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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20497 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of mouse TRPV3-Y564A in intermediate state at 37 degrees Celsius | |||||||||
マップデータ | mouse TRPV3-Y564A in intermediate state at 37 degrees Celsius | |||||||||
試料 |
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キーワード | Ion Channels (イオンチャネル) / Membrane Protein (膜タンパク質) / TRP Channels (TRPチャネル) / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of hair cycle / TRPチャネル / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / monoatomic cation channel activity / calcium channel activity / monoatomic ion channel activity / receptor complex / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.75 Å | |||||||||
データ登録者 | Singh AK / McGoldrick LL | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019 タイトル: Structural basis of temperature sensation by the TRP channel TRPV3. 著者: Appu K Singh / Luke L McGoldrick / Lusine Demirkhanyan / Merfilius Leslie / Eleonora Zakharian / Alexander I Sobolevsky / 要旨: We present structures of mouse TRPV3 in temperature-dependent open, closed and intermediate states that suggest two-step activation of TRPV3 by heat. During the strongly temperature-dependent first ...We present structures of mouse TRPV3 in temperature-dependent open, closed and intermediate states that suggest two-step activation of TRPV3 by heat. During the strongly temperature-dependent first step, sensitization, the channel pore remains closed while S6 helices undergo α-to-π transitions. During the weakly temperature-dependent second step, channel opening, tight association of the S1-S4 and pore domains is stabilized by changes in the carboxy-terminal and linker domains. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20497.map.gz | 7.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20497-v30.xml emd-20497.xml | 12.2 KB 12.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20497.png | 109.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-20497.cif.gz | 5.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20497 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20497 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20497.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | mouse TRPV3-Y564A in intermediate state at 37 degrees Celsius | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : TRPV3-Y564A in intermediate state at 37 degree Celsius
全体 | 名称: TRPV3-Y564A in intermediate state at 37 degree Celsius |
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要素 |
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-超分子 #1: TRPV3-Y564A in intermediate state at 37 degree Celsius
超分子 | 名称: TRPV3-Y564A in intermediate state at 37 degree Celsius タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
-分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3
分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
分子量 | 理論値: 92.538602 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MNAHSKEMAP LMGKRTTAPG GNPVVLTEKR PADLTPTKKS AHFFLEIEGF EPNPTVTKTS PPIFSKPMDS NIRQCLSGNC DDMDSPQSP QDDVTETPSN PNSPSANLAK EEQRQKKKRL KKRIFAAVSE GCVEELRELL QDLQDLCRRR RGLDVPDFLM H KLTASDTG ...文字列: MNAHSKEMAP LMGKRTTAPG GNPVVLTEKR PADLTPTKKS AHFFLEIEGF EPNPTVTKTS PPIFSKPMDS NIRQCLSGNC DDMDSPQSP QDDVTETPSN PNSPSANLAK EEQRQKKKRL KKRIFAAVSE GCVEELRELL QDLQDLCRRR RGLDVPDFLM H KLTASDTG KTCLMKALLN INPNTKEIVR ILLAFAEEND ILDRFINAEY TEEAYEGQTA LNIAIERRQG DITAVLIAAG AD VNAHAKG VFFNPKYQHE GFYFGETPLA LAACTNQPEI VQLLMENEQT DITSQDSRGN NILHALVTVA EDFKTQNDFV KRM YDMILL RSGNWELETM RNNDGLTPLQ LAAKMGKAEI LKYILSREIK EKPLRSLSRK FTDWAYGPVS SSLYDLTNVD TTTD NSVLE IIVYNTNIDN RHEMLTLEPL HTLLHTKWKK FAKYMFFLSF CFYFFYNITL TLVSYYRPRE DEDLPHPLAL THKMS WLQL LGRMFVLIWA TCISVKEGIA IFLLRPSDLQ SILSDAWFHF VFFVQAVLVI LSVFLYLFAY KEYLACLVLA MALGWA NML AYTRGFQSMG MYSVMIQKVI LHDVLKFLFV YILFLLGFGV ALASLIEKCS KDKKDCSSYG SFSDAVLELF KLTIGLG DL NIQQNSTYPI LFLFLLITYV ILTFVLLLNM LIALMGETVE NVSKESERIW RLQRARTILE FEKMLPEWLR SRFRMGEL C KVADEDFRLC LRINEVKWTE WKTHVSFLNE DPGPIRRTAD LNKIQDSSRS NSKTTLYAFD ELDEFPETSV LVPRGSAAA WSHPQFEK UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 3 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4.07 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 詳細: 150 mM NaCl, 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 1 mM BME, 0.01% GDN |
グリッド | 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 310 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 57.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 101814 |
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-6pvq: |