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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17207
タイトルStructure and function of the RAD51B-RAD51C-RAD51D-XRCC2 tumour suppressor
マップデータdeepEMhancer_map
試料
  • 複合体: RAD51B-RAD51C-RAD51D-XRCC2 (BCDX2) with 30 nt ssDNA (random sequence)
キーワードComplex / ssDNA-binding / ATPase (ATPアーゼ) / RAD51 (Rad51) / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質)
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Greenhough LA / Liang CC / West SC
資金援助 英国, European Union, 5件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/W01355X/1 英国
Cancer Research UKCC2098 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)CC2098 英国
Wellcome TrustCC2098 英国
European Research Council (ERC)ERC-ADG-666400European Union
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Structure and function of the RAD51B-RAD51C-RAD51D-XRCC2 tumour suppressor.
著者: Luke A Greenhough / Chih-Chao Liang / Ondrej Belan / Simone Kunzelmann / Sarah Maslen / Monica C Rodrigo-Brenni / Roopesh Anand / Mark Skehel / Simon J Boulton / Stephen C West /
要旨: Homologous recombination is a fundamental process of life. It is required for the protection and restart of broken replication forks, the repair of chromosome breaks and the exchange of genetic ...Homologous recombination is a fundamental process of life. It is required for the protection and restart of broken replication forks, the repair of chromosome breaks and the exchange of genetic material during meiosis. Individuals with mutations in key recombination genes, such as BRCA2 (also known as FANCD1), or the RAD51 paralogues RAD51B, RAD51C (also known as FANCO), RAD51D, XRCC2 (also known as FANCU) and XRCC3, are predisposed to breast, ovarian and prostate cancers and the cancer-prone syndrome Fanconi anaemia. The BRCA2 tumour suppressor protein-the product of BRCA2-is well characterized, but the cellular functions of the RAD51 paralogues remain unclear. Genetic knockouts display growth defects, reduced RAD51 focus formation, spontaneous chromosome abnormalities, sensitivity to PARP inhibitors and replication fork defects, but the precise molecular roles of RAD51 paralogues in fork stability, DNA repair and cancer avoidance remain unknown. Here we used cryo-electron microscopy, AlphaFold2 modelling and structural proteomics to determine the structure of the RAD51B-RAD51C-RAD51D-XRCC2 complex (BCDX2), revealing that RAD51C-RAD51D-XRCC2 mimics three RAD51 protomers aligned within a nucleoprotein filament, whereas RAD51B is highly dynamic. Biochemical and single-molecule analyses showed that BCDX2 stimulates the nucleation and extension of RAD51 filaments-which are essential for recombinational DNA repair-in reactions that depend on the coupled ATPase activities of RAD51B and RAD51C. Our studies demonstrate that BCDX2 orchestrates RAD51 assembly on single stranded DNA for replication fork protection and double strand break repair, in reactions that are critical for tumour avoidance.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Structure and function of the RAD51B-RAD51C-RAD51D-XRCC2 tumour suppressor
著者: Greenhough LA / Liang CC / Belan O / Kunzelmann S / Maslen S / Rodrigo-Brenni MC / Anand R / Skehel M / Boulton SJ / West SC
履歴
登録2023年4月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月28日-
マップ公開2023年6月28日-
更新2023年8月2日-
現状2023年8月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17207.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17207.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈deepEMhancer_map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.02 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0144
最小 - 最大-0.024954095 - 2.0900557
平均 (標準偏差)0.000605656 (±0.01688938)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 306.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: refine3D map

ファイルemd_17207_additional_1.map
注釈refine3D_map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_17207_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_17207_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RAD51B-RAD51C-RAD51D-XRCC2 (BCDX2) with 30 nt ssDNA (random sequence)

全体名称: RAD51B-RAD51C-RAD51D-XRCC2 (BCDX2) with 30 nt ssDNA (random sequence)
要素
  • 複合体: RAD51B-RAD51C-RAD51D-XRCC2 (BCDX2) with 30 nt ssDNA (random sequence)

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超分子 #1: RAD51B-RAD51C-RAD51D-XRCC2 (BCDX2) with 30 nt ssDNA (random sequence)

超分子名称: RAD51B-RAD51C-RAD51D-XRCC2 (BCDX2) with 30 nt ssDNA (random sequence)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Recombinant BCDX2 complexes purified from Sf9 insect cells, vitrified in the presence of ADP.AlFx
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMHEPESHydroxyethylpiperazine
100.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium chloride塩化ナトリウム
2.5 mMMgCl2Magnesium chloride
0.5 mMADPアデノシン二リン酸Adenosine diphoshpate
0.5 mMAlCl3Aluminium chloride
10.0 mMNaFSodium fluoride
0.25 mMTCEPTris(2-carboxyethyl)phosphine
0.00075 %Tween20Polysorbate 20
0.075 mMCHAPSOCHAPS detergent3-([3-Cholamidopropyl]dimethylammonio)-2-hydroxy-1-propanesulfonate

詳細: 25 mM HEPES pH 7.5, 100 mM NaCl, 2.5 mM MgCl2, 0.5 mM ADP.AlFx (0.5 mM ADP, 0.5 mM AlCl3, 10 mM NaF), 0.25 mM TCEP, 0.00075% Tween20, 0.075 mM CHAPSO
グリッドモデル: UltrAuFoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 45 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.25 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 35305 / 平均露光時間: 2.78 sec. / 平均電子線量: 53.2 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 25886382
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

17205


詳細: Map of BCDX2 consensus refinement
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 3次元分類クラス数: 30 / 平均メンバー数/クラス: 156505 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
詳細: Signal subtraction of ssDNA binding site, followed by focussed 3D classification without alignment
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 241626
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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