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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0776 | |||||||||
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タイトル | Structure of the African swine fever virus major capsid protein p72 | |||||||||
マップデータ | sharpened map | |||||||||
試料 |
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キーワード | capsid protein (カプシド) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | Major capsid protein, C-terminal / Major capsid protein, C-terminal domain superfamily / Large eukaryotic DNA virus major capsid protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / カプシド / structural molecule activity / B646L 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.67 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu Q / Xiang Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2019 タイトル: Structure of the African swine fever virus major capsid protein p72. 著者: Qi Liu / Bingting Ma / Nianchao Qian / Fan Zhang / Xu Tan / Jianlin Lei / Ye Xiang / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0776.map.gz | 4.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0776-v30.xml emd-0776.xml | 17.1 KB 17.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0776_fsc.xml | 8.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0776.png | 77.8 KB | ||
マスクデータ | emd_0776_msk_1.map | 52.7 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-0776.cif.gz | 5.7 KB | ||
その他 | emd_0776_additional.map.gz emd_0776_additional_1.map.gz emd_0776_half_map_1.map.gz emd_0776_half_map_2.map.gz | 40.6 MB 40.6 MB 40.7 MB 40.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0776 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0776 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0776.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.091 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_0776_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: unsharpened map
ファイル | emd_0776_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: unsharpened map
ファイル | emd_0776_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map
ファイル | emd_0776_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map
ファイル | emd_0776_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : p72
全体 | 名称: p72 |
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要素 |
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-超分子 #1: p72
超分子 | 名称: p72 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) |
分子量 | 理論値: 730 KDa |
-分子 #1: B646L
分子 | 名称: B646L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) |
分子量 | 理論値: 78.930531 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MHHHHHHHHH HGSDYKDHDG DYKDHDIDYK DDDDKELENL YFQGAGSMAS GGAFCLIAND GKADKIILAQ DLLNSRISNI KNVNKSYGK PDPEPTLSQI EETHLVHFNA HFKPYVPVGF EYNKVRPHTG TPTLGNKLTF GIPQYGDFFH DMVGHHILGA C HSSWQDAP ...文字列: MHHHHHHHHH HGSDYKDHDG DYKDHDIDYK DDDDKELENL YFQGAGSMAS GGAFCLIAND GKADKIILAQ DLLNSRISNI KNVNKSYGK PDPEPTLSQI EETHLVHFNA HFKPYVPVGF EYNKVRPHTG TPTLGNKLTF GIPQYGDFFH DMVGHHILGA C HSSWQDAP IQGTSQMGAH GQLQTFPRNG YDWDNQTPLE GAVYTLVDPF GRPIVPGTKN AYRNLVYYCE YPGERLYENV RF DVNGNSL DEYSSDVTTL VRKFCIPGDK MTGYKHLVGQ EVSVEGTSGP LLCNIHDLHK PHQSKPILTD ENDTQRTCSH TNP KFLSQH FPENSHNIQT AGKQDITPIT DATYLDIRRN VHYSCNGPQT PKYYQPPLAL WIKLRFWFNE NVNLAIPSVS IPFG ERFIT IKLASQKDLV NEFPGLFVRQ SRFIAGRPSR RNIRFKPWFI PGVINEISLT NNELYINNLF VTPEIHNLFV KRVRF SLIR VHKTQVTHTN NNHHDEKLMS ALKWPIEYMF IGLKPTWNIS DQNPHQHRDW HKFGHVVNAI MQPTHHAEIS FQDRDT ALP DACSSISDIS PVTYPITLPI IKNISVTAHG INLIDKFPSK FCSSYIPFHY GGNAIKTPDD PGAMMITFAL KPREEYQ PS GHINVSRARE FYISWDTDYV GSITTADLVV SASAINFLLL QNGSAVLRYS T UniProtKB: B646L |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot 4.5s. |
詳細 | GraFix sample |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-6ku9: |