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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22526 | |||||||||
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タイトル | Subparticle Map of ZIKV MR-766 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT1 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / membrane => GO:0016020 / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / ヘリカーゼ / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / lipid binding / host cell nucleus / virion attachment to host cell / GTP binding / virion membrane / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / extracellular region / ATP binding / 生体膜 / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ZIKV (ジカ熱ウイルス) / Zika virus (ジカ熱ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Jose J / Hafenstein S | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Identification of a pocket factor that is critical to Zika virus assembly. 著者: Nadia M DiNunno / Daniel J Goetschius / Anoop Narayanan / Sydney A Majowicz / Ibrahim Moustafa / Carol M Bator / Susan L Hafenstein / Joyce Jose / 要旨: Zika virus (ZIKV) is an emerging mosquito borne flavivirus and a major public health concern causing severe disease. Due to the presence of a lipid membrane and structural heterogeneity, attaining an ...Zika virus (ZIKV) is an emerging mosquito borne flavivirus and a major public health concern causing severe disease. Due to the presence of a lipid membrane and structural heterogeneity, attaining an atomic resolution structure is challenging, but important to understand virus assembly and life cycle mechanisms that offer distinct targets for therapeutic intervention. We here use subvolume refinement to achieve a 3.4 Å resolution structure and identify two distinct lipid moieties. The first arises from the inner leaflet and is coordinated by hydrophobic residues of the M and E transmembrane helices that form a binding pocket not previously characterized. The second lipid arises from the outer leaflet coordinate between two E protein helices. Structure-based mutagenesis identifies critical hydrophobic interactions and their effect on the virus life cycle. Results show that lipids play an essential role in the ZIKV assembly pathway revealing a potential target of lipid based antiviral drug development. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22526.map.gz | 96.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22526-v30.xml emd-22526.xml | 10.4 KB 10.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22526.png | 329.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22526 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22526 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22526.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Zika virus
全体 | 名称: Zika virus (ジカ熱ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Zika virus
超分子 | 名称: Zika virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: propagated in HeLa cells / NCBI-ID: 64320 / 生物種: Zika virus / Sci species strain: MR-766 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: mosquito (カ) |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Zika / 直径: 50.0 Å / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: E Glycoprotein
分子 | 名称: E Glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ZIKV (ジカ熱ウイルス) / 株: MR-766 |
分子量 | 理論値: 54.275836 KDa |
配列 | 文字列: IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQ YVCKRTLVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF ACSKKMTGKS IQPENLEYRI MLSVHGSQHS GMIVNDTGYE T DENRAKVE ...文字列: IRCIGVSNRD FVEGMSGGTW VDVVLEHGGC VTVMAQDKPT VDIELVTTTV SNMAEVRSYC YEASISDMAS DSRCPTQGEA YLDKQSDTQ YVCKRTLVDR GWGNGCGLFG KGSLVTCAKF ACSKKMTGKS IQPENLEYRI MLSVHGSQHS GMIVNDTGYE T DENRAKVE VTPNSPRAEA TLGGFGSLGL DCEPRTGLDF SDLYYLTMNN KHWLVHKEWF HDIPLPWHAG ADTGTPHWNN KE ALVEFKD AHAKRQTVVV LGSQEGAVHT ALAGALEAEM DGAKGKLFSG HLKCRLKMDK LRLKGVSYSL CTAAFTFTKI PAE TLHGTV TVEVQYAGTD GPCKIPVQMA VDMQTLTPVG RLITANPVIT ESTENSKMML ELDPPFGDSY IVIGVGDKKI THHW HRSGS TIGKAFEATV RGAKRMAVLG DTAWDFGSVG GVFNSLGKGI HQIFGAAFKS LFGGMSWFSQ ILIGTLLVWL GLNTK NGSI SLTCLALGGV MIFLSTA |
-分子 #2: M protein
分子 | 名称: M protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ZIKV (ジカ熱ウイルス) / 株: MR-766 |
分子量 | 理論値: 8.555002 KDa |
配列 | 文字列: AVTLPSHSTR KLQTRSQTWL ESREYTKHLI KVENWIFRNP GFTLVAVAIA WLLGSSTSQK VIYLVMILLI APAYS |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: PTA |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 41.7 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
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最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 9000 |