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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22148 | |||||||||
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タイトル | Negative stain EM map of SARS-COV-2 spike protein open RBD (trimer) with Fab COV2-2096 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Binshtein E / Crowe JE | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2021 タイトル: Complete Mapping of Mutations to the SARS-CoV-2 Spike Receptor-Binding Domain that Escape Antibody Recognition. 著者: Allison J Greaney / Tyler N Starr / Pavlo Gilchuk / Seth J Zost / Elad Binshtein / Andrea N Loes / Sarah K Hilton / John Huddleston / Rachel Eguia / Katharine H D Crawford / Adam S Dingens / ...著者: Allison J Greaney / Tyler N Starr / Pavlo Gilchuk / Seth J Zost / Elad Binshtein / Andrea N Loes / Sarah K Hilton / John Huddleston / Rachel Eguia / Katharine H D Crawford / Adam S Dingens / Rachel S Nargi / Rachel E Sutton / Naveenchandra Suryadevara / Paul W Rothlauf / Zhuoming Liu / Sean P J Whelan / Robert H Carnahan / James E Crowe / Jesse D Bloom / 要旨: Antibodies targeting the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain (RBD) are being developed as therapeutics and are a major contributor to neutralizing antibody responses elicited by infection. Here, ...Antibodies targeting the SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain (RBD) are being developed as therapeutics and are a major contributor to neutralizing antibody responses elicited by infection. Here, we describe a deep mutational scanning method to map how all amino-acid mutations in the RBD affect antibody binding and apply this method to 10 human monoclonal antibodies. The escape mutations cluster on several surfaces of the RBD that broadly correspond to structurally defined antibody epitopes. However, even antibodies targeting the same surface often have distinct escape mutations. The complete escape maps predict which mutations are selected during viral growth in the presence of single antibodies. They further enable the design of escape-resistant antibody cocktails-including cocktails of antibodies that compete for binding to the same RBD surface but have different escape mutations. Therefore, complete escape-mutation maps enable rational design of antibody therapeutics and assessment of the antigenic consequences of viral evolution. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22148.map.gz | 4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22148-v30.xml emd-22148.xml | 12.7 KB 12.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22148.png | 27.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22148 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22148 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22148.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.36 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : SARS-COV-2 spike protein (trimer) with Fab COV2-2096
全体 | 名称: SARS-COV-2 spike protein (trimer) with Fab COV2-2096 |
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要素 |
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-超分子 #1: SARS-COV-2 spike protein (trimer) with Fab COV2-2096
超分子 | 名称: SARS-COV-2 spike protein (trimer) with Fab COV2-2096 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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-超分子 #2: SARS-COV-2 spike protein (trimer)
超分子 | 名称: SARS-COV-2 spike protein (trimer) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: Fab COV2-2096
超分子 | 名称: Fab COV2-2096 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.01 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: UF | |||||||||
グリッド | 詳細: unspecified |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.9 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 562 / 平均電子線量: 36.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 19278 |
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CTF補正 | ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14.2) |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14.2) / 使用した粒子像数: 6136 |