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万見
- PDB-6v4j: Structure of TrkH-TrkA in complex with ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v4j
タイトルStructure of TrkH-TrkA in complex with ATP
要素
  • Potassium uptake protein TrkA
  • Trk system potassium uptake protein TrkH
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Ion channel (イオンチャネル)
機能・相同性
機能・相同性情報


potassium ion transmembrane transporter activity / potassium:chloride symporter activity / potassium ion binding / potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / nucleotide binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Potassium uptake protein TrkA / TrkH potassium transport family / Cation transporter / Cation transport protein / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / RCK N-terminal domain profile. / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain ...Potassium uptake protein TrkA / TrkH potassium transport family / Cation transporter / Cation transport protein / Regulator of K+ conductance, N-terminal / TrkA-N domain / RCK N-terminal domain profile. / Regulator of K+ conductance, C-terminal / Regulator of K+ conductance, C-terminal domain superfamily / TrkA-C domain / RCK C-terminal domain profile. / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Trk system potassium uptake protein TrkA / Trk system potassium uptake protein TrkH
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Zhou, M. / Zhang, H.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL086392 米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK122784 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: TrkA undergoes a tetramer-to-dimer conversion to open TrkH which enables changes in membrane potential.
著者: Hanzhi Zhang / Yaping Pan / Liya Hu / M Ashley Hudson / Katrina S Hofstetter / Zhichun Xu / Mingqiang Rong / Zhao Wang / B V Venkataram Prasad / Steve W Lockless / Wah Chiu / Ming Zhou /
要旨: TrkH is a bacterial ion channel implicated in K uptake and pH regulation. TrkH assembles with its regulatory protein, TrkA, which closes the channel when bound to ADP and opens it when bound to ATP. ...TrkH is a bacterial ion channel implicated in K uptake and pH regulation. TrkH assembles with its regulatory protein, TrkA, which closes the channel when bound to ADP and opens it when bound to ATP. However, it is unknown how nucleotides control the gating of TrkH through TrkA. Here we report the structures of the TrkH-TrkA complex in the presence of ADP or ATP. TrkA forms a tetrameric ring when bound to ADP and constrains TrkH to a closed conformation. The TrkA ring splits into two TrkA dimers in the presence of ATP and releases the constraints on TrkH, resulting in an open channel conformation. Functional studies show that both the tetramer-to-dimer conversion of TrkA and the loss of constraints on TrkH are required for channel gating. In addition, deletion of TrkA in Escherichia coli depolarizes the cell, suggesting that the TrkH-TrkA complex couples changes in intracellular nucleotides to membrane potential.
履歴
登録2019年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-21041
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trk system potassium uptake protein TrkH
B: Trk system potassium uptake protein TrkH
C: Trk system potassium uptake protein TrkH
D: Trk system potassium uptake protein TrkH
E: Potassium uptake protein TrkA
F: Potassium uptake protein TrkA
G: Potassium uptake protein TrkA
H: Potassium uptake protein TrkA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)413,1908
ポリマ－413,1908
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area10700 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area150260 Å2

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要素

#1: タンパク質
Trk system potassium uptake protein TrkH / TrkH


分子量: 53104.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6 (strain RIMD 2210633) (腸炎ビブリオ)
株: RIMD 2210633 / 遺伝子: trkH, VP0032 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q87TN7
#2: タンパク質
Potassium uptake protein TrkA / TrkA


分子量: 50193.086 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus serotype O3:K6 (strain RIMD 2210633) (腸炎ビブリオ)
株: RIMD 2210633 / 遺伝子: VP3045 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q87KD2

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TrkH-TrkA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633 (腸炎ビブリオ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: unspecified
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: JEOL 3200FSC
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 80 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.11.1_2575: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: SerialEM / カテゴリ: 画像取得
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 72317 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0117983
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.79924443
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.14810343
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0982927
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0132991

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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