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万見
- EMDB-1667: Cryo-EM structure of the active yeast Ssh1 complex bound to the p... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1667
タイトルCryo-EM structure of the active yeast Ssh1 complex bound to the programmed yeast 80S ribosome bearing a P-site tRNA
マップデータThis map represents a yeast 80S ribosome bearing a nascent chain of the first 120 amino acid of the type I signal anchor membrane protein DPAP-B, a tRNA in the P-site and the yeast Ssh complex bound at the exit tunnel.
試料
  • 試料: An active yeast Ssh1 complex bound to a translating yeast ribosome
  • 複合体: Yeast 80S ribosome bound to the yeast Ssh1 complex
  • リガンド: Ssh1 complex
キーワードRibosome (リボソーム) / protein exit tunnel / cotranslational protein translocation / protein conducting channel / signal sequence
機能・相同性
機能・相同性情報


translocon complex / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / rough endoplasmic reticulum membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / post-translational protein targeting to membrane, translocation / nuclear inner membrane ...translocon complex / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / rough endoplasmic reticulum membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / post-translational protein targeting to membrane, translocation / nuclear inner membrane / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / preribosome, large subunit precursor / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / protein transmembrane transporter activity / regulation of translational fidelity / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / guanyl-nucleotide exchange factor activity / ribosomal large subunit assembly / ribosome binding / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / structural constituent of ribosome / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / 小胞体 / RNA binding / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex ...Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal protein L19, eukaryotic / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal_L31e / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L4/L1e, eukaryotic/archaeal, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal protein L26/L24, eukaryotic/archaeal / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L19e / Ribosomal protein L4, eukaryotic and archaeal type / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal proteins L26 eukaryotic, L24P archaeal / Ribosomal protein L1e signature. / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L29, conserved site / Ribosomal protein L29 signature. / Ribosomal protein L22/L17, conserved site / Ribosomal protein L29/L35 / Ribosomal protein L29/L35 superfamily / Ribosomal L29 protein / Ribosomal protein L24/L26, conserved site / Ribosomal protein L22 signature. / Ribosomal protein L25/L23 / Ribosomal protein L23 / Ribosomal protein L26/L24, KOW domain / Ribosomal protein L24 signature. / Ribosomal protein L22/L17 / Ribosomal protein L22/L17 superfamily / Ribosomal protein L22p/L17e / Ribosomal protein L4/L1e / Ribosomal protein L4 domain superfamily / Ribosomal protein L4/L1 family / Translation protein SH3-like domain superfamily / Ribosomal protein L23/L15e core domain superfamily / KOW / KOW motif / Ribosomal protein L2, domain 2 / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / 60S ribosomal protein L19-A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Protein transport protein SSS1 / Sec sixty-one protein homolog ...Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein eL39 / 60S ribosomal protein L19-A / Large ribosomal subunit protein uL22A / Large ribosomal subunit protein uL24A / Large ribosomal subunit protein eL31A / Large ribosomal subunit protein eL19A / Large ribosomal subunit protein uL29A / Protein transport protein SSS1 / Sec sixty-one protein homolog / 60S ribosomal protein L35-A / Large ribosomal subunit protein uL4B / Protein transport protein SBH2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 8.6 Å
データ登録者Becker T / Mandon E / Bhushan S / Jarasch A / Armache JP / Funes S / Jossinet F / Gumbart J / Mielke T / Berninghausen O ...Becker T / Mandon E / Bhushan S / Jarasch A / Armache JP / Funes S / Jossinet F / Gumbart J / Mielke T / Berninghausen O / Schulten K / Westhof E / Gilmore R / Beckmann R
引用ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: Structure of monomeric yeast and mammalian Sec61 complexes interacting with the translating ribosome.
著者: Thomas Becker / Shashi Bhushan / Alexander Jarasch / Jean-Paul Armache / Soledad Funes / Fabrice Jossinet / James Gumbart / Thorsten Mielke / Otto Berninghausen / Klaus Schulten / Eric ...著者: Thomas Becker / Shashi Bhushan / Alexander Jarasch / Jean-Paul Armache / Soledad Funes / Fabrice Jossinet / James Gumbart / Thorsten Mielke / Otto Berninghausen / Klaus Schulten / Eric Westhof / Reid Gilmore / Elisabet C Mandon / Roland Beckmann /
要旨: The trimeric Sec61/SecY complex is a protein-conducting channel (PCC) for secretory and membrane proteins. Although Sec complexes can form oligomers, it has been suggested that a single copy may ...The trimeric Sec61/SecY complex is a protein-conducting channel (PCC) for secretory and membrane proteins. Although Sec complexes can form oligomers, it has been suggested that a single copy may serve as an active PCC. We determined subnanometer-resolution cryo-electron microscopy structures of eukaryotic ribosome-Sec61 complexes. In combination with biochemical data, we found that in both idle and active states, the Sec complex is not oligomeric and interacts mainly via two cytoplasmic loops with the universal ribosomal adaptor site. In the active state, the ribosomal tunnel and a central pore of the monomeric PCC were occupied by the nascent chain, contacting loop 6 of the Sec complex. This provides a structural basis for the activity of a solitary Sec complex in cotranslational protein translocation.
履歴
登録2009年12月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2009年12月16日-
マップ公開2010年12月22日-
更新2011年7月15日-
現状2011年7月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • 原子モデル: PDB-2ww9
  • 表面レベル: 1.5
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  • 原子モデル: PDB-3izd
  • 表面レベル: 1.5
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  • 原子モデルPDB-2ww9
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  • 原子モデルPDB-3izd
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1667.gif

