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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8k5p | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of yeast Rat1-bound Pol II pre-termination transcription complex 2 (Pol II Rat1-PTTC2) | |||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Transcription termination / Pol II / Rat1/Rai1 Spt5 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase II termination complex / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / sno(s)RNA processing / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / RNA NAD+-cap (NAD+-forming) hydrolase activity / Las1 complex / termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / phosphodiesterase decapping endonuclease activity ...RNA polymerase II termination complex / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / sno(s)RNA processing / positive regulation of termination of RNA polymerase II transcription / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase I / RNA NAD+-cap (NAD+-forming) hydrolase activity / Las1 complex / termination of RNA polymerase II transcription, poly(A)-coupled / regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / phosphodiesterase decapping endonuclease activity / deadenylation-independent decapping of nuclear-transcribed mRNA / termination of RNA polymerase II transcription, exosome-dependent / mRNA 5'-diphosphatase activity / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / NAD-cap decapping / 5'-3' RNA exonuclease activity / regulation of rRNA processing / RNA polymerase I core binding / intracellular mRNA localization / DSIF complex / snRNP binding / nucleic acid metabolic process / nuclear mRNA surveillance / RNA polymerase I general transcription initiation factor binding / RPB4-RPB7 complex / : / U4 snRNA binding / maturation of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / RNA Polymerase I Transcription Initiation / : / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / cleavage in ITS2 between 5.8S rRNA and LSU-rRNA of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / transcription elongation-coupled chromatin remodeling / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / termination of RNA polymerase II transcription / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase I Promoter Escape / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / spliceosomal complex assembly / Dual incision in TC-NER / RNA polymerase II complex binding / RNA polymerase III activity / RNA polymerase I activity / termination of RNA polymerase I transcription / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / positive regulation of translational initiation / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II activity / U5 snRNA binding / DNA修復 / RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I / RNA polymerase III complex / transcription by RNA polymerase III / enzyme regulator activity / RNA polymerase II, core complex / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / positive regulation of autophagy / translation initiation factor binding / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / U1 snRNA binding / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / DNA-templated transcription initiation / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / ribonucleoside binding / 転写後修飾 / rRNA processing / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ペルオキシソーム / ポリメラーゼ / cytoplasmic stress granule / リボソーム生合成 / single-stranded DNA binding / 染色体 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Zeng, Y. / Zhang, Y. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2024 タイトル: Structural basis of exoribonuclease-mediated mRNA transcription termination. 著者: Yuan Zeng / Hong-Wei Zhang / Xiao-Xian Wu / Yu Zhang / 要旨: Efficient termination is required for robust gene transcription. Eukaryotic organisms use a conserved exoribonuclease-mediated mechanism to terminate the mRNA transcription by RNA polymerase II ...Efficient termination is required for robust gene transcription. Eukaryotic organisms use a conserved exoribonuclease-mediated mechanism to terminate the mRNA transcription by RNA polymerase II (Pol II). Here we report two cryogenic electron microscopy structures of Saccharomyces cerevisiae Pol II pre-termination transcription complexes bound to the 5'-to-3' exoribonuclease Rat1 and its partner Rai1. Our structures show that Rat1 displaces the elongation factor Spt5 to dock at the Pol II stalk domain. Rat1 shields the RNA exit channel of Pol II, guides the nascent RNA towards its active centre and stacks three nucleotides at the 5' terminus of the nascent RNA. The structures further show that Rat1 rotates towards Pol II as it shortens RNA. Our results provide the structural mechanism for the Rat1-mediated termination of mRNA transcription by Pol II in yeast and the exoribonuclease-mediated termination of mRNA transcription in other eukaryotes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8k5p.cif.gz | 1.1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8k5p.ent.gz | 866.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8k5p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/8k5p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/8k5p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 36908MC 8jchC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase II subunit ... , 7種, 7分子 ABCIKDG
#1: タンパク質 | 分子量: 191821.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P04050, ポリメラーゼ |
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#2: タンパク質 | 分子量: 143336.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Residues (1225B-1259B) are an affinity tag(containing a TEV-6xHis-3xFlag tag) we modified in the genome of target strain for convenient protein purification. 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: S288c / 遺伝子: RPB2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P08518, ポリメラーゼ |
#3: タンパク質 | 分子量: 35330.457 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P16370 |
#7: タンパク質 | 分子量: 14308.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P27999 |
#9: タンパク質 | 分子量: 13633.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P38902 |
#15: タンパク質 | 分子量: 25451.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P20433 |
#16: タンパク質 | 分子量: 19081.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P34087 |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 5種, 5分子 EFHJL
#4: タンパク質 | 分子量: 25117.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P20434 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 17931.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P20435 |
#6: タンパク質 | 分子量: 16525.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P20436 |
#8: タンパク質 | 分子量: 8290.732 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: S288c / 参照: UniProt: P22139 |
#10: タンパク質 | 分子量: 7729.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 参照: UniProt: P40422 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 NT
#11: DNA鎖 | 分子量: 14935.569 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#13: DNA鎖 | 分子量: 14633.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 P
#12: RNA鎖 | 分子量: 6446.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-タンパク質 , 3種, 3分子 WMO
#14: タンパク質 | 分子量: 116758.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: SPT5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P27692 |
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#17: タンパク質 | 分子量: 117606.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: S288c / 遺伝子: RAT1, HKE1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q02792, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ |
#18: タンパク質 | 分子量: 44571.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: S288c / 遺伝子: RAI1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P53063, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 |
-非ポリマー , 2種, 11分子
#19: 化合物 | ChemComp-ZN / #20: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: RNA Polymerase II pre-termination complex bound with Rat1-Rai1 and Spt5(PTC2) タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#18 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株: BL21(DE3) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 0.01 mm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 265756 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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