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- EMDB-14474: AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS101 and ACS124 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14474
タイトルAMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS101 and ACS124
マップデータAMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS101 and ACS124 (main map)
試料
  • 複合体: AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS101 and ACS124
    • 複合体: AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS101 and ACS124
      • タンパク質・ペプチド: AMC009 SOSIPv5.2 envelope glycoprotein gp120
      • タンパク質・ペプチド: AMC009 SOSIP.v5.2 envelope glycoprotein gp41
    • 複合体: AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS101 and ACS124
      • タンパク質・ペプチド: ACS124 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: ACS124 light chain
      • タンパク質・ペプチド: ACS101 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: ACS101 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.95 Å
データ登録者van Schooten J / Ward A
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1115782 米国
Bill & Melinda Gates FoundationINV-002916 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI110657 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Identification of IOMA-class neutralizing antibodies targeting the CD4-binding site on the HIV-1 envelope glycoprotein.
著者: Jelle van Schooten / Elinaz Farokhi / Anna Schorcht / Tom L G M van den Kerkhof / Hongmei Gao / Patricia van der Woude / Judith A Burger / Tim G Rijkhold Meesters / Tom Bijl / Riham ...著者: Jelle van Schooten / Elinaz Farokhi / Anna Schorcht / Tom L G M van den Kerkhof / Hongmei Gao / Patricia van der Woude / Judith A Burger / Tim G Rijkhold Meesters / Tom Bijl / Riham Ghalaiyini / Hannah L Turner / Jessica Dorning / Barbera D C van Schaik / Antoine H C van Kampen / Celia C Labranche / Robyn L Stanfield / Devin Sok / David C Montefiori / Dennis R Burton / Michael S Seaman / Gabriel Ozorowski / Ian A Wilson / Rogier W Sanders / Andrew B Ward / Marit J van Gils /
要旨: A major goal of current HIV-1 vaccine design efforts is to induce broadly neutralizing antibodies (bNAbs). The VH1-2-derived bNAb IOMA directed to the CD4-binding site of the HIV-1 envelope ...A major goal of current HIV-1 vaccine design efforts is to induce broadly neutralizing antibodies (bNAbs). The VH1-2-derived bNAb IOMA directed to the CD4-binding site of the HIV-1 envelope glycoprotein is of interest because, unlike the better-known VH1-2-derived VRC01-class bNAbs, it does not require a rare short light chain complementarity-determining region 3 (CDRL3). Here, we describe three IOMA-class NAbs, ACS101-103, with up to 37% breadth, that share many characteristics with IOMA, including an average-length CDRL3. Cryo-electron microscopy revealed that ACS101 shares interactions with those observed with other VH1-2 and VH1-46-class bNAbs, but exhibits a unique binding mode to residues in loop D. Analysis of longitudinal sequences from the patient suggests that a transmitter/founder-virus lacking the N276 glycan might have initiated the development of these NAbs. Together these data strengthen the rationale for germline-targeting vaccination strategies to induce IOMA-class bNAbs and provide a wealth of sequence and structural information to support such strategies.
履歴
登録2022年3月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月10日-
マップ公開2022年8月10日-
更新2022年8月17日-
現状2022年8月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14474.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14474.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS101 and ACS124 (main map)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.15 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.37285718 - 0.8603995
平均 (標準偏差)0.00021460386 (±0.029345945)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 345.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_14474_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS101 and ACS124 (main map)

ファイルemd_14474_additional_1.map
注釈AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS101 and ACS124 (main map)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS101 and ACS124 (half map A)

ファイルemd_14474_additional_2.map
注釈AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS101 and ACS124 (half map A)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS101 and ACS124

全体名称: AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS101 and ACS124
要素
  • 複合体: AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS101 and ACS124
    • 複合体: AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS101 and ACS124
      • タンパク質・ペプチド: AMC009 SOSIPv5.2 envelope glycoprotein gp120
      • タンパク質・ペプチド: AMC009 SOSIP.v5.2 envelope glycoprotein gp41
    • 複合体: AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS101 and ACS124
      • タンパク質・ペプチド: ACS124 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: ACS124 light chain
      • タンパク質・ペプチド: ACS101 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: ACS101 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS101 and ACS124

超分子名称: AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS101 and ACS124
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
分子量理論値: 17 kDa/nm

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超分子 #2: AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS101 and ACS124

超分子名称: AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS101 and ACS124
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS101 and ACS124

超分子名称: AMC009 SOSIPv5.2 in complex with Fabs ACS101 and ACS124
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: AMC009 SOSIPv5.2 envelope glycoprotein gp120

分子名称: AMC009 SOSIPv5.2 envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 54.145488 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ARADKLWVTV YYGVPVWKEA TTTLFCASDA KAYDTEVRNV WATHCCVPTD PNPQEVVLEN VTENFNMWKN DMVEQMHEDI ISLWDQSLK PCVKLTPLCV TLNCTDYVGN ATNASTTNAT GGIGGTVERG EIKNCSFNIT TSIRDKVQKE YALFYKLDIV P IDNDNTNN ...文字列:
ARADKLWVTV YYGVPVWKEA TTTLFCASDA KAYDTEVRNV WATHCCVPTD PNPQEVVLEN VTENFNMWKN DMVEQMHEDI ISLWDQSLK PCVKLTPLCV TLNCTDYVGN ATNASTTNAT GGIGGTVERG EIKNCSFNIT TSIRDKVQKE YALFYKLDIV P IDNDNTNN SYRLINCNTS VIKQACPKVS FEPIPIHYCA PAGFAILKCN DKKFNGTGPC TNVSTVQCTH GIRPVVSTQL LL NGSLAEK EVVIRSQNFT NNAKVIIVQL NESVVINCTR PNNNTRKSIH IAPGRWFYTT GAIIGDIRQA HCNISRVKWN NTL KQIATK LREQFKNKTI AFNQSSGGDP EIVMHSFNCG GEFFYCNTTQ LFNSTWNDTE VSNYNDITHI TLPCRIKQII NMWQ KVGKA MYAPPIRGQI RCSSNITGLL LTRDGGSNEN KTSETETFRP AGGDMRDNWR SELYKYKVVK IEPLGVAPTK CKRRV VQ

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分子 #2: AMC009 SOSIP.v5.2 envelope glycoprotein gp41

分子名称: AMC009 SOSIP.v5.2 envelope glycoprotein gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.423865 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGAIGAVFL GFLGAAGSTM GAASMTLTVQ ARQLLSGIVQ QQNNLLRAPE CQQHMLKLTV WGIKQLQARV LAVERYLRDQ QLLGIWGCS GKLICCTAVP WNNSWSNRSL DMIWNNMTWI EWEREIDNYT GLIYNLLEES QNQQEKNEQE LLELD

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分子 #3: ACS124 heavy chain

分子名称: ACS124 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.892636 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLLESGPG LVKPSETLSL TCTVSGVPIS RHYWNWIRQS PGKGLEWIGY IFFNGNANYN PSLKSRVTIS VDMSKNQFSL TLRSVTAAD TAVYYCVREK SIAEEDNMVR WFDPWGQGTL VTVSS

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分子 #4: ACS124 light chain

分子名称: ACS124 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.67387 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
SYELTQPPSV SVAPGKTARI TCGGNNLGTK SVHWYQQKPG QAPVNVIYYD SDRPSGIPER FSGSKSGNTA TLTISRVEAG DEADYYCQV WDSSRDQCVF GIGTKVTVL

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分子 #5: ACS101 heavy chain

分子名称: ACS101 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.147723 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLLESGAE VKKPGASVRV SCEASGYTFT KYFIHWVRQA PGHGLEWIGW INTLTSGVNY ARNFQGRLTL TRDLSTETVY MDLRNLKSD DTAVYYCARG GRGYDEPWGA YTWLDPWGQG SLVTVSS

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分子 #6: ACS101 light chain

分子名称: ACS101 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.51382 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
VTSYELTQPA SVSGSPGQSI TISCTGSSIG SYDLVSWYQQ YPGKAPKVII FEVSKRPSGV SHRFSGSKSG NTAALTISGL QVEDEAIYH CYSYDDMIIF GGGTRLTVL

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分子 #11: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 21 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 49.0 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6vo3

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3) / 使用した粒子像数: 95062
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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