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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14957 | |||||||||
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タイトル | Non-muscle F-actin decorated with non-muscle tropomyosin 1.6 | |||||||||
マップデータ | Description: Non-muscle F-actin decorated with non-muscle tropomyosin 1.6 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / human (ヒト) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Selvaraj M / Kokate S / Kogan K / Kotila T / Kremneva E / Lappalainen P / Huiskonen JT | |||||||||
資金援助 | フィンランド, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2023 タイトル: Structural basis underlying specific biochemical activities of non-muscle tropomyosin isoforms. 著者: Muniyandi Selvaraj / Shrikant B Kokate / Gabriella Reggiano / Konstantin Kogan / Tommi Kotila / Elena Kremneva / Frank DiMaio / Pekka Lappalainen / Juha T Huiskonen / 要旨: The actin cytoskeleton is critical for cell migration, morphogenesis, endocytosis, organelle dynamics, and cytokinesis. To support diverse cellular processes, actin filaments form a variety of ...The actin cytoskeleton is critical for cell migration, morphogenesis, endocytosis, organelle dynamics, and cytokinesis. To support diverse cellular processes, actin filaments form a variety of structures with specific architectures and dynamic properties. Key proteins specifying actin filaments are tropomyosins. Non-muscle cells express several functionally non-redundant tropomyosin isoforms, which differentially control the interactions of other proteins, including myosins and ADF/cofilin, with actin filaments. However, the underlying molecular mechanisms have remained elusive. By determining the cryogenic electron microscopy structures of actin filaments decorated by two functionally distinct non-muscle tropomyosin isoforms, Tpm1.6 and Tpm3.2, we reveal that actin filament conformation remains unaffected upon binding. However, Tpm1.6 and Tpm3.2 follow different paths along the actin filament major groove, providing an explanation for their incapability to co-polymerize on actin filaments. We also elucidate the molecular basis underlying specific roles of Tpm1.6 and Tpm3.2 in myosin II activation and protecting actin filaments from ADF/cofilin-catalyzed severing. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14957.map.gz | 229 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14957-v30.xml emd-14957.xml | 17.9 KB 17.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_14957_fsc.xml | 14.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_14957.png | 78.7 KB | ||
マスクデータ | emd_14957_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_14957_half_map_1.map.gz emd_14957_half_map_2.map.gz | 194.2 MB 194.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14957 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14957 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ztcMC 7ztdC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14957.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Description: Non-muscle F-actin decorated with non-muscle tropomyosin 1.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.97 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_14957_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Halfmap 1
ファイル | emd_14957_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Halfmap 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Halfmap 2
ファイル | emd_14957_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Halfmap 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Non-muscle F-actin decorated with non-muscle tropomyosin 1.6
全体 | 名称: Non-muscle F-actin decorated with non-muscle tropomyosin 1.6 |
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要素 |
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-超分子 #1: Non-muscle F-actin decorated with non-muscle tropomyosin 1.6
超分子 | 名称: Non-muscle F-actin decorated with non-muscle tropomyosin 1.6 タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #2: Beta actin (non-muscle)
超分子 | 名称: Beta actin (non-muscle) / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: Non-muscle tropomyosin 1.6
超分子 | 名称: Non-muscle tropomyosin 1.6 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: actin, cytoplasmic 1
分子 | 名称: actin, cytoplasmic 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: human (ヒト) / 組織: Platelets |
分子量 | 理論値: 41.78266 KDa |
配列 | 文字列: MDDDIAALVV DNGSGMCKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IEHGIVTNWD DMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPVLLTEAP LNPKANREKM TQIMFETFNT PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVMDSGDGV T HTVPIYEG ...文字列: MDDDIAALVV DNGSGMCKAG FAGDDAPRAV FPSIVGRPRH QGVMVGMGQK DSYVGDEAQS KRGILTLKYP IEHGIVTNWD DMEKIWHHT FYNELRVAPE EHPVLLTEAP LNPKANREKM TQIMFETFNT PAMYVAIQAV LSLYASGRTT GIVMDSGDGV T HTVPIYEG YALPHAILRL DLAGRDLTDY LMKILTERGY SFTTTAEREI VRDIKEKLCY VALDFEQEMA TAASSSSLEK SY ELPDGQV ITIGNERFRC PEALFQPSFL GMESCGIHET TFNSIMKCDV DIRKDLYANT VLSGGTTMYP GIADRMQKEI TAL APSTMK IKIIAPPERK YSVWIGGSIL ASLSTFQQMW ISKQEYDESG PSIVHRKCF |
-分子 #2: Non-muscle tropomyosin 1.6
分子 | 名称: Non-muscle tropomyosin 1.6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.507176 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) |
-分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 8 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 実像数: 1700 / 平均露光時間: 45.0 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |