[日本語] English
万見
- EMDB-18304: Outer kinetochore Ndc80-Dam1 alpha/beta-tubulin complex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18304
タイトルOuter kinetochore Ndc80-Dam1 alpha/beta-tubulin complex
マップデータ3D flex reconstruction
試料
  • 複合体: Outer kinetochore Ndc80-Nuf2 CH domains bound to Dam1 in complex with alpha-beta tubulin
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1A chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Kinetochore protein NDC80動原体
    • タンパク質・ペプチド: Kinetochore protein NUF2動原体
    • タンパク質・ペプチド: DASH complex subunit DAM1
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATEグアノシン三リン酸
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: TAXOLパクリタキセル
キーワードKinetochore (動原体) / microtubule (微小管) / error correction / chromosome segregation / CELL CYCLE (細胞周期)
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic spindle polar microtubule / Ndc80 complex / DASH complex / protein transport along microtubule to mitotic spindle pole body / mitotic sister chromatid biorientation / kinetochore organization / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / mitotic spindle pole body / meiotic chromosome segregation / attachment of spindle microtubules to kinetochore ...mitotic spindle polar microtubule / Ndc80 complex / DASH complex / protein transport along microtubule to mitotic spindle pole body / mitotic sister chromatid biorientation / kinetochore organization / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / mitotic spindle pole body / meiotic chromosome segregation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / condensed chromosome, centromeric region / spindle pole body / protein localization to kinetochore / positive regulation of microtubule polymerization / mitotic spindle organization / chromosome segregation / spindle microtubule / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / structural constituent of cytoskeleton / 動原体 / 紡錘体 / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / 微小管 / hydrolase activity / 細胞分裂 / GTPase activity / protein-containing complex binding / GTP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DASH complex subunit Dam1 / DASH complex subunit Dam1 / Kinetochore protein Nuf2, N-terminal / Nuf2, N-terminal domain superfamily / Nuf2 family / Kinetochore protein Ndc80 / Ndc80 domain superfamily / Domain of unknown function DUF5595 / HEC/Ndc80p family / Domain of unknown function (DUF5595) ...DASH complex subunit Dam1 / DASH complex subunit Dam1 / Kinetochore protein Nuf2, N-terminal / Nuf2, N-terminal domain superfamily / Nuf2 family / Kinetochore protein Ndc80 / Ndc80 domain superfamily / Domain of unknown function DUF5595 / HEC/Ndc80p family / Domain of unknown function (DUF5595) / Tubulin-beta mRNA autoregulation signal. / Alpha tubulin / Beta tubulin, autoregulation binding site / Beta tubulin / チューブリン / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Tubulin alpha-1A chain / Tubulin beta chain / Kinetochore protein NUF2 / Kinetochore protein NDC80 / DASH complex subunit DAM1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Sus scrofa (ブタ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å
データ登録者Muir KW / Barford D
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
UK Research and Innovation (UKRI)MC_UP_1201/6 英国
Cancer Research UKC576/A14109 英国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Mechanism of outer kinetochore assembly on microtubules and its regulation by mitotic error correction
著者: Muir KW / Batters C / Dendooven T / Yang J / Zhang Z / Burt A / Barford D
履歴
登録2023年8月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月3日-
マップ公開2024年4月3日-
更新2024年4月3日-
現状2024年4月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_18304.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18304.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D flex reconstruction
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.004
最小 - 最大-0.022294858 - 0.042420395
平均 (標準偏差)0.000082289516 (±0.0015254626)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 317.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
追加マップ: 3D flex halfmap A

ファイルemd_18304_additional_1.map
注釈3D flex halfmap A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: 3D flex halfmap B

ファイルemd_18304_additional_2.map
注釈3D flex halfmap B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Local resolution filtered 3D flex map

ファイルemd_18304_additional_3.map
注釈Local resolution filtered 3D flex map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Local refinement reconstruction

ファイルemd_18304_additional_4.map
注釈Local refinement reconstruction
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Local refinement half map B

ファイルemd_18304_half_map_1.map
注釈Local refinement half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Local refinement half map A

ファイルemd_18304_half_map_2.map
注釈Local refinement half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : Outer kinetochore Ndc80-Nuf2 CH domains bound to Dam1 in complex ...

全体名称: Outer kinetochore Ndc80-Nuf2 CH domains bound to Dam1 in complex with alpha-beta tubulin
要素
  • 複合体: Outer kinetochore Ndc80-Nuf2 CH domains bound to Dam1 in complex with alpha-beta tubulin
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin alpha-1A chain
    • タンパク質・ペプチド: Tubulin beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Kinetochore protein NDC80動原体
    • タンパク質・ペプチド: Kinetochore protein NUF2動原体
    • タンパク質・ペプチド: DASH complex subunit DAM1
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATEグアノシン三リン酸
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: TAXOLパクリタキセル

+
超分子 #1: Outer kinetochore Ndc80-Nuf2 CH domains bound to Dam1 in complex ...

超分子名称: Outer kinetochore Ndc80-Nuf2 CH domains bound to Dam1 in complex with alpha-beta tubulin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: Tubulin alpha-1A chain

分子名称: Tubulin alpha-1A chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 50.121266 KDa
配列文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFSVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE ...文字列:
MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHP EQLITGKEDA ANNYARGHYT IGKEIIDLVL DRIRKLADQC TGLQGFSVFH SFGGGTGSGF TSLLMERLSV D YGKKSKLE FSIYPAPQVS TAVVEPYNSI LTTHTTLEHS DCAFMVDNEA IYDICRRNLD IERPTYTNLN RLIGQIVSSI TA SLRFDGA LNVDLTEFQT NLVPYPRAHF PLATYAPVIS AEKAYHEQLS VAEITNACFE PANQMVKCDP RHGKYMACCL LYR GDVVPK DVNAAIATIK TKRTIQFVDW CPTGFKVGIN YEPPTVVPGG DLAKVQRAVC MLSNTTAIAE AWARLDHKFD LMYA KRAFV HWYVGEGMEE GEFSEAREDM AALEKDYEEV GVDSVEGEGE EEGEEY

UniProtKB: Tubulin alpha-1A chain

+
分子 #2: Tubulin beta chain

分子名称: Tubulin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
分子量理論値: 49.90777 KDa
配列文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS ...文字列:
MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDN FVFGQSGAGN NWAKGHYTEG AELVDSVLDV VRKESESCDC LQGFQLTHSL GGGTGSGMGT LLISKIREEY P DRIMNTFS VVPSPKVSDT VVEPYNATLS VHQLVENTDE TYCIDNEALY DICFRTLKLT TPTYGDLNHL VSATMSGVTT CL RFPGQLN ADLRKLAVNM VPFPRLHFFM PGFAPLTSRG SQQYRALTVP ELTQQMFDAK NMMAACDPRH GRYLTVAAVF RGR MSMKEV DEQMLNVQNK NSSYFVEWIP NNVKTAVCDI PPRGLKMSAT FIGNSTAIQE LFKRISEQFT AMFRRKAFLH WYTG EGMDE MEFTEAESNM NDLVSEYQQY QDATADEQGE FEEEGEEDEA

UniProtKB: Tubulin beta chain

+
分子 #3: Kinetochore protein NDC80

分子名称: Kinetochore protein NDC80 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 80.609375 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MQSSTSTDQH VLHHMDPHRF TSQIPTATSS QLRRRNSTNQ GLTDMINKSI ARNTISGTGI PTGGINKNKR TRSTVAGGTN GTALALNDK SNSRNSVSRL SINQLGSLQQ HLSNRDPRPL RDKNFQSAIQ EEIYDYLKKN KFDIETNHPI SIKFLKQPTQ K GFIIIFKW ...文字列:
MQSSTSTDQH VLHHMDPHRF TSQIPTATSS QLRRRNSTNQ GLTDMINKSI ARNTISGTGI PTGGINKNKR TRSTVAGGTN GTALALNDK SNSRNSVSRL SINQLGSLQQ HLSNRDPRPL RDKNFQSAIQ EEIYDYLKKN KFDIETNHPI SIKFLKQPTQ K GFIIIFKW LYLRLDPGYG FTKSIENEIY QILKNLRYPF LESINKSQIS AVGGSNWHKF LGMLHWMVRT NIKLDMCLNK VD RSLINQN TQEITILSQP LKTLDEQDQR QERYELMVEK LLIDYFTESY KSFLKLEDNY EPSMQELKLG FEKFVHIINT DIA NLQTQN DNLYEKYQEV MKISQKIKTT REKWKALKSD SNKYENYVNA MKQKSQEWPG KLEKMKSECE LKEEEIKALQ SNIS ELHKI LRKKGISTEQ FELQNQEREK LTRELDKINI QSDKLTSSIK SRKLEAEGIF KSLLDTLRQY DSSIQNLTRS RSQLG HNVN DSSLKINISE NLLDRDFHEG ISYEQLFPKG SGINESIKKS ILKLNDEIQE RIKTIEKDNI TLEKDIKNLK HDINEK TQI NEKLELELSE ANSKFELSKQ ENERLLVAQR IEIEKMEKKI NDSNLLMKTK ISDAEELVTS TELKLEELKV DLNRKRY KL HQQVIHVIDI TSKFKINIQS SLENSENELG NVIEELRNLE FETEHNVTN

