[日本語] English
万見
- EMDB-17629: Symmetry expanded D7 local refined map of mitochondrial heat-shoc... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17629
タイトルSymmetry expanded D7 local refined map of mitochondrial heat-shock protein 60-like protein from Chaetomium thermophilum
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: native cell extract of Chaetomium thermophilum
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial heat shock protein 60-like protein
キーワードmitochondrial heat-shock protein 60-like protein / Stress response (闘争・逃走反応) / ATP-binding / Nucleotide-binding / Chaetomium thermophilum / native cell extracts / CHAPERONE (シャペロン)
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP-dependent protein folding chaperone / protein refolding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Chaperonin Cpn60, conserved site / Chaperonins cpn60 signature. / Chaperonin Cpn60/GroEL / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial heat shock protein 60-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Semchonok DA / Kyrilis FL / Hamdi F / Kastritis PL
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Symmetry expanded D7, locally refined cryo-EM map of mitochondrial heat shock protein 60-like protein Chaetomium thermophilum.
著者: Semchonok DA / Kyrilis FL / Hamdi F / Kastritis PL
履歴
登録2023年6月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月16日-
マップ公開2023年8月16日-
更新2023年8月16日-
現状2023年8月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_17629.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17629.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 256 pix.
= 245.76 Å		0.96 Å/pix.
x 256 pix.
= 245.76 Å		0.96 Å/pix.
x 256 pix.
= 245.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.96 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.338
最小 - 最大-1.2281177 - 2.3216996
平均 (標準偏差)0.009488611 (±0.11615011)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 245.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_17629_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_17629_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_17629_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : native cell extract of Chaetomium thermophilum

全体名称: native cell extract of Chaetomium thermophilum
要素
  • 細胞器官・細胞要素: native cell extract of Chaetomium thermophilum
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial heat shock protein 60-like protein

-
超分子 #1: native cell extract of Chaetomium thermophilum

超分子名称: native cell extract of Chaetomium thermophilum / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Purified and fractionated (fraction 25) cell lysate of Chaetomium thermophilum
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 60 KDa

-
分子 #1: Mitochondrial heat shock protein 60-like protein

分子名称: Mitochondrial heat shock protein 60-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 60.669473 KDa
配列文字列: MQRALTRASV SSPLATARVR SAQQLRFAHK ELKFGVEGRA ALLNGVETLA KAVATTLGPK GRNVLIESTF GSPKITKDGV TVAKAISLK DKFENLGAKL LAEVASKTNE VAGDGTTTAT VLARAIFSEM VKNVAAGCNP MDLRRGIQAA VDAVVEYLQQ N KRDITTSA ...文字列:
MQRALTRASV SSPLATARVR SAQQLRFAHK ELKFGVEGRA ALLNGVETLA KAVATTLGPK GRNVLIESTF GSPKITKDGV TVAKAISLK DKFENLGAKL LAEVASKTNE VAGDGTTTAT VLARAIFSEM VKNVAAGCNP MDLRRGIQAA VDAVVEYLQQ N KRDITTSA EIAQVATISA NGDQHIGKLI ASAMEKVGKE GVITVKEGKT LQDELEVTEG MRFDRGFVSP YFITDAKAQK VE FEKPLIL LSEQKISAAT DIIPALEISH KMRRPLVIIA EDIDGEALAV CILNKLRGQL EVAAVKAPGF GDNRKSILGD IAV LTNGTV FTNELDVKLE KVTPDMLGST GSITITKEDT IILNGDGSKD AIAQRCEQIR GAMNDPSTSE YEKEKLQERL AKLS GGVAV IKVGGSSEVE VGEKKDRFVD ALNATRAAVE EGILPGGGTA LIKASVNALN NLKPANFDQQ LGVNIIKNAI TRPAR MIVE NAGLEGSVVI GKISDEYAAD FNKGFNSATG EYVDMIQAGI LDPLKVVRTG LIDASGVASL LGTTEVAIVE APEEKG PAG GMGGMGGMGG MM

UniProtKB: Mitochondrial heat shock protein 60-like protein

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
特殊光学系位相板: OTHER
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1109 / 平均電子線量: 28.0 e/Å2

-
画像解析

粒子像選択選択した数: 287314
初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D7 (2回x7回 2面回転対称)
アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 15942
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

ryb3


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細: The initial model consisted of the complete monomeric unit of HSP60
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8pe8:
Symmetry expanded D7 local refined map of mitochondrial heat-shock protein 60-like protein from Chaetomium thermophilum

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る