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万見
- EMDB-19477: Saccharomyces cerevisiae FAS type I -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19477
タイトルSaccharomyces cerevisiae FAS type I
マップデータsharp map from cryosparc software
試料
  • 複合体: Saccharomyces cerevisiae FAS type I
    • タンパク質・ペプチド: Fatty acid synthase subunit alpha脂肪酸合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: Fatty acid synthase subunit beta脂肪酸合成酵素
キーワードFatty acid synthase (脂肪酸合成酵素) / complex / TRANSFERASE (転移酵素)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / fatty-acyl-CoA synthase system / : / fatty-acyl-CoA synthase activity / fatty acid synthase complex / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / palmitoyltransferase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase ...: / fatty-acyl-CoA synthase system / : / fatty-acyl-CoA synthase activity / fatty acid synthase complex / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / palmitoyltransferase activity / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / (3R)-3-hydroxypalmitoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / (3R)-3-hydroxymyristoyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / fatty acid synthase activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / long-chain fatty acid biosynthetic process / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / lipid droplet / magnesium ion binding / ミトコンドリア / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Fatty acid synthase, meander beta sheet domain / Fatty acid synthase subunit beta, N-terminal domain / : / N-terminal domain in fatty acid synthase subunit beta / Fatty acid synthase meander beta sheet domain / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, fungi / Fatty acid synthase subunit alpha, acyl carrier domain / Fatty acid synthase subunit alpha Acyl carrier domain / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, central domain / Fatty acid synthase alpha subunit, yeast ...Fatty acid synthase, meander beta sheet domain / Fatty acid synthase subunit beta, N-terminal domain / : / N-terminal domain in fatty acid synthase subunit beta / Fatty acid synthase meander beta sheet domain / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, fungi / Fatty acid synthase subunit alpha, acyl carrier domain / Fatty acid synthase subunit alpha Acyl carrier domain / Fatty acid synthase beta subunit AflB /Fas1-like, central domain / Fatty acid synthase alpha subunit, yeast / Fatty acid synthase subunit beta/Fas1-like, helical / Fatty acid synthase type I, helical / Fatty acid synthase type I helical domain / 脂肪酸合成酵素 / N-terminal of MaoC-like dehydratase / N-terminal half of MaoC dehydratase / Starter unit:ACP transacylase / Starter unit:ACP transacylase in aflatoxin biosynthesis / Holo-[acyl carrier protein] synthase / Phosphopantetheine-protein transferase domain / MaoC-like dehydratase domain / MaoC like domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily / HotDog domain superfamily / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site. / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Aldolase-type TIM barrel / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Fatty acid synthase subunit beta / Fatty acid synthase subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Mann D / Grininger M / Ludig D / Sachse C
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Helmholtz AssociationPoF 5352 ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2024
タイトル: VitroJet: new features and case studies.
著者: Rene J M Henderikx / Daniel Mann / Aušra Domanska / Jing Dong / Saba Shahzad / Behnam Lak / Aikaterini Filopoulou / Damian Ludig / Martin Grininger / Jeffrey Momoh / Elina Laanto / Hanna M ...著者: Rene J M Henderikx / Daniel Mann / Aušra Domanska / Jing Dong / Saba Shahzad / Behnam Lak / Aikaterini Filopoulou / Damian Ludig / Martin Grininger / Jeffrey Momoh / Elina Laanto / Hanna M Oksanen / Kyrylo Bisikalo / Pamela A Williams / Sarah J Butcher / Peter J Peters / Bart W A M M Beulen /
要旨: Single-particle cryo-electron microscopy has become a widely adopted method in structural biology due to many recent technological advances in microscopes, detectors and image processing. Before ...Single-particle cryo-electron microscopy has become a widely adopted method in structural biology due to many recent technological advances in microscopes, detectors and image processing. Before being able to inspect a biological sample in an electron microscope, it needs to be deposited in a thin layer on a grid and rapidly frozen. The VitroJet was designed with this aim, as well as avoiding the delicate manual handling and transfer steps that occur during the conventional grid-preparation process. Since its creation, numerous technical developments have resulted in a device that is now widely utilized in multiple laboratories worldwide. It features plasma treatment, low-volume sample deposition through pin printing, optical ice-thickness measurement and cryofixation of pre-clipped Autogrids through jet vitrification. This paper presents recent technical improvements to the VitroJet and the benefits that it brings to the cryo-EM workflow. A wide variety of applications are shown: membrane proteins, nucleosomes, fatty-acid synthase, Tobacco mosaic virus, lipid nanoparticles, tick-borne encephalitis viruses and bacteriophages. These case studies illustrate the advancement of the VitroJet into an instrument that enables accurate control and reproducibility, demonstrating its suitability for time-efficient cryo-EM structure determination.
履歴
登録2024年1月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月27日-
マップ公開2024年3月27日-
更新2024年4月17日-
現状2024年4月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19477.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19477.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharp map from cryosparc software
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.816 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.3728831 - 0.69717646
平均 (標準偏差)0.0026049875 (±0.026240263)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 417.792 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19477_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_19477_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_19477_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Saccharomyces cerevisiae FAS type I

