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- EMDB-10703: Structure of Human Potassium Chloride Transporter KCC3 S45D/T940D... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10703
タイトルStructure of Human Potassium Chloride Transporter KCC3 S45D/T940D/T997D in NaCl
マップデータ
試料
  • 複合体: Homodimeric complex of human potassium chloride transporter
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 12 member 6
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective SLC12A6 causes agenesis of the corpus callosum, with peripheral neuropathy (ACCPN) / ammonium import across plasma membrane / potassium ion transmembrane transporter activity / potassium:chloride symporter activity / Cation-coupled Chloride cotransporters / chloride ion homeostasis / cellular hypotonic response / ammonium channel activity / cellular hypotonic salinity response / potassium ion homeostasis ...Defective SLC12A6 causes agenesis of the corpus callosum, with peripheral neuropathy (ACCPN) / ammonium import across plasma membrane / potassium ion transmembrane transporter activity / potassium:chloride symporter activity / Cation-coupled Chloride cotransporters / chloride ion homeostasis / cellular hypotonic response / ammonium channel activity / cellular hypotonic salinity response / potassium ion homeostasis / cell volume homeostasis / potassium ion import across plasma membrane / monoatomic ion transport / potassium ion transmembrane transport / chloride transmembrane transport / cellular response to glucose stimulus / chemical synaptic transmission / basolateral plasma membrane / 血管新生 / 神経繊維 / シナプス / protein kinase binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
K/Cl co-transporter / SLC12A transporter family / SLC12A transporter, C-terminal / Solute carrier family 12 / Amino acid permease/ SLC12A domain / Amino acid permease
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier family 12 member 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.76 Å
データ登録者Chi G / Man H / Ebenhoch R / Reggiano G / Pike ACW / Wang D / McKinley G / Mukhopadhyay SMM / MacLean B / Chalk R ...Chi G / Man H / Ebenhoch R / Reggiano G / Pike ACW / Wang D / McKinley G / Mukhopadhyay SMM / MacLean B / Chalk R / Moreau C / Snee M / Bohstedt T / Singh NK / Abrusci P / Arrowsmith CH / Bountra C / Edwards AM / Marsden BD / Burgess-Brown NA / DiMaio F / Duerr KL / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
European Commission115766 英国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structure of Human Potassium Chloride Transporter KCC3 in NaCl
著者: Chi G / Man H / Ebenhoch R / Reggiano G / Pike ACW / Wang D / McKinley G / Mukhopadhyay SMM / Chalk R / Moreau C / Snee M / Bohstedt T / Singh NK / Abrusci P / Arrowsmith CH / Bountra C / ...著者: Chi G / Man H / Ebenhoch R / Reggiano G / Pike ACW / Wang D / McKinley G / Mukhopadhyay SMM / Chalk R / Moreau C / Snee M / Bohstedt T / Singh NK / Abrusci P / Arrowsmith CH / Bountra C / Edwards AM / Marsden BD / Burgess-Brown NA / DiMaio F / Duerr KL / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2020年2月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年3月11日-
マップ公開2020年3月11日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6y5r
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10703.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10703.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.651 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.020708172 - 0.042289127
平均 (標準偏差)0.0000602144 (±0.0012882311)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 286.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.6510.6510.651
M x/y/z440440440
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z286.440286.440286.440
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-200-200-200
NX/NY/NZ401401401
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS440440440
D min/max/mean-0.0210.0420.000

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_10703_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_10703_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homodimeric complex of human potassium chloride transporter

全体名称: Homodimeric complex of human potassium chloride transporter
要素
  • 複合体: Homodimeric complex of human potassium chloride transporter
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier family 12 member 6
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Homodimeric complex of human potassium chloride transporter

超分子名称: Homodimeric complex of human potassium chloride transporter
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 246 KDa

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分子 #1: Solute carrier family 12 member 6

分子名称: Solute carrier family 12 member 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Sugar molecules from glycosylation post-translational modifications (NAG, BMA) present.
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 122.273344 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPHFTVTKVE DPEEGAAASI SQEPSLADIK ARIQDSDEPD LSQNDITGEH SQLLDDGHKK ARNAYLNNSN YEEGDEYFDK NLALFEEEM DTRPKVSSLL NRMANYTNLT QGAKEHEEAE NITEGKKKPT KTPQMGTFMG VYLPCLQNIF GVILFLRLTW V VGTAGVLQ ...文字列:
MPHFTVTKVE DPEEGAAASI SQEPSLADIK ARIQDSDEPD LSQNDITGEH SQLLDDGHKK ARNAYLNNSN YEEGDEYFDK NLALFEEEM DTRPKVSSLL NRMANYTNLT QGAKEHEEAE NITEGKKKPT KTPQMGTFMG VYLPCLQNIF GVILFLRLTW V VGTAGVLQ AFAIVLICCC CTMLTAISMS AIATNGVVPA GGSYFMISRA LGPEFGGAVG LCFYLGTTFA AAMYILGAIE IF LVYIVPR AAIFHSDDAL KESAAMLNNM RVYGTAFLVL MVLVVFIGVR YVNKFASLFL ACVIVSILAI YAGAIKSSFA PPH FPVCML GNRTLSSRHI DVCSKTKEIN NMTVPSKLWG FFCNSSQFFN ATCDEYFVHN NVTSIQGIPG LASGIITENL WSNY LPKGE IIEKPSAKSS DVLGSLNHEY VLVDITTSFT LLVGIFFPSV TGIMAGSNRS GDLKDAQKSI PIGTILAILT TSFVY LSNV VLFGACIEGV VLRDKFGDAV KGNLVVGTLS WPSPWVIVIG SFFSTCGAGL QSLTGAPRLL QAIAKDNIIP FLRVFG HSK ANGEPTWALL LTAAIAELGI LIASLDLVAP ILSMFFLMCY LFVNLACALQ TLLRTPNWRP RFRYYHWALS FMGMSIC LA LMFISSWYYA IVAMVIAGMI YKYIEYQGAE KEWGDGIRGL SLSAARFALL RLEEGPPHTK NWRPQLLVLL KLDEDLHV K HPRLLTFASQ LKAGKGLTIV GSVIVGNFLE NYGEALAAEQ TIKHLMEAEK VKGFCQLVVA AKLREGISHL IQSCGLGGM KHNTVVMGWP NGWRQSEDAR AWKTFIGTVR VTTAAHLALL VAKNISFFPS NVEQFSEGNI DVWWIVHDGG MLMLLPFLLK QHKVWRKCS IRIFTVAQLE DNSIQMKKDL ATFLYHLRIE AEVEVVEMHD SDISAYTYER DLMMEQRSQM LRHMRLSKTE R DREAQLVK DRNSMLRLTS IGSDEDEETE TYQEKVHMDW TKDKYMASRG QKAKSMEGFQ DLLNMRPDQS NVRRMHTAVK LN EVIVNKS HEAKLVLLNM PGPPRNPEGD ENYMEFLEVL TEGLERVLLV RGGGSEVITI YS

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度6.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 2 second blotting time, 40 second waiting time, -15 blotting force.
詳細This sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
温度最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 16472 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.16)
初期モデルモデルのタイプ: NONE
詳細: map was built ab initio using Relion 3.0.8's initial model program
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) / 使用した粒子像数: 920574
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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