UniProtKB: Kinetochore protein NDC80

+
分子 #4: Kinetochore protein NUF2

分子名称: Kinetochore protein NUF2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 53.025949 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSRNQDVFPI LDLQELVICL QSCDFALATQ ENISRPTSDY MVTLYKQIIE NFMGISVESL LNSSNQETGD GHLQEENENI YLDTLNVLV LNKICFKFFE NIGVQDFNMT DLYKPEAQRT QRLLSAVVNY ARFREERMFD CNSFILQMES LLGQLRSKFD D YNLIQQQL ...文字列:
MSRNQDVFPI LDLQELVICL QSCDFALATQ ENISRPTSDY MVTLYKQIIE NFMGISVESL LNSSNQETGD GHLQEENENI YLDTLNVLV LNKICFKFFE NIGVQDFNMT DLYKPEAQRT QRLLSAVVNY ARFREERMFD CNSFILQMES LLGQLRSKFD D YNLIQQQL KQYEDVDGDN IPDEQELQKL EEQNKELEIQ LKKLTKIQET LSIDYNDYKI SKQSIFKDLE ALSFQIVELE SN RDKLIKI SNTDMEELSE GIKELNDLLI QRKKTLDDLT AQQKNLQDTV TTFETIISEL YDVLRIISSE VQESNRTETE LVG LKQNLI NNKLKLMNVL ETGIMYKLEI LQEQLDLQLK NLEKLSQDTK EESRLNDTKL MDLQIKYENE IKPKIDKTDI FIQE ELISG KINKLNDEIK QLQKDFEVEV KEIEIEYSLL SGHINKYMNE MLEYMQ

UniProtKB: Kinetochore protein NUF2

+
分子 #5: DASH complex subunit DAM1

分子名称: DASH complex subunit DAM1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 38.477871 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSEDKAKLGT TRSATEYRLS IGSAPTSRRS SMGESSSLMK FADQEGLTSS VGEYNENTIQ QLLLPKIREL SDSIITLDSN FTRLNFIHE SLADLNESLG SLLYGIMSNS WCVEFSQAPH DIQDDLIAIK QLKSLEDEKN NLVMELSNME RGIKRKKDEQ G ENDLAKAS ...文字列:
MSEDKAKLGT TRSATEYRLS IGSAPTSRRS SMGESSSLMK FADQEGLTSS VGEYNENTIQ QLLLPKIREL SDSIITLDSN FTRLNFIHE SLADLNESLG SLLYGIMSNS WCVEFSQAPH DIQDDLIAIK QLKSLEDEKN NLVMELSNME RGIKRKKDEQ G ENDLAKAS QNKQFNQPLF PSSQVRKYRS YDNRDKRKPS KIGNNLQVEN EEDYEDDTSS EASFVLNPTN IGMSKSSQGH VT KTTRLNN NTNSKLRRKS ILHTIRNSIA SGADLPIEND NVVNLGDLHP NNRISLGSGA ARVVNGPVTK NRNSMFSGRA ERK PTESRH SVAKKTEKKI NTRPPFR

UniProtKB: DASH complex subunit DAM1

+
分子 #6: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

+
分子 #7: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #8: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン二リン酸

+
分子 #9: TAXOL

分子名称: TAXOL / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: TA1
分子量理論値: 853.906 Da
Chemical component information

ChemComp-TA1:
TAXOL / パクリタキセル / 薬剤, 化学療法薬*YM / パクリタキセル

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 6.8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Sub-volume extracted from larger outer kinetochore microtubule consensus volume
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 95730

-
原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細Initial rigid body fitting was performed in chimera, with manual correction in coot and real-space refinement in PHENIX
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 540.98
得られたモデル

PDB-8qau:
Outer kinetochore Ndc80-Dam1 alpha/beta-tubulin complex

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る