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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11805 | |||||||||
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タイトル | Structure of Wild-type Human Potassium Chloride Transporter KCC3 in NaCl (MSP E3D1) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Defective SLC12A6 causes agenesis of the corpus callosum, with peripheral neuropathy (ACCPN) / ammonium import across plasma membrane / potassium ion transmembrane transporter activity / potassium:chloride symporter activity / Cation-coupled Chloride cotransporters / chloride ion homeostasis / cellular hypotonic response / ammonium channel activity / cellular hypotonic salinity response / potassium ion homeostasis ...Defective SLC12A6 causes agenesis of the corpus callosum, with peripheral neuropathy (ACCPN) / ammonium import across plasma membrane / potassium ion transmembrane transporter activity / potassium:chloride symporter activity / Cation-coupled Chloride cotransporters / chloride ion homeostasis / cellular hypotonic response / ammonium channel activity / cellular hypotonic salinity response / potassium ion homeostasis / cell volume homeostasis / potassium ion import across plasma membrane / monoatomic ion transport / potassium ion transmembrane transport / chloride transmembrane transport / cellular response to glucose stimulus / chemical synaptic transmission / basolateral plasma membrane / 血管新生 / 神経繊維 / シナプス / protein kinase binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.47 Å | |||||||||
データ登録者 | Chi G / Man H / Pike ACW / Wang D / McKinley G / Mukhopadhyay SMM / MacLean EM / Chalk R / Moreau C / Snee M ...Chi G / Man H / Pike ACW / Wang D / McKinley G / Mukhopadhyay SMM / MacLean EM / Chalk R / Moreau C / Snee M / Abrusci P / Arrowsmith CH / Bountra C / Edwards AM / Marsden BD / Burgess-Brown NA / Duerr KL | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2021 タイトル: Phospho-regulation, nucleotide binding and ion access control in potassium-chloride cotransporters. 著者: Gamma Chi / Rebecca Ebenhoch / Henry Man / Haiping Tang / Laurence E Tremblay / Gabriella Reggiano / Xingyu Qiu / Tina Bohstedt / Idlir Liko / Fernando G Almeida / Alexandre P Garneau / Dong ...著者: Gamma Chi / Rebecca Ebenhoch / Henry Man / Haiping Tang / Laurence E Tremblay / Gabriella Reggiano / Xingyu Qiu / Tina Bohstedt / Idlir Liko / Fernando G Almeida / Alexandre P Garneau / Dong Wang / Gavin McKinley / Christophe P Moreau / Kiran D Bountra / Patrizia Abrusci / Shubhashish M M Mukhopadhyay / Alejandra Fernandez-Cid / Samira Slimani / Julie L Lavoie / Nicola A Burgess-Brown / Ben Tehan / Frank DiMaio / Ali Jazayeri / Paul Isenring / Carol V Robinson / Katharina L Dürr / 要旨: Potassium-coupled chloride transporters (KCCs) play crucial roles in regulating cell volume and intracellular chloride concentration. They are characteristically inhibited under isotonic conditions ...Potassium-coupled chloride transporters (KCCs) play crucial roles in regulating cell volume and intracellular chloride concentration. They are characteristically inhibited under isotonic conditions via phospho-regulatory sites located within the cytoplasmic termini. Decreased inhibitory phosphorylation in response to hypotonic cell swelling stimulates transport activity, and dysfunction of this regulatory process has been associated with various human diseases. Here, we present cryo-EM structures of human KCC3b and KCC1, revealing structural determinants for phospho-regulation in both N- and C-termini. We show that phospho-mimetic KCC3b is arrested in an inward-facing state in which intracellular ion access is blocked by extensive contacts with the N-terminus. In another mutant with increased isotonic transport activity, KCC1Δ19, this interdomain interaction is absent, likely due to a unique phospho-regulatory site in the KCC1 N-terminus. Furthermore, we map additional phosphorylation sites as well as a previously unknown ATP/ADP-binding pocket in the large C-terminal domain and show enhanced thermal stabilization of other CCCs by adenine nucleotides. These findings provide fundamentally new insights into the complex regulation of KCCs and may unlock innovative strategies for drug development. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11805.map.gz | 117.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11805-v30.xml emd-11805.xml | 15.6 KB 15.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11805_fsc.xml | 15.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11805.png | 134.6 KB | ||
マスクデータ | emd_11805_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_11805_half_map_1.map.gz emd_11805_half_map_2.map.gz | 116.1 MB 116.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11805 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11805 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11805.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_11805_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_11805_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_11805_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Homodimeric membrane protein complex
全体 | 名称: Homodimeric membrane protein complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Homodimeric membrane protein complex
超分子 | 名称: Homodimeric membrane protein complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 240 KDa |
-分子 #1: Human potassium chloride transporter KCC3
分子 | 名称: Human potassium chloride transporter KCC3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MPHFTVTKVE DPEEGAAASI SQEPSLADIK ARIQDSDEPD LSQNSITGEH SQLLDDGHKK ARNAYLNNS NYEEGDEYFD KNLALFEEEM DTRPKVSSLL NRMANYTNLT QGAKEHEEAE N ITEGKKKP TKTPQMGTFM GVYLPCLQNI FGVILFLRLT WVVGTAGVLQ ...文字列: MPHFTVTKVE DPEEGAAASI SQEPSLADIK ARIQDSDEPD LSQNSITGEH SQLLDDGHKK ARNAYLNNS NYEEGDEYFD KNLALFEEEM DTRPKVSSLL NRMANYTNLT QGAKEHEEAE N ITEGKKKP TKTPQMGTFM GVYLPCLQNI FGVILFLRLT WVVGTAGVLQ AFAIVLICCC CT MLTAISM SAIATNGVVP AGGSYFMISR ALGPEFGGAV GLCFYLGTTF AAAMYILGAI EIF LVYIVP RAAIFHSDDA LKESAAMLNN MRVYGTAFLV LMVLVVFIGV RYVNKFASLF LACV IVSIL AIYAGAIKSS FAPPHFPVCM LGNRTLSSRH IDVCSKTKEI NNMTVPSKLW GFFCN SSQF FNATCDEYFV HNNVTSIQGI PGLASGIITE NLWSNYLPKG EIIEKPSAKS SDVLGS LNH EYVLVDITTS FTLLVGIFFP SVTGIMAGSN RSGDLKDAQK SIPIGTILAI LTTSFVY LS NVVLFGACIE GVVLRDKFGD AVKGNLVVGT LSWPSPWVIV IGSFFSTCGA GLQSLTGA P RLLQAIAKDN IIPFLRVFGH SKANGEPTWA LLLTAAIAEL GILIASLDLV APILSMFFL MCYLFVNLAC ALQTLLRTPN WRPRFRYYHW ALSFMGMSIC LALMFISSWY YAIVAMVIAG MIYKYIEYQ GAEKEWGDGI RGLSLSAARF ALLRLEEGPP HTKNWRPQLL VLLKLDEDLH V KHPRLLTF ASQLKAGKGL TIVGSVIVGN FLENYGEALA AEQTIKHLME AEKVKGFCQL VV AAKLREG ISHLIQSCGL GGMKHNTVVM GWPNGWRQSE DARAWKTFIG TVRVTTAAHL ALL VAKNIS FFPSNVEQFS EGNIDVWWIV HDGGMLMLLP FLLKQHKVWR KCSIRIFTVA QLED NSIQM KKDLATFLYH LRIEAEVEVV EMHDSDISAY TYERTLMMEQ RSQMLRHMRL SKTER DREA QLVKDRNSML RLTSIGSDED EETETYQEKV HMTWTKDKYM ASRGQKAKSM EGFQDL LNM RPDQSNVRRM HTAVKLNEVI VNKSHEAKLV LLNMPGPPRN PEGDENYMEF LEVLTEG LE RVLLVRGGGS EVITIYS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 2362 / 平均電子線量: 52.5 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |