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- EMDB-14728: Structure of human OCT3 in complex with inhibitor decynium-22 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14728
タイトルStructure of human OCT3 in complex with inhibitor decynium-22
マップデータ
試料
  • 複合体: human OCT3 reconstituted in lipid nanodisc and in complex with inhibitor decynium-22
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 22 member 3
  • リガンド: 1-ethyl-2-[(1-ethylquinolin-2-yl)methyl]quinoline
機能・相同性
機能・相同性情報


histamine transport / epinephrine uptake / histamine metabolic process / monocarboxylic acid transport / serotonin transport / spermidine transmembrane transporter activity / quaternary ammonium group transmembrane transporter activity / quaternary ammonium group transport / epinephrine transport / purine-containing compound transmembrane transport ...histamine transport / epinephrine uptake / histamine metabolic process / monocarboxylic acid transport / serotonin transport / spermidine transmembrane transporter activity / quaternary ammonium group transmembrane transporter activity / quaternary ammonium group transport / epinephrine transport / purine-containing compound transmembrane transport / spermidine transport / histamine uptake / organic cation transport / Organic cation transport / organic cation transmembrane transporter activity / norepinephrine uptake / dopamine uptake / regulation of appetite / : / norepinephrine transport / toxin transmembrane transporter activity / neurotransmitter transmembrane transporter activity / serotonin uptake / Abacavir transmembrane transport / organic anion transport / dopamine transport / monoamine transmembrane transporter activity / monoamine transport / organic anion transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / 神経伝達物質輸送体 / nuclear outer membrane / transport across blood-brain barrier / 細胞内膜系 / monoatomic ion transport / ミトコンドリア / presynapse / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / neuronal cell body / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Organic cation transport protein/SVOP / Sugar transport proteins signature 1. / Sugar transporter, conserved site / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 22 member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.55 Å
データ登録者Khanppnavar B / Korkhov V
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation198545 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structural basis of organic cation transporter-3 inhibition.
著者: Basavraj Khanppnavar / Julian Maier / Freja Herborg / Ralph Gradisch / Erika Lazzarin / Dino Luethi / Jae-Won Yang / Chao Qi / Marion Holy / Kathrin Jäntsch / Oliver Kudlacek / Klaus ...著者: Basavraj Khanppnavar / Julian Maier / Freja Herborg / Ralph Gradisch / Erika Lazzarin / Dino Luethi / Jae-Won Yang / Chao Qi / Marion Holy / Kathrin Jäntsch / Oliver Kudlacek / Klaus Schicker / Thomas Werge / Ulrik Gether / Thomas Stockner / Volodymyr M Korkhov / Harald H Sitte /
要旨: Organic cation transporters (OCTs) facilitate the translocation of catecholamines, drugs and xenobiotics across the plasma membrane in various tissues throughout the human body. OCT3 plays a key role ...Organic cation transporters (OCTs) facilitate the translocation of catecholamines, drugs and xenobiotics across the plasma membrane in various tissues throughout the human body. OCT3 plays a key role in low-affinity, high-capacity uptake of monoamines in most tissues including heart, brain and liver. Its deregulation plays a role in diseases. Despite its importance, the structural basis of OCT3 function and its inhibition has remained enigmatic. Here we describe the cryo-EM structure of human OCT3 at 3.2 Å resolution. Structures of OCT3 bound to two inhibitors, corticosterone and decynium-22, define the ligand binding pocket and reveal common features of major facilitator transporter inhibitors. In addition, we relate the functional characteristics of an extensive collection of previously uncharacterized human genetic variants to structural features, thereby providing a basis for understanding the impact of OCT3 polymorphisms.
履歴
登録2022年4月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月9日-
マップ公開2022年11月9日-
更新2023年4月19日-
現状2023年4月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14728.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14728.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.66 Å/pix.
x 350 pix.
= 231. Å		0.66 Å/pix.
x 350 pix.
= 231. Å		0.66 Å/pix.
x 350 pix.
= 231. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.66 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.007
最小 - 最大-0.028084153 - 0.03807386
平均 (標準偏差)4.3440188e-05 (±0.00079687295)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 231.00002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half1

ファイルemd_14728_half_map_1.map
注釈half1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half2

ファイルemd_14728_half_map_2.map
注釈half2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : human OCT3 reconstituted in lipid nanodisc and in complex with in...

全体名称: human OCT3 reconstituted in lipid nanodisc and in complex with inhibitor decynium-22
要素
  • 複合体: human OCT3 reconstituted in lipid nanodisc and in complex with inhibitor decynium-22
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 22 member 3
  • リガンド: 1-ethyl-2-[(1-ethylquinolin-2-yl)methyl]quinoline

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超分子 #1: human OCT3 reconstituted in lipid nanodisc and in complex with in...

超分子名称: human OCT3 reconstituted in lipid nanodisc and in complex with inhibitor decynium-22
タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Solute carrier family 22 member 3

分子名称: Solute carrier family 22 member 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 61.332836 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPSFDEALQR VGEFGRFQRR VFLLLCLTGV TFAFLFVGVV FLGTQPDHYW CRGPSAAALA ERCGWSPEEE WNRTAPASRG PEPPERRGR CQRYLLEAAN DSASATSALS CADPLAAFPN RSAPLVPCRG GWRYAQAHST IVSEFDLVCV NAWMLDLTQA I LNLGFLTG ...文字列:
MPSFDEALQR VGEFGRFQRR VFLLLCLTGV TFAFLFVGVV FLGTQPDHYW CRGPSAAALA ERCGWSPEEE WNRTAPASRG PEPPERRGR CQRYLLEAAN DSASATSALS CADPLAAFPN RSAPLVPCRG GWRYAQAHST IVSEFDLVCV NAWMLDLTQA I LNLGFLTG AFTLGYAADR YGRIVIYLLS CLGVGVTGVV VAFAPNFPVF VIFRFLQGVF GKGTWMTCYV IVTEIVGSKQ RR IVGIVIQ MFFTLGIIIL PGIAYFIPNW QGIQLAITLP SFLFLLYYWV VPESPRWLIT RKKGDKALQI LRRIAKCNGK YLS SNYSEI TVTDEEVSNP SFLDLVRTPQ MRKCTLILMF AWFTSAVVYQ GLVMRLGIIG GNLYIDFFIS GVVELPGALL ILLT IERLG RRLPFAASNI VAGVACLVTA FLPEGIAWLR TTVATLGRLG ITMAFEIVYL VNSELYPTTL RNFGVSLCSG LCDFG GIIA PFLLFRLAAV WLELPLIIFG ILASICGGLV MLLPETKGIA LPETVDDVEK LGSPHSCKCG RNKKTPVSRS HL

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分子 #2: 1-ethyl-2-[(1-ethylquinolin-2-yl)methyl]quinoline

分子名称: 1-ethyl-2-[(1-ethylquinolin-2-yl)methyl]quinoline / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: JDW
分子量理論値: 328.45 Da
Chemical component information

ChemComp-JDW:
1-ethyl-2-[(1-ethylquinolin-2-yl)methyl]quinoline / 2,2′-メチレンビス(1-エチルキノリニウム)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
#0 - 平均電子線量: 51.0 e/Å2 / #0 - 詳細: Dataset 1 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
#1 - 平均電子線量: 49.0 e/Å2 / #1 - 詳細: Dataset 2 & 3
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio 3D model reconstruction
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 130654
Image recording ID1
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 100
得られたモデル

PDB-7zha:
Structure of human OCT3 in complex with inhibitor decynium-22

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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