1667_EMD_166...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1667.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 185.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This map represents a yeast 80S ribosome bearing a nascent chain of the first 120 amino acid of the type I signal anchor membrane protein DPAP-B, a tRNA in the P-site and the yeast Ssh complex bound at the exit tunnel.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2375 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.5 / ムービー #1: 1.5
最小 - 最大-4.08212 - 9.04266
平均 (標準偏差)0.0505784 (±0.670568)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderYXZ
Origin-184-184-183
サイズ368368368
Spacing368368368
セルA=B=C: 455.4 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.23751.23751.2375
M x/y/z368368368
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z455.400455.400455.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-184-184-183
NX/NY/NZ368368368
MAP C/R/S213
start NC/NR/NS-184-184-183
NC/NR/NS368368368
D min/max/mean-4.0829.0430.051

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : An active yeast Ssh1 complex bound to a translating yeast ribosome

全体名称: An active yeast Ssh1 complex bound to a translating yeast ribosome
要素
  • 試料: An active yeast Ssh1 complex bound to a translating yeast ribosome
  • 複合体: Yeast 80S ribosome bound to the yeast Ssh1 complex
  • リガンド: Ssh1 complex

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超分子 #1000: An active yeast Ssh1 complex bound to a translating yeast ribosome

超分子名称: An active yeast Ssh1 complex bound to a translating yeast ribosome
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: 80S ribosomes and the detergent solubilized Ssh1 complex were reconstituted in vitro by adding 1 pmol of ribosome and Ssh1 complex in 5 fold molar excess
集合状態: 80S Ribosome bound to one copy of the heterotrimeric Ssh1 complex
Number unique components: 2
分子量実験値: 4.2 MDa / 理論値: 4.2 MDa / 手法: Known for 80S ribosomes

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超分子 #1: Yeast 80S ribosome bound to the yeast Ssh1 complex

超分子名称: Yeast 80S ribosome bound to the yeast Ssh1 complex / タイプ: complex / ID: 1
Name.synonym: Yeast 80S ribosome bound to the yeast Ssh1 complex
Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
分子量実験値: 4.2 MDa / 理論値: 4.2 MDa

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分子 #1: Ssh1 complex

分子名称: Ssh1 complex / タイプ: ligand / ID: 1 / Name.synonym: Ssh1 complex / 詳細: His FLAG-tagged / コピー数: 1 / 集合状態: Heterotrimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: RGY1592 / 別称: Baker's yeast / 細胞: Rough microsomes / Organelle: Endoplasmic reticulum membrane / 細胞中の位置: Endoplasmic reticulum
分子量理論値: 71.5 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM HEPES/KOH, pH 7.5 100 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 1.5 mM DTT, 0.1 % (w/v) digitonin
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: cryo-EM
グリッド詳細: Quantifoil grids (3/3) with 2 nm carbon on top
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: OTHER / 詳細: Vitrification instrument: Vitrobot
手法: Blot for 10 seconds before plunging, use 2 layer of filter paper

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 38000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.26 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 39000
試料ステージ試料ホルダー: FEI Polara cartridge system / 試料ホルダーモデル: OTHER
温度平均: 84 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100000 times magnification
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PRIMESCAN / デジタル化 - サンプリング間隔: 4.76 µm / 実像数: 185 / 平均電子線量: 25 e/Å2 / 詳細: Scanned at 5334 dpi / Od range: 1.2 / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
Tilt angle max0
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: defocus group volumes
最終 角度割当詳細: SPIDER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER
詳細: Map was filtered between 8.3 and 10.3 Angstrom to better visualize the Ssh1 complex
使用した粒子像数: 35800
詳細Particles were selected using the program SIGNATURE and visually inspected. This map resulted from sorting against the ES27 exit position and subsequent sorting for tRNA and the Ssh1 complex.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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