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万見
- EMDB-18387: FtsH1 protease from P.aeruginosa clone C in negative stain -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18387
タイトルFtsH1 protease from P.aeruginosa clone C in negative stain
マップデータFtsH1 protease from P.aeruginosa clone C
試料
  • 細胞器官・細胞要素: FTsH1 protease
キーワードprotease (プロテアーゼ) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
生物種Pseudomonas aeruginosa SG17M (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 22.6 Å
データ登録者Mawla GD / Mansour Kamal S / Cao L-Y / Purhonen P / Hebert H / Sauer RT / Baker TA / Romling U
資金援助 スウェーデン, 1件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2024
タイトル: The membrane-cytoplasmic linker defines activity of FtsH proteases in Pseudomonas aeruginosa clone C.
著者: Gina D Mawla / Shady M Kamal / Lian-Ying Cao / Pasi Purhonen / Hans Hebert / Robert T Sauer / Tania A Baker / Ute Römling /
要旨: Pandemic Pseudomonas aeruginosa clone C strains encode two inner-membrane associated ATP-dependent FtsH proteases. PaftsH1 is located on the core genome and supports cell growth and intrinsic ...Pandemic Pseudomonas aeruginosa clone C strains encode two inner-membrane associated ATP-dependent FtsH proteases. PaftsH1 is located on the core genome and supports cell growth and intrinsic antibiotic resistance, whereas PaftsH2, a xenolog acquired through horizontal gene transfer from a distantly related species, is unable to functionally replace PaftsH1. We show that purified PaFtsH2 degrades fewer substrates than PaFtsH1. Replacing the 31-amino acid-extended linker region of PaFtsH2 spanning from the C-terminal end of the transmembrane helix-2 to the first seven highly divergent residues of the cytosolic AAA+ ATPase module with the corresponding region of PaFtsH1 improves hybrid-enzyme substrate processing in vitro and enables PaFtsH2 to substitute for PaFtsH1 in vivo. Electron microscopy indicates that the identity of this linker sequence influences FtsH flexibility. We find membrane-cytoplasmic (MC) linker regions of PaFtsH1 characteristically glycine-rich compared to those from FtsH2. Consequently, introducing three glycines into the membrane-proximal end of PaFtsH2's MC linker is sufficient to elevate its activity in vitro and in vivo. Our findings establish that the efficiency of substrate processing by the two PaFtsH isoforms depends on MC linker identity and suggest that greater linker flexibility and/or length allows FtsH to degrade a wider spectrum of substrates. As PaFtsH2 homologs occur across bacterial phyla, we hypothesize that FtsH2 is a latent enzyme but may recognize specific substrates or is activated in specific contexts or biological niches. The identity of such linkers might thus play a more determinative role in the functionality of and physiological impact by FtsH proteases than previously thought.
履歴
登録2023年9月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月17日-
マップ公開2024年1月17日-
更新2024年2月14日-
現状2024年2月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18387.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18387.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈FtsH1 protease from P.aeruginosa clone C
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.19 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.861
最小 - 最大-0.1084566 - 2.6296759
平均 (標準偏差)0.08104873 (±0.297216)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 280.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18387_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18387_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : FTsH1 protease

全体名称: FTsH1 protease
要素
  • 細胞器官・細胞要素: FTsH1 protease

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超分子 #1: FTsH1 protease

超分子名称: FTsH1 protease / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa SG17M (緑膿菌)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
詳細: 50mM Tris-HCl,10mM KCl,5mM MgSO4,10uM ZnCl2,60mM imidazole,10% glycerol,0.1% Igepal,2mM 2-mercaptoethanol
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: uranyl acetate

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100F
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 20.0 e/Å2

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: EMAN2
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: EMAN2
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 / 使用した粒子像数: 4781
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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