全体名称: Saccharomyces cerevisiae FAS type I
要素
  • 複合体: Saccharomyces cerevisiae FAS type I
    • タンパク質・ペプチド: Fatty acid synthase subunit alpha脂肪酸合成酵素
    • タンパク質・ペプチド: Fatty acid synthase subunit beta脂肪酸合成酵素

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超分子 #1: Saccharomyces cerevisiae FAS type I

超分子名称: Saccharomyces cerevisiae FAS type I / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Fatty acid synthase subunit alpha

分子名称: Fatty acid synthase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MKPEVEQELA HILLTELLAY QFASPVRWIE TQDVFLKDFN TERVVEIGPS PTLAGMAQRT LKNKYESYDA ALSLHREILC YSKDAKEIYY TPDPSELAAK EEPAKEEAPA PTPAASAPAP AAAAPAPVAA AAPAAAAAEI ADEPVKASLL LHVLVAHKLK KSLDSIPMSK ...文字列:
MKPEVEQELA HILLTELLAY QFASPVRWIE TQDVFLKDFN TERVVEIGPS PTLAGMAQRT LKNKYESYDA ALSLHREILC YSKDAKEIYY TPDPSELAAK EEPAKEEAPA PTPAASAPAP AAAAPAPVAA AAPAAAAAEI ADEPVKASLL LHVLVAHKLK KSLDSIPMSK TIKDLVGGKS TVQNEILGDL GKEFGTTPEK PEETPLEELA ETFQDTFSGA LGKQSSSLLS RLISSKMPGG FTITVARKYL QTRWGLPSGR QDGVLLVALS NEPAARLGSE ADAKAFLDSM AQKYASIVGV DLSSAASASG AAGAGAAAGA AMIDAGALEE ITKDHKVLAR QQLQVLARYL KMDLDNGERK FLKEKDTVAE LQAQLDYLNA ELGEFFVNGV ATSFSRKKAR TFDSSWNWAK QSLLSLYFEI IHGVLKNVDR EVVSEAINIM NRSNDALIKF MEYHISNTDE TKGENYQLVK TLGEQLIENC KQVLDVDPVY KDVAKPTGPK TAIDKNGNIT YSEEPREKVR KLSQYVQEMA LGGPITKESQ PTIEEDLTRV YKAISAQADK QDISSSTRVE FEKLYSDLMK FLESSKEIDP SQTTQLAGMD VEDALDKDST KEVASLPNKS TISKTVSSTI PRETIPFLHL RKKTPAGDWK YDRQLSSLFL DGLEKAAFNG VTFKDKYVLI TGAGKGSIGA EVLQGLLQGG AKVVVTTSRF SKQVTDYYQS IYAKYGAKGS TLIVVPFNQG SKQDVEALIE FIYDTEKNGG LGWDLDAIIP FAAIPEQGIE LEHIDSKSEF AHRIMLTNIL RMMGCVKKQK SARGIETRPA QVILPMSPNH GTFGGDGMYS ESKLSLETLF NRWHSESWAN QLTVCGAIIG WTRGTGLMSA NNIIAEGIEK MGVRTFSQKE MAFNLLGLLT PEVVELCQKS PVMADLNGGL QFVPELKEFT AKLRKELVET SEVRKAVSIE TALEHKVVNG NSADAAYAQV EIQPRANIQL DFPELKPYKQ VKQIAPAELE GLLDLERVIV VTGFAEVGPW GSARTRWEME AFGEFSLEGC VEMAWIMGFI SYHNGNLKGR PYTGWVDSKT KEPVDDKDVK AKYETSILEH SGIRLIEPEL FNGYNPEKKE MIQEVIVEED LEPFEASKET AEQFKHQHGD KVDIFEIPET GEYSVKLLKG ATLYIPKALR FDRLVAGQIP TGWNAKTYGI SDDIISQVDP ITLFVLVSVV EAFIASGITD PYEMYKYVHV SEVGNCSGSG MGGVSALRGM FKDRFKDEPV QNDILQESFI NTMSAWVNML LISSSGPIKT PVGACATSVE SVDIGVETIL SGKARICIVG GYDDFQEEGS FEFGNMKATS NTLEEFEHGR TPAEMSRPAT TTRNGFMEAQ GAGIQIIMQA DLALKMGVPI YGIVAMAATA TDKIGRSVPA PGKGILTTAR EHHSSVKYAS PNLNMKYRKR QLVTREAQIK DWVENELEAL KLEAEEIPSE DQNEFLLERT REIHNEAESQ LRAAQQQWGN DFYKRDPRIA PLRGALATYG LTIDDLGVAS FHGTSTKAND KNESATINEM MKHLGRSEGN PVIGVFQKFL TGHPKGAAGA WMMNGALQIL NSGIIPGNRN ADNVDKILEQ FEYVLYPSKT LKTDGVRAVS ITSFGFGQKG GQAIVVHPDY LYGAITEDRY NEYVAKVSAR EKSAYKFFHN GMIYNKLFVS KEHAPYTDEL EEDVYLDPLA RVSKDKKSGS LTFNSKNIQS KDSYINANTI ETAKMIENMT KEKVSNGGVG VDVELITSIN VENDTFIERN FTPQEIEYCS AQPSVQSSFA GTWSAKEAVF KSLGVKSLGG GAALKDIEIV RVNKNAPAVE LHGNAKKAAE EAGVTDVKVS ISHDDLQAVA VAVSTKK

