN KE ALVEFKD AHAKRQTVVV LGSQEGAVHT ALAGALEAEM DGAKGRLSSG HLKCRLKMDK LRLKGVSYSL CTAAFTFTKI PAE TLHGTV TVEVQYAGTD GPCKVPAQMA VDMQTLTPVG RLITANPVIT ESTENSKMML ELDPPFGDSY IVIGVGEKKI THHW HRSGS TIGKAFEATV RGAKRMAVLG DTAWDFGSVG GALNSLGKGI HQIFGAAFKS LFGGMSWFSQ ILIGTLLMWL GLNTK NGSI SLMCLALGGV LIFLSTA |
-分子 #4: membrane protein M
分子 | 名称: membrane protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス) |
分子量 | 理論値: 8.496883 KDa |
組換発現 | 生物種: Zika virus ZIKV/H. sapiens/FrenchPolynesia/10087PF/2013 (ジカ熱ウイルス) |
配列 | 文字列: AVTLPSHSTR KLQTRSQTWL ESREYTKHLI RVENWIFRNP GFALAAAAIA WLLGSSTSQK VIYLVMILLI APAYS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | 2D array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 165789 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4) |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: jspr |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: jspr |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: jspr / 使用した粒子像数: 22330 |