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- EMDB-1480: 3D structure of the canine 80S ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1480
タイトル3D structure of the canine 80S ribosome
マップデータ3D volume of the canine 80S ribosome determined at 8.7 A resolution (Fsc 0.5), within the context of a ribosome-channel complex from ER membranes.
試料
  • 試料: canine 80S ribosome
  • 複合体: 80S ribosomeEukaryotic ribosome
キーワードeukaryotic ribosome / protein translation (翻訳 (生物学)) / tRNA translocation / expansion segments
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å
データ登録者Chandramouli P / Topf M / Menetret JF / Eswar N / Cannone JJ / Gutell R / Sali A / Akey CW
引用ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Structure of the mammalian 80S ribosome at 8.7 A resolution.
著者: Preethi Chandramouli / Maya Topf / Jean-François Ménétret / Narayanan Eswar / Jamie J Cannone / Robin R Gutell / Andrej Sali / Christopher W Akey /
要旨: In this paper, we present a structure of the mammalian ribosome determined at approximately 8.7 A resolution by electron cryomicroscopy and single-particle methods. A model of the ribosome was ...In this paper, we present a structure of the mammalian ribosome determined at approximately 8.7 A resolution by electron cryomicroscopy and single-particle methods. A model of the ribosome was created by docking homology models of subunit rRNAs and conserved proteins into the density map. We then modeled expansion segments in the subunit rRNAs and found unclaimed density for approximately 20 proteins. In general, many conserved proteins and novel proteins interact with expansion segments to form an integrated framework that may stabilize the mature ribosome. Our structure provides a snapshot of the mammalian ribosome at the beginning of translation and lends support to current models in which large movements of the small subunit and L1 stalk occur during tRNA translocation. Finally, details are presented for intersubunit bridges that are specific to the eukaryotic ribosome. We suggest that these bridges may help reset the conformation of the ribosome to prepare for the next cycle of chain elongation.
履歴
登録2008年2月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年2月25日-
マップ公開2009年3月31日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4v5z
  • 表面レベル: 3.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1480.jpg

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1480.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 17.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D volume of the canine 80S ribosome determined at 8.7 A resolution (Fsc 0.5), within the context of a ribosome-channel complex from ER membranes.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.73 Å/pix.
x 168 pix.
= 458.64 Å		2.73 Å/pix.
x 168 pix.
= 458.64 Å		2.73 Å/pix.
x 168 pix.
= 458.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.73 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル1: 1.0 / ムービー #1: 3.5
最小 - 最大-16.530899999999999 - 23.4467
平均 (標準偏差)0.177751 (±1.37771)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ168168168
Spacing168168168
セルA=B=C: 458.64 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.732.732.73
M x/y/z168168168
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z458.640458.640458.640
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-55-55-55
NX/NY/NZ111111111
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS168168168
D min/max/mean-16.53123.4470.178

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : canine 80S ribosome

全体名称: canine 80S ribosome
要素
  • 試料: canine 80S ribosome
  • 複合体: 80S ribosomeEukaryotic ribosome

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超分子 #1000: canine 80S ribosome

超分子名称: canine 80S ribosome / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: Sample was monodisperse with some mild aggregation. / 集合状態: monomer / Number unique components: 1
分子量理論値: 3.6 MDa

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超分子 #1: 80S ribosome

超分子名称: 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: ribosome
詳細: The ribosome structure was determined within a larger, ribosome-channel complex isolated from ER membranes.
組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: ALL
由来(天然)生物種: Canis lupus familiaris (イヌ) / 別称: Dog
分子量理論値: 3.6 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 30mM Hepesm 50mM KAc, 10mM Mg acetate and 1.5% digitonin.
グリッド詳細: 400
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: home made plunger. in cold room
手法: blot for 1 second

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 51000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: eucentric / 試料ホルダーモデル: OTHER
温度平均: 93 K
詳細data were collected on Oxford and a Gatan cryo-holders
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 4.5 µm / 実像数: 500 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / 詳細: Creoscitex Eversmart was used to scan negatives. / Od range: 1 / ビット/ピクセル: 16

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画像解析

CTF補正詳細: by micrograph
最終 角度割当詳細: 2 degree steps between classes
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN
詳細: sep option equals 3 and setsf were used in the final cycle. a combined structure factor was used to correct for amplitudes in EMAN using the low resolution region from the images and the mid- ...詳細: sep option equals 3 and setsf were used in the final cycle. a combined structure factor was used to correct for amplitudes in EMAN using the low resolution region from the images and the mid-resolution region from a low angle X-ray diffraction pattern.
使用した粒子像数: 78800
詳細Particles selected with Boxer

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

1j5e

,

1s72

,

1giy
PDB 未公開エントリ

,

1gix
PDB 未公開エントリ

)
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-4v5z:
Structure of a mammalian 80S ribosome obtained by docking homology models of the RNA and proteins into an 8.7 A cryo-EM map

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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