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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18339 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the inward-facing choline-bound FLVCR2 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | MFS / choline transport / human transporter (運搬体タンパク質) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 heme export / heme transmembrane transporter activity / ミトコンドリア / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Weng T-H / Wu D / Safarian S | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2024 タイトル: Molecular mechanism of choline and ethanolamine transport in humans 著者: Weng T-H / Wu D / Safarian S | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18339.map.gz | 6.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18339-v30.xml emd-18339.xml | 15.5 KB 15.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18339_fsc.xml | 5.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18339.png | 99.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18339.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_18339_half_map_1.map.gz emd_18339_half_map_2.map.gz | 12 MB 12 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18339 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18339 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18339.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.146 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18339_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18339_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : FLVCR2 monomer
全体 | 名称: FLVCR2 monomer |
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要素 |
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-超分子 #1: FLVCR2 monomer
超分子 | 名称: FLVCR2 monomer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 58 KDa |
-分子 #1: Heme transporter FLVCR2
分子 | 名称: Heme transporter FLVCR2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 58.277094 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MVNEGPNQEE SDDTPVPESA LQADPSVSVH PSVSVHPSVS INPSVSVHPS SSAHPSALAQ PSGLAHPSSS GPEDLSVIKV SRRRWAVVL VFSCYSMCNS FQWIQYGSIN NIFMHFYGVS AFAIDWLSMC YMLTYIPLLL PVAWLLEKFG LRTIALTGSA L NCLGAWVK ...文字列: MVNEGPNQEE SDDTPVPESA LQADPSVSVH PSVSVHPSVS INPSVSVHPS SSAHPSALAQ PSGLAHPSSS GPEDLSVIKV SRRRWAVVL VFSCYSMCNS FQWIQYGSIN NIFMHFYGVS AFAIDWLSMC YMLTYIPLLL PVAWLLEKFG LRTIALTGSA L NCLGAWVK LGSLKPHLFP VTVVGQLICS VAQVFILGMP SRIASVWFGA NEVSTACSVA VFGNQLGIAI GFLVPPVLVP NI EDRDELA YHISIMFYII GGVATLLLIL VIIVFKEKPK YPPSRAQSLS YALTSPDASY LGSIARLFKN LNFVLLVITY GLN AGAFYA LSTLLNRMVI WHYPGEEVNA GRIGLTIVIA GMLGAVISGI WLDRSKTYKE TTLVVYIMTL VGMVVYTFTL NLGH LWVVF ITAGTMGFFM TGYLPLGFEF AVELTYPESE GISSGLLNIS AQVFGIIFTI SQGQIIDNYG TKPGNIFLCV FLTLG AALT AFIKADLRRQ KANKETLENK LQEEEEESNT SKVPTAVSED HLDYKDDDDK UniProtKB: Heme transporter FLVCR2 |
-分子 #2: CHOLINE ION
分子 | 名称: CHOLINE ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: CHT |
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分子量 | 理論値: 104.171 Da |
Chemical component information | ChemComp-CHT: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2.1 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.1 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 57.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |