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- EMDB-15201: S. cerevisiae apo phosphorylated APC/C -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15201
タイトルS. cerevisiae apo phosphorylated APC/C
マップデータEM map
試料
  • 複合体: Phosphorylated apo anaphase promoting complex/cyclosome (APC/C)
    • タンパク質・ペプチド: x 13種
機能・相同性
機能・相同性情報


anaphase-promoting complex assembly / negative regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of mitotic actomyosin contractile ring contraction / deactivation of mitotic spindle assembly checkpoint / ascospore wall assembly / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / 後期促進複合体 / regulation of meiotic cell cycle / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process ...anaphase-promoting complex assembly / negative regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / positive regulation of mitotic actomyosin contractile ring contraction / deactivation of mitotic spindle assembly checkpoint / ascospore wall assembly / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / 後期促進複合体 / regulation of meiotic cell cycle / metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle / anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / positive regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / exit from mitosis / protein K11-linked ubiquitination / positive regulation of protein autoubiquitination / reciprocal meiotic recombination / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / ubiquitin ligase inhibitor activity / mitotic sister chromatid segregation / cullin family protein binding / ligase activity / enzyme regulator activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mitotic cell cycle / cyclin binding / nuclear periphery / 動原体 / 紡錘体 / ubiquitin protein ligase activity / chromatin organization / ubiquitin-dependent protein catabolic process / molecular adaptor activity / protein ubiquitination / 細胞周期 / 細胞分裂 / ubiquitin protein ligase binding / ミトコンドリア / zinc ion binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Anaphase-promoting complex subunit 15/mnd2 / Anaphase-promoting complex subunit Mnd2 / Anaphase-promoting complex, subunit 9 / Apc15p protein / Anaphase-promoting complex subunit 9 / Cdc23 / Apc13 / Anaphase promoting complex subunit 8 / Cdc23 / Apc13p protein / Anaphase-promoting complex subunit 4 ...Anaphase-promoting complex subunit 15/mnd2 / Anaphase-promoting complex subunit Mnd2 / Anaphase-promoting complex, subunit 9 / Apc15p protein / Anaphase-promoting complex subunit 9 / Cdc23 / Apc13 / Anaphase promoting complex subunit 8 / Cdc23 / Apc13p protein / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 4 long domain / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 5 domain / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit APC10/Doc1 / Anaphase-promoting complex, subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex APC subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit 11, RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 11 RING-H2 finger / Anaphase-promoting complex subunit 2, C-terminal / Anaphase-promoting complex subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Anaphase promoting complex (APC) subunit 2 / Tetratricopeptide repeat 2 / Tetratricopeptide repeat / Anaphase-promoting complex, cyclosome, subunit 3 / APC10/DOC domain / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / DOC domain profile. / Anaphase-promoting complex, subunit 10 (APC10) / TPR repeat / Tetratricopeptide repeat / Cullin, N-terminal / Cullin homology domain / Cullin homology domain superfamily / Cullin family / Cullin family profile. / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat 1 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Galactose-binding-like domain superfamily / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Anaphase-promoting complex subunit CDC16 / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit CDC23 / Anaphase-promoting complex subunit CDC27 / Anaphase-promoting complex subunit MND2 / Anaphase-promoting complex subunit DOC1 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 9 ...Anaphase-promoting complex subunit CDC16 / Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / Anaphase-promoting complex subunit CDC23 / Anaphase-promoting complex subunit CDC27 / Anaphase-promoting complex subunit MND2 / Anaphase-promoting complex subunit DOC1 / Anaphase-promoting complex subunit 1 / Anaphase-promoting complex subunit 4 / Anaphase-promoting complex subunit 5 / Anaphase-promoting complex subunit 9 / Anaphase-promoting complex subunit 11 / Anaphase-promoting complex subunit SWM1 / Anaphase-promoting complex subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.4 Å
データ登録者Barford D / Fernandez-Vazquez E / Zhang Z / Yang J
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/6 英国
Cancer Research UKC576/A14109 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the S. cerevisiae apo phosphorylated APC/C
著者: Barford D / Fernandez-Vazquez E / Zhang Z / Yang J
履歴
登録2022年6月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月31日-
マップ公開2022年8月31日-
更新2022年8月31日-
現状2022年8月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15201.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15201.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.38 Å/pix.
x 256 pix.
= 353.28 Å		1.38 Å/pix.
x 256 pix.
= 353.28 Å		1.38 Å/pix.
x 256 pix.
= 353.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.38 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.04622105 - 0.15379627
平均 (標準偏差)0.0010901918 (±0.0065835863)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 353.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map2

ファイルemd_15201_half_map_1.map
注釈Half map2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map1

ファイルemd_15201_half_map_2.map
注釈Half map1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 : Phosphorylated apo anaphase promoting complex/cyclosome (APC/C)

全体名称: Phosphorylated apo anaphase promoting complex/cyclosome (APC/C)
要素
  • 複合体: Phosphorylated apo anaphase promoting complex/cyclosome (APC/C)
    • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit CDC27後期促進複合体
    • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit CDC16後期促進複合体
    • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit CDC26後期促進複合体
    • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 9後期促進複合体
    • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 2後期促進複合体
    • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 11後期促進複合体
    • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 1後期促進複合体
    • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 5後期促進複合体
    • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit CDC23後期促進複合体
    • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit SWM1後期促進複合体
    • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit MND2後期促進複合体
    • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit 4後期促進複合体
    • タンパク質・ペプチド: Anaphase-promoting complex subunit DOC1後期促進複合体

+
超分子 #1: Phosphorylated apo anaphase promoting complex/cyclosome (APC/C)

超分子名称: Phosphorylated apo anaphase promoting complex/cyclosome (APC/C)
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Phosphorylated apo anaphase promoting complex/cyclosome (APC/C)
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
分子量理論値: 1.127 MDa

+
分子 #1: Anaphase-promoting complex subunit CDC27

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit CDC27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 85.487391 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAVNPELAPF TLSRGIPSFD DQALSTIIQL QDCIQQAIQQ LNYSTAEFLA ELLYAECSIL DKSSVYWSDA VYLYALSLFL NKSYHTAFQ ISKEFKEYHL GIAYIFGRCA LQLSQGVNEA ILTLLSIINV FSSNSSNTRI NMVLNSNLVH IPDLATLNCL L GNLYMKLD ...文字列:
MAVNPELAPF TLSRGIPSFD DQALSTIIQL QDCIQQAIQQ LNYSTAEFLA ELLYAECSIL DKSSVYWSDA VYLYALSLFL NKSYHTAFQ ISKEFKEYHL GIAYIFGRCA LQLSQGVNEA ILTLLSIINV FSSNSSNTRI NMVLNSNLVH IPDLATLNCL L GNLYMKLD HSKEGAFYHS EALAINPYLW ESYEAICKMR ATVDLKRVFF DIAGKKSNSH NNNAASSFPS TSLSHFEPRS QP SLYSKTN KNGNNNINNN VNTLFQSSNS PPSTSASSFS SIQHFSRSQQ QQANTSIRTC QNKNTQTPKN PAINSKTSSA LPN NISMNL VSPSSKQPTI SSLAKVYNRN KLLTTPPSKL LNNDRNHQNN NNNNNNNNNN NNNNNNNNNN NNIINKTTFK TPRN LYSST GRLTTSKKNP RSLIISNSIL TSDYSITLPE IMYNFALILR SSSQYNSFKA IRLFESQIPS HIKDTMPWCL VQLGK LHFE IINYDMSLKY FNRLKDLQPA RVKDMEIFST LLWHLHDKVK SSNLANGLMD TMPNKPETWC CIGNLLSLQK DHDAAI KAF EKATQLDPNF AYAYTLQGHE HSSNDSSDSA KTCYRKALAC DPQHYNAYYG LGTSAMKLGQ YEEALLYFEK ARSINPV NV VLICCCGGSL EKLGYKEKAL QYYELACHLQ PTSSLSKYKM GQLLYSMTRY NVALQTFEEL VKLVPDDATA HYLLGQTY R IVGRKKDAIK ELTVAMNLDP KGNQVIIDEL QKCHMQE

+
分子 #2: Anaphase-promoting complex subunit CDC16

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit CDC16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 96.282266 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MKFCLYCCHC YIVICGKATH YYKSSKATSN LKSSNRVLMR NPMSPSEQHS QHNSTLAASP FVSNVSAART QQSLPTDAQN DRLQQPWNR TNTATSPYQS LANSPLIQKL QANIMTPHQP SANSNSNSNS ITGNVVNDNN LLASMSKNSM FGSTIPSTLR K VSLQREYK ...文字列:
MKFCLYCCHC YIVICGKATH YYKSSKATSN LKSSNRVLMR NPMSPSEQHS QHNSTLAASP FVSNVSAART QQSLPTDAQN DRLQQPWNR TNTATSPYQS LANSPLIQKL QANIMTPHQP SANSNSNSNS ITGNVVNDNN LLASMSKNSM FGSTIPSTLR K VSLQREYK DSVDGVVRDE DNDEDVHNNG DAAANANNDR ESKLGHNGPL TTTTLTTTTT ATQLDVSELS AIERLRLWRF DA LMQHMYR TAEYIADKVY NISNDPDDAF WLGQVYYNNN QYVRAVELIT RNNLDGVNIL CRYLLGLSFV KLQRFDDALD VIG EYNPFS EDPSTTAANT MSNNGNNSNT SQPVTDGGIK MESSLCFLRG KIYFAQNNFN KARDAFREAI LVDIKNFEAF EMLL SKNLL TPQEEWDLFD SLDFKEFGED KEIMKNLYKI NLSKYINTED ITKSNEILAK DYKLADNVDV VRSKVDICYT QCKFN ECLE LCETVLENDE FNTNILPAYI GCLYELSNKN KLFLLSHRLA ETFPKSAITW FSVATYYMSL DRISEAQKYY SKSSIL DPS FAAAWLGFAH TYALEGEQDQ ALTAYSTASR FFPGMHLPKL FLGMQFMAMN SLNLAESYFV LAYDICPNDP LVLNEMG VM YFKKNEFVKA KKYLKKALEV VKDLDPSSRT TISIQLNLGH TYRKLNENEI AIKCFRCVLE KNDKNSEIHC SLGYLYLK T KKLQKAIDHL HKSLYLKPNN SSATALLKNA LELNVTLSLD ASHPLIDKSN LMSQASKDKA SLNKKRSSLT YDPVNMAKR LRTQKEIFDQ NNKALRKGGH DSKTGSNNAD DDFDADMELE KSSIPENLYF

+
分子 #3: Anaphase-promoting complex subunit CDC26

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit CDC26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 14.09686 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MIRRAPTTLQ LSHDDVTSLI DDLNEQKLKQ QLNIEKTKYF QGKNGGSLHS NTDFQDTSQN IEDNNNDNDN DIDEDDDMSS YNDKAASVA HTRVLNSLHL STDSNTAHET SNANDNHNPF YIREE

+
分子 #4: Anaphase-promoting complex subunit 9

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 30.901439 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MNQNGDKNEG KLFQLPSLPP WKTPRFNKAN FNNFTTPLRK RSTRVINDDS MPITGEVLEE RTADDLYGIN MDVDEVDYLN TLSHIEEEK QYDYSPFCER NTLRESRIDS FLKAERAAHC LVFHKVGHLD GIDSYRPDID IMCGEEANKY DSANPEGNGS M LLESVPGC ...文字列:
MNQNGDKNEG KLFQLPSLPP WKTPRFNKAN FNNFTTPLRK RSTRVINDDS MPITGEVLEE RTADDLYGIN MDVDEVDYLN TLSHIEEEK QYDYSPFCER NTLRESRIDS FLKAERAAHC LVFHKVGHLD GIDSYRPDID IMCGEEANKY DSANPEGNGS M LLESVPGC NKEDLERLSR REFVTNSKPN MRRLDDIINH ETNALKSFWN DSGLVNSLQS HHLHEEYLLL QEELKNVYKI KC HDRVPIE SLRDKCRRHY SNEDSSFL

+
分子 #5: Anaphase-promoting complex subunit 2

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 100.09957 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSFQITPTRD LKVITDELQT LSSYIFHTNI VDDLNSLLTW MSPNDAKSNH QLRPPSLRIK NIIKVLFPNN ATTSPYSMIN TSQANNSIV NEGNTNKELQ LQLFSTLKEF YIFQVRYHFF LHFNNINYLK DIQRWENYYE FPLRYVPIFD VNVNDWALEL N SLRHYLLN ...文字列:
MSFQITPTRD LKVITDELQT LSSYIFHTNI VDDLNSLLTW MSPNDAKSNH QLRPPSLRIK NIIKVLFPNN ATTSPYSMIN TSQANNSIV NEGNTNKELQ LQLFSTLKEF YIFQVRYHFF LHFNNINYLK DIQRWENYYE FPLRYVPIFD VNVNDWALEL N SLRHYLLN RNIKFKNNLR TRLDKLIMDD DFDLADNLIQ WLKSANGSLS STELIVNALY SKINKFCEDN MSRVWNKRFM IM ETFNKFI NQYWSQFSKL VGCPEDDHEL TTTVFNCFES NFLRIRTNEI FDICVLAYPD SKVTLLELRK IMKDFKDYTN IVT TFLSDF KKYILNPSVT TVDALLRYVK TIKAFLVLDP TGRCLHSITT FVKPYFQERK HLVNVLLYAM LDLPEEELKE KINF NVDMK ALLSLVDTLH DSDINQDTNI TKRDKNKKSP FLWNLKVKGK RELNKDLPIR HAMLYEHILN YYIAWVPEPN DMIPG NIKS SYIKTNLFEV LLDLFESREF FISEFRNLLT DRLFTLKFYT LDEKWTRCLK LIREKIVKFT ETSHSNYITN GILGLL ETT APAADADQSN LNSIDVMLWD IKCSEELCRK MHEVAGLDPI IFPKFISLLY WKYNCDTQGS NDLAFHLPID LERELQK YS DIYSQLKPGR KLQLCKDKGK VEIQLAFKDG RKLVLDVSLE QCSVINQFDS PNDEPICLSL EQLSESLNIA PPRLTHLL D FWIQKGVLLK ENGTYSVIEH SEMDFDQAQK TAPMEIENSN YELHNDSEIE RKYELTLQRS LPFIEGMLTN LGAMKLHKI HSFLKITVPK DWGYNRITLQ QLEGYLNTLA DEGRLKYIAN GSYEIVKNGH KNS

+
分子 #6: Anaphase-promoting complex subunit 11

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 18.887105 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MKVKINEVHS VFAWSWHIPS TSDEDAANND PIGNDEDEDV CGICRASYNG TCPSCKFPGD QCPLVIGLCH HNFHDHCIYR WLDTPTSKG LCPMCRQTFQ LQKGLAINDA HVQKFVEIVS RRREEMIEEG VAEEFVDFDE PIRQNTDNPI GRQQVDTILD E DFLLR

+
分子 #7: Anaphase-promoting complex subunit 1

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 196.372766 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MTSKPSTRND YLPRETHNGE YTGDSPEWQL QINITNKIGG INGDIWLSRD GRSVKWCIED QCLRQFTYNQ KIIKAGYIDF EKTPDCFVV VLSDIAHVYM LKNGGSTTVC FPFQIGNAFW YANGVILERE TSASFMDGGY DLKPIEFDLK HKYITLTDPM A PFGLISIT ...文字列:
MTSKPSTRND YLPRETHNGE YTGDSPEWQL QINITNKIGG INGDIWLSRD GRSVKWCIED QCLRQFTYNQ KIIKAGYIDF EKTPDCFVV VLSDIAHVYM LKNGGSTTVC FPFQIGNAFW YANGVILERE TSASFMDGGY DLKPIEFDLK HKYITLTDPM A PFGLISIT NTFKGGINSA SGNKTDILQD FQLVLFPSDK DKCIAVFLDR NSKVLRFYYS RILSSDQSRK GELTISSTKK TG LDAAGNS QKSGGISKDL RKFSHLTRRS TSINSNSHDF NAAERVLSGN VGNASGRTDI FALPSSCSRR SLSATLDRMG NNI APTNRA APSGFFDSSS ANTATHSNIT PVSQPMQQQQ QEYLNQTATS SKDIVLTEIS SLKLPDDIIF TSRRLSSILS KLKF LSLRF ERREGLLIFH EPTHFCKIWL IDLLPDVLDS IPFKIYGNSP QNMIRLENLK LKEPSRIQAM YIHELLESCL ILVSE GQNK EEYKACLYDP FVKITSPSKN ISEELTKQNS LPSLQKLFPY PETSFTKLCF EAVKYITSPA FNISFIFLWQ SAYSIL LSR ANDDVVGGLK MEHDAFSLVL SLLILPIPSS SAQEYQEYKE IYERDLFQHL KQDSEITSSV LPRIVIGLHL IREEYSL NV LCRNEHALLG QFLRFATAAM GWPDLWQSYY VPKMDSESKT FLHPREQNST FFHPLDEPPS ITKSLYSITE NSSIPLCP F ISFSRLVATD TQVELRITPR SFKILGLYEL VHSPNFLPDY VLGILSSFKV DKDELQTYPL GILVPLQNIL KILEDKLSE VRDNLELLDR ADLQRCSAII NSIRSDSKEV LKRGQRDSYM LCKVPLAKNR SSLSKKPSDI YSILSEIVKS ASQVPLDGSA MRMSNIQDD EDIDEGRSLK LNAGLIFSED KRFTHVVSLL AYYRPTKTQF FTTKTEYAQI LAQKKYFAKI MALRTCTNGV G WGAVAYAT EKPISTQKWV IQPLNLISVF PDDTKITVKA PEDIAHDIVE WGQFHAGVSS GLRISKKATG ITGSWIAFNK PK ELDAYHG GFLLGLGLNG HLKNLEEWHI YNYLSPRNTH ISIGLLLGMS SSMKGSMDSK LIKVISVHLV AFLPSGSSDL NID LKLQTA GIIGMGMLYL NSRHKRMSDS IFAQLVSLLN VNDEMVADEE YRLAAGISLG LINLGAGQTK LRKWDSSLLG LGDD LPEDV YDSSDVEQNV MYEDLTTKLL EIVTSTYDVE NDWIPENSQI GAVIAIMFLF LKSNNFGISN MLKVDLKEIL KANIN TRPE LLMYREWASN MILWEFIGDD LSFIMKDVDI GVKFSELNTD LLPIYYTMAG RILAMGIRFA STGNLKIRNI LLSLVD KFL PLYQYPGKQN LDFRLTISVI NVLTNVIVVS LSMVMCASGD LEVLRRVKYL HEVASGPYSD LFQEIPSSKS DVSGVTQ VT SNTNTPGNSD RERVDETAAS LDDERSSNGS DISDPTAYLE DKKDIDDHYG KFISTNLALG FLFLGSGQYA LNTSTLES I AFLSMSVLPT YTTPHPLQEL KHFWSMAVEP RCLVIKDIST GDAVNNVPIE LVVEEDVEKE EVIREISTPC LLPDFSKIK SIRVKMHGYF PLEVNFTKDY SASDFFSGGT IIYIQRKSES VFENKASFRN VEDIHVALKR KAAESKNYSR LNLKNEQGNT TSSQLVESL GIQDLTMVEL DTLLSAGNNT ALTDSESYNL GLLCSDKNSG DILDCQLELW YKSFGPHDE

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分子 #8: Anaphase-promoting complex subunit 5

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 79.355641 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSKYGPLGIT NFITPYDLCI LILIHAHCSQ DNGISVPTAV FLRLISPTRP SLEWNPLLKD NSNLRSSSIV PPPVLPILDN IIRILLDDK DGNKIALTLM GYLEAINGLD SINRLMMDLE KNCLVNNYRS MKMRTTSTRR QMTRASFLGT FLSTCIRKYQ I GDFEMRET ...文字列:
MSKYGPLGIT NFITPYDLCI LILIHAHCSQ DNGISVPTAV FLRLISPTRP SLEWNPLLKD NSNLRSSSIV PPPVLPILDN IIRILLDDK DGNKIALTLM GYLEAINGLD SINRLMMDLE KNCLVNNYRS MKMRTTSTRR QMTRASFLGT FLSTCIRKYQ I GDFEMRET IWINLQNFKT VFKHTPLWLR FKDNVHIQKV KNCLLANDEI SVEDQQMVEF FQHFNNGNDA DSKTMNEENY GT LISIQHL QSIVNRQIVN WLDNTEFNLM GQEETSSTYE EQSGLVFDLL DTLSLNDATK FPLIFILKYL EAIKENSYQT ALD SLHNYF DYKSTGNSQN YFHISLLSLA TFHSSFNECD AAINSFEEAT RIARENKDME TLNLIMIWII NFIEVHPEYA NRFY ITVEQ IIKYLKNSSD VEDANIFSNA YKFETLLSMV KESKTAEVSS SLLKFMAITL QNVPSQNFDL FQSLVSYEVK FWKEL GYES ISDVYEKFLS KTSSSSLRNY DSSIINQDIK VAFKALEEDD FLKVKQYLLK SESLELDYDQ KINLKYLRVK YLVKIG DYD LSMRLINQYV KECCEEVADS NWRFKFEIES INVLLLSDVG IRSLPKIIKL IDEYKEIGNP LRCVILLLKL CEVLIQV GK SMEAECLISC NLSTILEFPF VRKKTDELLE SLSVEEDRDV QMT

+
分子 #9: Anaphase-promoting complex subunit CDC23

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit CDC23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 73.197984 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MNDDSQDKII HDIRIQLRKA ATELSRWKLY GSSKWAAEAL AGLAEAIDVD QTHSLADESP LRNKQGVPKQ MFEIPQNGFG LSETEYDLY LLGSTLFDAK EFDRCVFFLK DVTNPYLKFL KLYSKFLSWD KKSQESMENI LTTGKFTDEM YRANKDGDGS G NEDINQSG ...文字列:
MNDDSQDKII HDIRIQLRKA ATELSRWKLY GSSKWAAEAL AGLAEAIDVD QTHSLADESP LRNKQGVPKQ MFEIPQNGFG LSETEYDLY LLGSTLFDAK EFDRCVFFLK DVTNPYLKFL KLYSKFLSWD KKSQESMENI LTTGKFTDEM YRANKDGDGS G NEDINQSG HQRANLKMVS NEHESQSNIS SILKEINTFL ESYEIKIDDD EADLGLALLY YLRGVILKQE KNISKAMSSF LK SLSCYSF NWSCWLELMD CLQKVDDALL LNNYLYQNFQ FKFSENLGSQ RTIEFNIMIK FFKLKVFEEL NGQLEDYFED LEF LLQVFP NFTFLKAYNA TISYNNLDYV TAESRFDDIV KQDPYRLNDL ETYSNILYVM QKNSKLAYLA QFVSQIDRFR PETC CIIAN YYSARQEHEK SIMYFRRALT LDKKTTNAWT LMGHEFVELS NSHAAIECYR RAVDICPRDF KAWFGLGQAY ALLDM HLYS LYYFQKACTL KPWDRRIWQV LGECYSKTGN KVEAIKCYKR SIKASQTVDQ NTSIYYRLAQ LYEELEDLQE CKKFMM KCV DVEELLEGIV TDETVKARLW LAIFEIKAGN YQLAYDYAMG VSSGTSQEIE EARMLARECR RHM

+
分子 #10: Anaphase-promoting complex subunit SWM1

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit SWM1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 19.37791 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MSSSSYRDSY FQYRHLPAPH HILYAEWNQD ILALPDEVAN ITMAMKDNTR TDAEEGRAPQ DGERNSNVRE SAQGKALMTS EQNSNRYWN SFHDEDDWNL FNGMELESNG VVTFAGQAFD HSLNGGTNSR NDGANEPRKE TITGSIFDRR ITQLAYARNN G WHELALPQ SR

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分子 #11: Anaphase-promoting complex subunit MND2

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit MND2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 42.881523 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MARALRDISL FNDIRKDQNS AGAKHERYNM RDLRSKKNQH VNGIDDYEDD SLDRFIRRKK SRVVKYIPSL SAYNVFNEFP YYPTSASQL LDGKLDEFLM LSEQYKSRLP KIRKLGWNRF KPIGINKTMY ELEMLRSRAR AQNAEGNNEE DFRQHDSREE D PRNNGSIG ...文字列:
MARALRDISL FNDIRKDQNS AGAKHERYNM RDLRSKKNQH VNGIDDYEDD SLDRFIRRKK SRVVKYIPSL SAYNVFNEFP YYPTSASQL LDGKLDEFLM LSEQYKSRLP KIRKLGWNRF KPIGINKTMY ELEMLRSRAR AQNAEGNNEE DFRQHDSREE D PRNNGSIG RVILPHILQE NEEYDTGEGV TGLHSMPNDS MAILANNSAN NSQNEEVSEE DEISYDYDAE FDHVVDEDDN EE GEVPGEG VEGIEVQRER IVPDDLLMRP TSLSRSLQQF VEEAHHLDRN PYDIDSDNDG EDSKVELDMN PDFEDDVGRE HDY NSEYSQ EPTSYGGITP DLASNWRNWT RERITSLDEL MERRARQQRG QD

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分子 #12: Anaphase-promoting complex subunit 4

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 75.345688 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSSPINDYFI DYNPLFPIFA TRIAKGLAIY RVSDHARLAV IPIRNINLVA NYDWDTTTGK FLSIFFKDGT IRIHDIFKDG RLVSFLRIP STKISKGIWD RIPLRYEPNN RDFACNIIDD LPKLIRFVKD SKRINIVPYT QPNSLWRGPD EDDLDSNEKL D VHVVFNEG ...文字列:
MSSPINDYFI DYNPLFPIFA TRIAKGLAIY RVSDHARLAV IPIRNINLVA NYDWDTTTGK FLSIFFKDGT IRIHDIFKDG RLVSFLRIP STKISKGIWD RIPLRYEPNN RDFACNIIDD LPKLIRFVKD SKRINIVPYT QPNSLWRGPD EDDLDSNEKL D VHVVFNEG NDKITVFFNG DYAVFLSVDN IENENSLKSI IKVQDGFYQC FYEDGTVQTL NLGPLLQSKS SVNLLNYIMV IK ELIGYML THLEFINREL ATPYLDFVKR LCDEAYGYGK LKSELEALFL LGEISCDLED WLCNSVGEKN FKRWKYLGCE AYQ KTVQIL TLIFVPACER IIIYVEKLRA ILQAFSIQNK LSYTSDLTAV EVLLKSSQKL LTMTLNSIIG LGRDETLFEK FFIW FNDRL HEALDEDYKL KFQFEDDLYF GYDLLSYFDR ILSKKGTEPS SIIDVKLYRD LINSMSDMEK DIAQSNVNSH IQQHI LVDL KTDVFAQKYP SSQINLLDAI KLPKHNYIVY LIQVTKHNSA QEPFSEENKK KLYIGTLKDE NLGIISKESS VKIPAL FKS YRLSSTRFVP NRVHSLLRDI GLSDSNYHSS HVTDYRGENY ENEEDDGTIA IPAYIRENRE NDDFIACTAK VSVDGRS AS LVFPKEKQNV

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分子 #13: Anaphase-promoting complex subunit DOC1

分子名称: Anaphase-promoting complex subunit DOC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 28.810664 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDPIGINKVL DHLAPSELIK PVKSCHNKPS VLVLDDRIVD AATKDLYVNG FQEEIQYQNP TPENLQHMFH QGIEILDSAR MINVTHLAL WKPSSFKLGN PVDFALDDNY DTFWQSDGGQ PHQLDIMFSK RMDICVMAIF FSMIADESYA PSLVKVYAGH S PSDARFYK ...文字列:
MDPIGINKVL DHLAPSELIK PVKSCHNKPS VLVLDDRIVD AATKDLYVNG FQEEIQYQNP TPENLQHMFH QGIEILDSAR MINVTHLAL WKPSSFKLGN PVDFALDDNY DTFWQSDGGQ PHQLDIMFSK RMDICVMAIF FSMIADESYA PSLVKVYAGH S PSDARFYK MLEVRNVNGW VALRFLDNRE DDQLLKCQFI RLLFPVNHEN GKDTHLRGIR LYVPSNEPHQ DTHEWAQTLP ET NNVFQDA ILR

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8.3
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMTris.HClTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
250.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blotting 2 secs.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 51.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.9 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 2.6 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 1034 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 1034 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 1.7 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5904 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 59.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 806068
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 287434

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8a61:
S. cerevisiae apo phosphorylated APC/C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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