UniProtKB: Fatty acid synthase subunit alpha

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分子 #2: Fatty acid synthase subunit beta

分子名称: Fatty acid synthase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MDAYSTRPLT LSHGSLEHVL LVPTASFFIA SQLQEQFNKI LPEPTEGFAA DDEPTTPAEL VGKFLGYVSS LVEPSKVGQF DQVLNLCLTE FENCYLEGND IHALAAKLLQ ENDTTLVKTK ELIKNYITAR IMAKRPFDKK SNSALFRAVG EGNAQLVAIF GGQGNTDDYF ...文字列:
MDAYSTRPLT LSHGSLEHVL LVPTASFFIA SQLQEQFNKI LPEPTEGFAA DDEPTTPAEL VGKFLGYVSS LVEPSKVGQF DQVLNLCLTE FENCYLEGND IHALAAKLLQ ENDTTLVKTK ELIKNYITAR IMAKRPFDKK SNSALFRAVG EGNAQLVAIF GGQGNTDDYF EELRDLYQTY HVLVGDLIKF SAETLSELIR TTLDAEKVFT QGLNILEWLE NPSNTPDKDY LLSIPISCPL IGVIQLAHYV VTAKLLGFTP GELRSYLKGA TGHSQGLVTA VAIAETDSWE SFFVSVRKAI TVLFFIGVRC YEAYPNTSLP PSILEDSLEN NEGVPSPMLS ISNLTQEQVQ DYVNKTNSHL PAGKQVEISL VNGAKNLVVS GPPQSLYGLN LTLRKAKAPS GLDQSRIPFS ERKLKFSNRF LPVASPFHSH LLVPASDLIN KDLVKNNVSF NAKDIQIPVY DTFDGSDLRV LSGSISERIV DCIIRLPVKW ETTTQFKATH ILDFGPGGAS GLGVLTHRNK DGTGVRVIVA GTLDINPDDD YGFKQEIFDV TSNGLKKNPN WLEEYHPKLI KNKSGKIFVE TKFSKLIGRP PLLVPGMTPC TVSPDFVAAT TNAGYTIELA GGGYFSAAGM TAAIDSVVSQ IEKGSTFGIN LIYVNPFMLQ WGIPLIKELR SKGYPIQFLT IGAGVPSLEV ASEYIETLGL KYLGLKPGSI DAISQVINIA KAHPNFPIAL QWTGGRGGGH HSFEDAHTPM LQMYSKIRRH PNIMLIFGSG FGSADDTYPY LTGEWSTKFD YPPMPFDGFL FGSRVMIAKE VKTSPDAKKC IAACTGVPDD KWEQTYKKPT GGIVTVRSEM GEPIHKIATR GVMLWKEFDE TIFNLPKNKL VPTLEAKRDY IISRLNADFQ KPWFATVNGQ ARDLATMTYE EVAKRLVELM FIRSTNSWFD VTWRTFTGDF LRRVEERFTK SKTLSLIQSY SLLDKPDEAI EKVFNAYPAA REQFLNAQDI DHFLSMCQNP MQKPVPFVPV LDRRFEIFFK KDSLWQSEHL EAVVDQDVQR TCILHGPVAA QFTKVIDEPI KSIMDGIHDG HIKKLLHQYY GDDESKIPAV EYFGGESPVD VQSQVDSSSV SEDSAVFKAT SSTDEESWFK ALAGSEINWR HASFLCSFIT QDKMFVSNPI RKVFKPSQGM VVEISNGNTS SKTVVTLSEP VQGELKPTVI LKLLKENIIQ MEMIENRTMD GKPVSLPLLY NFNPDNGFAP ISEVMEDRNQ RIKEMYWKLW IDEPFNLDFD PRDVIKGKDF EITAKEVYDF THAVGNNCED FVSRPDRTML APMDFAIVVG WRAIIKAIFP NTVDGDLLKL VHLSNGYKMI PGAKPLQVGD VVSTTAVIES VVNQPTGKIV DVVGTLSRNG KPVMEVTSSF FYRGNYTDFE NTFQKTVEPV YQMHIKTSKD IAVLRSKEWF QLDDEDFDLL NKTLTFETET EVTFKNANIF SSVKCFGPIK VELPTKETVE IGIVDYEAGA SHGNPVVDFL KRNGSTLEQK VNLENPIPIA VLDSYTPSTN EPYARVSGDL NPIHVSRHFA SYANLPGTIT HGMFSSASVR ALIENWAADS VSSRVRGYTC QFVDMVLPNT ALKTSIQHVG MINGRKLIKF ETRNEDDVVV LTGEAEIEQP VTTFVFTGQG SQEQGMGMDL YKTSKAAQDV WNRADNHFKD TYGFSILDIV INNPVNLTIH FGGEKGKRIR ENYSAMIFET IVDGKLKTEK IFKEINEHST SYTFRSEKGL LSATQFTQPA LTLMEKAAFE DLKSKGLIPA DATFAGHSLG EYAALASLAD VMSIESLVEV VFYRGMTMQV AVPRDELGRS NYGMIAINPG RVAASFSQEA LQYVVERVGK RTGWLVEIVN YNVENQQYVA AGDLRALDTV TNVLNFIKLQ KIDIIELQKS LSLEEVEGHL FEIIDEASKK SAVKPRPLKL ERGFACIPLV GISVPFHSTY LMNGVKPFKS FLKKNIIKEN VKVARLAGKY IPNLTAKPFQ VTKEYFQDVY DLTGSEPIKE IIDNWEKYEQ S

UniProtKB: Fatty acid synthase subunit beta

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5 / 構成要素 - 濃度: 100.0 mM / 構成要素 - 式: KPi / 構成要素 - 名称: potassium phosphate
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: OTHER
詳細: External glow discharge with Pelco EasiGlow plus internal glow discharging in VitroJet. VitroJet pins were cleaned with detergent and 70% EtOH in an ultrasonic bath (5 minutes each), followed ...詳細: External glow discharge with Pelco EasiGlow plus internal glow discharging in VitroJet. VitroJet pins were cleaned with detergent and 70% EtOH in an ultrasonic bath (5 minutes each), followed by 1 min drying under nitrogen stream. Freshly purified FAS was pin printed at 4 degC climate chamber temperature with a 70 micrometer spiral, 15 micrometer standoff with a velocity of 5 mm per second.. The value given for _em_vitrification.instrument is CRYOSOL VITROJET. This is not in a list of allowed values {'HOMEMADE PLUNGER', 'FEI VITROBOT MARK III', 'FEI VITROBOT MARK II', 'FEI VITROBOT MARK I', 'GATAN CRYOPLUNGE 3', 'LEICA PLUNGER', 'LEICA EM GP', 'REICHERT-JUNG PLUNGER', 'LEICA EM CPC', 'OTHER', 'FEI VITROBOT MARK IV', 'SPOTITON', 'EMS-002 RAPID IMMERSION FREEZER', 'LEICA KF80'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 100000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 3696 / 平均電子線量: 48.0 e/Å2

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: ab initio 3D
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 10000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 45979
詳細CDS mode
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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