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- EMDB-18134: Cryo-EM structure of the DNA polymerase holoenzyme E9-A20-D4 of v... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18134
タイトルCryo-EM structure of the DNA polymerase holoenzyme E9-A20-D4 of vaccinia virus
マップデータSharpened map with b=160 A2, masked.
試料
  • 複合体: E9-A20-D4 DNA polymerase holoenzyme
    • タンパク質・ペプチド: Uracil-DNA glycosylase
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase processivity factor component OPG148
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymeraseDNAポリメラーゼ
キーワードDNA polymerase (DNAポリメラーゼ) / holoenzyme (酵素) / processivity factor / uracil-DNA glycosylase / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


uracil-DNA glycosylase / viral DNA genome replication / uracil DNA N-glycosylase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA recombination / DNA複製 / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / hydrolase activity / nucleotide binding ...uracil-DNA glycosylase / viral DNA genome replication / uracil DNA N-glycosylase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA recombination / DNA複製 / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / hydrolase activity / nucleotide binding / DNA修復 / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA-directed DNA polymerase, family B, viral insert domain / DNA polymerase B exonuclease, N-terminal / DNA polymerase family B viral insert / DNA polymerase family B exonuclease domain, N-terminal / Chordopoxvirus A20R / Chordopoxvirus A20R protein / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / DNA polymerase family B signature. ...DNA-directed DNA polymerase, family B, viral insert domain / DNA polymerase B exonuclease, N-terminal / DNA polymerase family B viral insert / DNA polymerase family B exonuclease domain, N-terminal / Chordopoxvirus A20R / Chordopoxvirus A20R protein / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / DNA polymerase family B signature. / DNA-directed DNA polymerase, family B, conserved site / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNAポリメラーゼ / Uracil-DNA glycosylase / DNA polymerase processivity factor component OPG148
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) / Vaccinia virus Copenhagen (ワクシニアウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Burmeister WP / Ballandras-Colas A / Boettcher B / Grimm C
資金援助 フランス, 米国, ドイツ, 7件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-22-CE11-0007-01 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)and ANR-13-BSV8-0014 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-15-IDEX-0002 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-10-INBS-0005-02 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-EURE-0003 フランス
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)P41-GM103311 米国
German Research Foundation (DFG)Fi573/22-1 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure and flexibility of the DNA polymerase holoenzyme of vaccinia virus
著者: Burmeister WP / Boutin L / Balestra AC / Groeger H / Ballandras-Colas A / Hutin S / Kraft C / Grimm C / Boettcher B / Fischer U / Tarbouriech N / Iseni F
履歴
登録2023年8月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月8日-
マップ公開2024年5月8日-
更新2024年5月8日-
現状2024年5月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18134.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18134.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map with b=160 A2, masked.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.064 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.224
最小 - 最大-1.485461 - 3.6661808
平均 (標準偏差)0.00412363 (±0.06050007)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 272.384 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: correct hand, from cryosparc NU refinement

ファイルemd_18134_half_map_1.map
注釈correct hand, from cryosparc NU refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: correct hand, from cryosparc NU refinement

ファイルemd_18134_half_map_2.map
注釈correct hand, from cryosparc NU refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : E9-A20-D4 DNA polymerase holoenzyme

全体名称: E9-A20-D4 DNA polymerase holoenzyme
要素
  • 複合体: E9-A20-D4 DNA polymerase holoenzyme
    • タンパク質・ペプチド: Uracil-DNA glycosylase
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase processivity factor component OPG148
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymeraseDNAポリメラーゼ

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超分子 #1: E9-A20-D4 DNA polymerase holoenzyme

超分子名称: E9-A20-D4 DNA polymerase holoenzyme / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: heterotrimer
由来(天然)生物種: Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) / 株: Copenhagen
分子量理論値: 196.825 kDa/nm

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分子 #1: Uracil-DNA glycosylase

分子名称: Uracil-DNA glycosylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: D4 carries a N-terminal Strep-tag / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vaccinia virus Copenhagen (ワクシニアウイルス)
分子量理論値: 27.468379 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MASWSHPQFE KSGGGGGLVP RGSAMNSVTV SHAPYTITYH DDWEPVMSQL VEFYNEVASW LLRDETSPIP DKFFIQLKQP LRNKRVCVC GIDPYPKDGT GVPFESPNFT KKSIKEIASS ISRLTGVIDY KGYNLNIIDG VIPWNYYLSC KLGETKSHAI Y WDKISKLL ...文字列:
MASWSHPQFE KSGGGGGLVP RGSAMNSVTV SHAPYTITYH DDWEPVMSQL VEFYNEVASW LLRDETSPIP DKFFIQLKQP LRNKRVCVC GIDPYPKDGT GVPFESPNFT KKSIKEIASS ISRLTGVIDY KGYNLNIIDG VIPWNYYLSC KLGETKSHAI Y WDKISKLL LQHITKHVSV LYCLGKTDFS NIRAKLESPV TTIVGYHPAA RDRQFEKDRS FEIINVLLEL DNKAPINWAQ GF IY

UniProtKB: Uracil-DNA glycosylase

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分子 #2: DNA polymerase processivity factor component OPG148

