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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16660 | |||||||||
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タイトル | cryo-EM Structure of Craf:14-3-3:Mek1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Kinase (キナーゼ) / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 death-inducing signaling complex assembly / epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / intermediate filament cytoskeleton organization / placenta blood vessel development / regulation of axon regeneration / MAPキナーゼキナーゼ / type B pancreatic cell proliferation / labyrinthine layer development / MAP-kinase scaffold activity ...death-inducing signaling complex assembly / epithelial cell proliferation involved in lung morphogenesis / positive regulation of endodermal cell differentiation / intermediate filament cytoskeleton organization / placenta blood vessel development / regulation of axon regeneration / MAPキナーゼキナーゼ / type B pancreatic cell proliferation / labyrinthine layer development / MAP-kinase scaffold activity / cerebellar cortex formation / regulation of Rho protein signal transduction / SHOC2 M1731 mutant abolishes MRAS complex function / Gain-of-function MRAS complexes activate RAF signaling / Signaling by MAP2K mutants / Rap1 signalling / regulation of cell motility / insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / regulation of Golgi inheritance / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / positive regulation of axonogenesis / regulation of stress-activated MAPK cascade / IFNG signaling activates MAPKs / Frs2-mediated activation / GP1b-IX-V activation signalling / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / protein kinase activator activity / regulation of cell differentiation / endodermal cell differentiation / face development / MAPK3 (ERK1) activation / 仮足 / somatic stem cell population maintenance / Bergmann glial cell differentiation / MAP kinase kinase activity / thyroid gland development / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / Uptake and function of anthrax toxins / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / MAP kinase kinase kinase activity / negative regulation of protein-containing complex assembly / Schwann cell development / type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / keratinocyte differentiation / ERK1 and ERK2 cascade / activation of adenylate cyclase activity / response to muscle stretch / 髄鞘 / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / CD209 (DC-SIGN) signaling / protein serine/threonine kinase activator activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / thymus development / Signal transduction by L1 / 運動性 / RAF activation / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / wound healing / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / neuron differentiation / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / Stimuli-sensing channels / Negative regulation of MAPK pathway / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / 走化性 / 分裂促進因子活性化タンパク質キナーゼ / 細胞老化 / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / late endosome / insulin receptor signaling pathway / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / heart development / scaffold protein binding / protein tyrosine kinase activity / regulation of apoptotic process / mitochondrial outer membrane / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / エンドソーム / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / negative regulation of cell population proliferation / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / focal adhesion / protein serine/threonine kinase activity / 中心体 / apoptotic process / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / ゴルジ体 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.25 Å | |||||||||
データ登録者 | Dedden D / Ulrich G | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM Structures of CRAF/14-3-3 and CRAF/14-3-3/MEK1 Complexes. 著者: Dirk Dedden / Julius Nitsche / Elisabeth V Schneider / Maren Thomsen / Daniel Schwarz / Birgitta Leuthner / Ulrich Grädler / 要旨: RAF protein kinases are essential effectors in the MAPK pathway and are important cancer drug targets. Structural understanding of RAF activation is so far based on cryo-electron microscopy (cryo-EM) ...RAF protein kinases are essential effectors in the MAPK pathway and are important cancer drug targets. Structural understanding of RAF activation is so far based on cryo-electron microscopy (cryo-EM) and X-ray structures of BRAF in different conformational states as inactive or active complexes with KRAS, 14-3-3 and MEK1. In this study, we have solved the first cryo-EM structures of CRAF/14-3-3 at 3.4 Å resolution and CRAF/14-3-3/MEK1 at 4.2 Å resolution using CRAF kinase domain expressed as constitutively active Y340D/Y341D mutant in insect cells. The overall architecture of our CRAF/14-3-3 and CRAF/14-3-3/MEK1 cryo-EM structures is highly similar to corresponding BRAF structures in complex with 14-3-3 or 14-3-3/MEK1 and represent the activated dimeric RAF conformation. Our CRAF cryo-EM structures provide additional insights into structural understanding of the activated CRAF/14-3-3/MEK1 complex. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16660.map.gz | 55.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16660-v30.xml emd-16660.xml | 18.5 KB 18.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16660_fsc.xml | 9.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16660.png | 65.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-16660.cif.gz | 6.9 KB | ||
その他 | emd_16660_half_map_1.map.gz emd_16660_half_map_2.map.gz | 48.7 MB 48.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16660 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16660 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8chfMC 8cpdC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16660.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.91366 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16660_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16660_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of dimer phosphorylated C-raf kinase domain with 14-3-3 d...
全体 | 名称: Complex of dimer phosphorylated C-raf kinase domain with 14-3-3 dimer and 2 subunits of Mek1 containing ligand GDC-0623 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of dimer phosphorylated C-raf kinase domain with 14-3-3 d...
超分子 | 名称: Complex of dimer phosphorylated C-raf kinase domain with 14-3-3 dimer and 2 subunits of Mek1 containing ligand GDC-0623 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase
分子 | 名称: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 73.184477 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MEHIQGAWKT ISNGFGFKDA VFDGSSCISP TIVQQFGYQR RASDDGKLTD PSKTSNTIRV FLPNKQRTVV NVRNGMSLHD CLMKALKVR GLQPECCAVF RLLHEHKGKK ARLDWNTDAA SLIGEELQVD FLDHVPLTTH NFARKTFLKL AFCDICQKFL L NGFRCQTC ...文字列: MEHIQGAWKT ISNGFGFKDA VFDGSSCISP TIVQQFGYQR RASDDGKLTD PSKTSNTIRV FLPNKQRTVV NVRNGMSLHD CLMKALKVR GLQPECCAVF RLLHEHKGKK ARLDWNTDAA SLIGEELQVD FLDHVPLTTH NFARKTFLKL AFCDICQKFL L NGFRCQTC GYKFHEHCST KVPTMCVDWS NIRQLLLFPN STIGDSGVPA LPSLTMRRMR ESVSRMPVSS QHRYSTPHAF TF NTSSPSS EGSLSQRQRS TSTPNVHMVS TTLPVDSRMI EDAIRSHSES ASPSALSSSP NNLSPTGWSQ PKTPVPAQRE RAP VSGTQE KNKIRPRGQR DSSYDWEIEA SEVMLSTRIG SGSFGTVYKG KWHGDVAVKI LKVVDPTPEQ FQAFRNEVAV LRKT RHVNI LLFMGYMTKD NLAIVTQWCE GSSLYKHLHV QETKFQMFQL IDIARQTAQG MDYLHAKNII HRDMKSNNIF LHEGL TVKI GDFGLATVKS RWSGSQQVEQ PTGSVLWMAP EVIRMQDNNP FSFQSDVYSY GIVLYELMTG ELPYSHINNR DQIIFM VGR GYASPDLSKL YKNCPKAMKR LVADCVKKVK EERPLFPQIL SSIELLQHSL PKINRSA(SEP)EP SLHRAAHTED INA CTLTTS PRLPVF UniProtKB: RAF proto-oncogene serine/threonine-protein kinase |
-分子 #2: 14-3-3 protein zeta isoform X1
分子 | 名称: 14-3-3 protein zeta isoform X1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
分子量 | 理論値: 28.108514 KDa |
配列 | 文字列: MSVDKEELVQ RAKLAEQAER YDDMAAAMKE VTETGVELSN EERNLLSVAY KNVVGARRSS WRVISSIEQK TEGSERKQQM AKEYRVKVE KELREICYDV LGLLDKHLIP KASNPESKVF YLKMKGDYYR YLAEVATGET RNSVVEDSQK AYQDAFEISK A KMQPTHPI ...文字列: MSVDKEELVQ RAKLAEQAER YDDMAAAMKE VTETGVELSN EERNLLSVAY KNVVGARRSS WRVISSIEQK TEGSERKQQM AKEYRVKVE KELREICYDV LGLLDKHLIP KASNPESKVF YLKMKGDYYR YLAEVATGET RNSVVEDSQK AYQDAFEISK A KMQPTHPI RLGLALNFSV FYYEILNSPD KACQLAKQAF DDAIAELDTL NEDSYKDSTL IMQLLRDNLT LWTSDTQGDG DE PAEGGDN UniProtKB: 14-3-3 protein zeta isoform X1 |
-分子 #3: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1
分子 | 名称: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1 タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: MAPキナーゼキナーゼ |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 43.461938 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MPKKKPTPIQ LNPAPDGSAV NGTSSAETNL EALQKKLEEL ELDEQQRKRL EAFLTQKQKV GELKDDDFEK ISELGAGNGG VVFKVSHKP SGLVMARKLI HLEIKPAIRN QIIRELQVLH ECNSPYIVGF YGAFYSDGEI SICMEHMDGG SLDQVLKKAG R IPEQILGK ...文字列: MPKKKPTPIQ LNPAPDGSAV NGTSSAETNL EALQKKLEEL ELDEQQRKRL EAFLTQKQKV GELKDDDFEK ISELGAGNGG VVFKVSHKP SGLVMARKLI HLEIKPAIRN QIIRELQVLH ECNSPYIVGF YGAFYSDGEI SICMEHMDGG SLDQVLKKAG R IPEQILGK VSIAVIKGLT YLREKHKIMH RDVKPSNILV NSRGEIKLCD FGVSGQLIDA MANAFVGTRS YMSPERLQGT HY SVQSDIW SMGLSLVEMA VGRYPIPPPD AKELELMFGC QVEGDAAETP PRPRTPGRPL SSYGMDSRPP MAIFELLDYI VNE PPPKLP SGVFSLEFQD FVNKCLIKNP AERADLKQLM VHAFIKRSDA EEVDFAGWLC STIGLNQPST PTHAAGV UniProtKB: Dual specificity mitogen-activated protein kinase kinase 1 |
-分子 #4: 2-{4-[(1E)-1-(hydroxyimino)-2,3-dihydro-1H-inden-5-yl]-3-(pyridin...
分子 | 名称: 2-{4-[(1E)-1-(hydroxyimino)-2,3-dihydro-1H-inden-5-yl]-3-(pyridin-4-yl)-1H-pyrazol-1-yl}ethanol タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: 29L |
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分子量 | 理論値: 334.372 Da |
Chemical component information | ChemComp-29L: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 2.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 150000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2732 / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-8chf: |