分子名称: DNA polymerase processivity factor component OPG148 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vaccinia virus Copenhagen (ワクシニアウイルス)
分子量理論値: 49.247031 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MTSSADLTNL KELLSLYKSL RFSDSAAIEK YNSLVEWGTS TYWKIGVQKV ANVETSISDY YDEVKNKPFN IDPGYYIFLP VYFGSVFIY SKGKNMVELG SGNSFQIPDD MRSACNKVLD SDNGIDFLRF VLLNNRWIME DAISKYQSPV NIFKLASEYG L NIPKYLEI ...文字列:
MTSSADLTNL KELLSLYKSL RFSDSAAIEK YNSLVEWGTS TYWKIGVQKV ANVETSISDY YDEVKNKPFN IDPGYYIFLP VYFGSVFIY SKGKNMVELG SGNSFQIPDD MRSACNKVLD SDNGIDFLRF VLLNNRWIME DAISKYQSPV NIFKLASEYG L NIPKYLEI EIEEDTLFDD ELYSIIERSF DDKFPKISIS YIKLGELRRQ VVDFFKFSFM YIESIKVDRI GDNIFIPSVI TK SGKKILV KDVDHLIRSK VREHTFVKVK KKNTFSILYD YDGNGTETRG EVIKRIIDTI GRDYYVNGKY FSKVGSAGLK QLT NKLDIN ECATVDELVD EINKSGTVKR KIKNQSAFDL SRECLGYPEA DFITLVNNMR FKIENCKVVN FNIENTNCLN NPSI ETIYR NFNQFVSIFN VVTDVKKRLF E

UniProtKB: DNA polymerase processivity factor component OPG148

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分子 #3: DNA polymerase

分子名称: DNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vaccinia virus Copenhagen (ワクシニアウイルス)
分子量理論値: 120.361484 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMDPDV RCINWFESHG ENRFLYLKSR CRNGETVFIR FPHYFYYVVT DEIYQSLSPP PFNARPLGK MRTIDIDETI SYNLDIKDRK CSVADMWLIE EPKKRSIQNA TMDEFLNISW FYISNGISPD GCYSLDEQYL T KINNGCYH ...文字列:
MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMDPDV RCINWFESHG ENRFLYLKSR CRNGETVFIR FPHYFYYVVT DEIYQSLSPP PFNARPLGK MRTIDIDETI SYNLDIKDRK CSVADMWLIE EPKKRSIQNA TMDEFLNISW FYISNGISPD GCYSLDEQYL T KINNGCYH CDDPRNCFAK KIPRFDIPRS YLFLDIECHF DKKFPSVFIN PISHTSYCYI DLSGKRLLFT LINEEMLTEQ EI QEAVDRG CLRIQSLMEM DYERELVLCS EIVLLRIAKQ LLELTFDYVV TFNGHNFDLR YITNRLELLT GEKIIFRSPD KKE AVHLCI YERNQSSHKG VGGMANTTFH VNNNNGTIFF DLYSFIQKSE KLDSYKLDSI SKNAFSCMGK VLNRGVREMT FIGD DTTDA KGKAAAFAKV LTTGNYVTVD EDIICKVIRK DIWENGFKVV LLCPTLPNDT YKLSFGKDDV DLAQMYKDYN LNIAL DMAR YCIHDACLCQ YLWEYYGVET KTDAGASTYV LPQSMVFEYR ASTVIKGPLL KLLLETKTIL VRSETKQKFP YEGGKV FAP KQKMFSNNVL IFDYNSLYPN VCIFGNLSPE TLVGVVVSTN RLEEEINNQL LLQKYPPPRY ITVHCEPRLP NLISEIA IF DRSIEGTIPR LLRTFLAERA RYKKMLKQAT SSTEKAIYDS MQYTYKIVAN SVYGLMGFRN SALYSYASAK SCTSIGRR M ILYLESVLNG AELSNGMLRF ANPLSNPFYM DDRDINPIVK TSLPIDYRFR FRSVYGDTDS VFTEIDSQDV DKSIEIAKE LERLINNRVL FNNFKIEFEA VYKNLIMQSK KKYTTMKYSA SSNSKSVPER INKGTSETRR DVSKFHKNMI KTYKTRLSEM LSEGRMNSN QVCIDILRSL ETDLRSEFDS RSSPLELFML SRMHHSNYKS ADNPNMYLVT EYNKNNPETI ELGERYYFAY I CPANVPWT KKLVNIKTYE TIIDRSFKLG SDQRIFYEVY FKRLTSEIVN LLDNKVLCIS FFERMFGSKP TFYEA

UniProtKB: DNAポリメラーゼ

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
35.0 mMC4H15Cl3NO3Tris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタン
5.0 mMC10H16N2O8EDTAエチレンジアミン四酢酸
3.8 mMC10H18N2O3desthiobiotin

詳細: 35 mM Tris-HCl, pH 8, 150 mM NaCl, 5 mM EDTA, 3.8 mM desthiobiotin
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.013000000000000001 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
倍率（公称値）: 42000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1376 / 平均電子線量: 68.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 381864
初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.2.1) / ソフトウェア - 詳細: 2D Class
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 40000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.2.1) / ソフトウェア - 詳細: Hetero Refine
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.2.1) / ソフトウェア - 詳細: Ab initio
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.2.1) / ソフトウェア - 詳細: NU-Refine / 使用した粒子像数: 104239
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain詳細

4od8

chain_id: D, source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelalso A1-A46

0075

chain_id: E, source_name: Other, initial_model_type: experimental modelalso A304-A426

8hg1

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelonly A47-A303
詳細Phenix real-space refinement
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-8q3r:
Cryo-EM structure of the DNA polymerase holoenzyme E9-A20-D4 of vaccinia virus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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