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- EMDB-9045: Yeast 26S proteasome bound to ubiquitinated substrate (4D motor state) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9045
タイトルYeast 26S proteasome bound to ubiquitinated substrate (4D motor state)
マップデータYeast 26S proteasome bound to ubiquitinated substrate (4D motor state)
試料
  • 複合体: Substrate-engaged 26S proteasome in the 4D state
    • 複合体: Proteasomeプロテアソーム
      • タンパク質・ペプチド: x 23種
    • 複合体: substrate
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 2種
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxisome fission / proteasome storage granule assembly / proteasome regulatory particle assembly / nonfunctional rRNA decay / mitotic cell cycle phase transition / cytosolic proteasome complex / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / proteasome-activating activity / protein-containing complex localization / mitochondrial fission ...peroxisome fission / proteasome storage granule assembly / proteasome regulatory particle assembly / nonfunctional rRNA decay / mitotic cell cycle phase transition / cytosolic proteasome complex / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / proteasome-activating activity / protein-containing complex localization / mitochondrial fission / proteasome regulatory particle, base subcomplex / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ub-specific processing proteases / peptide catabolic process / proteasome binding / protein deubiquitination / proteasome storage granule / endopeptidase activator activity / ribosomal large subunit export from nucleus / proteasome assembly / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / threonine-type endopeptidase activity / : / Neutrophil degranulation / proteasome complex / proteasomal protein catabolic process / nucleotide-excision repair / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / modification-dependent protein catabolic process / ribosomal large subunit assembly / protein tag activity / positive regulation of protein catabolic process / metallopeptidase activity / リボソーム生合成 / cytoplasmic translation / cytosolic large ribosomal subunit / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / クロマチンリモデリング / 細胞分裂 / protein domain specific binding / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / ATP hydrolysis activity / ミトコンドリア / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / サイクリン / : / 26S proteasome regulatory subunit 7, OB domain / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain ...: / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / サイクリン / : / 26S proteasome regulatory subunit 7, OB domain / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / Proteasomal ATPase OB C-terminal domain / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / MPN domain / MPN domain profile. / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / ユビキチン様タンパク質 / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
G2/mitotic-specific cyclin-B / Ubiquitin-ribosomal protein eL40A fusion protein / Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 ...G2/mitotic-specific cyclin-B / Ubiquitin-ribosomal protein eL40A fusion protein / Probable proteasome subunit alpha type-7 / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit beta type-7 / Proteasome subunit alpha type-5 / 26S proteasome regulatory subunit 6A / 26S proteasome regulatory subunit 6B homolog / 26S proteasome regulatory subunit 7 homolog / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit alpha type-4 / 26S proteasome regulatory subunit 4 homolog / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11 / 26S proteasome subunit RPT4 / 26S proteasome regulatory subunit 8 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / Homo sapiens (ヒト) / Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.17 Å
データ登録者de la Pena AH / Goodall EA / Gates SN / Lander GC / Martin A
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM094497 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)DP2-EB020402 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Substrate-engaged 26 proteasome structures reveal mechanisms for ATP-hydrolysis-driven translocation.
著者: Andres H de la Peña / Ellen A Goodall / Stephanie N Gates / Gabriel C Lander / Andreas Martin /
要旨: The 26 proteasome is the primary eukaryotic degradation machine and thus is critically involved in numerous cellular processes. The heterohexameric adenosine triphosphatase (ATPase) motor of the ...The 26 proteasome is the primary eukaryotic degradation machine and thus is critically involved in numerous cellular processes. The heterohexameric adenosine triphosphatase (ATPase) motor of the proteasome unfolds and translocates targeted protein substrates into the open gate of a proteolytic core while a proteasomal deubiquitinase concomitantly removes substrate-attached ubiquitin chains. However, the mechanisms by which ATP hydrolysis drives the conformational changes responsible for these processes have remained elusive. Here we present the cryo-electron microscopy structures of four distinct conformational states of the actively ATP-hydrolyzing, substrate-engaged 26 proteasome. These structures reveal how mechanical substrate translocation accelerates deubiquitination and how ATP-binding, -hydrolysis, and phosphate-release events are coordinated within the AAA+ (ATPases associated with diverse cellular activities) motor to induce conformational changes and propel the substrate through the central pore.
履歴
登録2018年8月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月17日-
マップ公開2018年10月17日-
更新2020年1月8日-
現状2020年1月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • 表面レベル: 0.045
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  • 原子モデル: PDB-6ef3
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  • 原子モデルPDB-6ef3
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9045.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9045.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Yeast 26S proteasome bound to ubiquitinated substrate (4D motor state)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.045 / ムービー #1: 0.045
最小 - 最大0 - 0.22217602
平均 (標準偏差)0.001485774 (±0.008148518)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 350.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.031.031.03
M x/y/z340340340
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z350.200350.200350.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS340340340
D min/max/mean0.0000.2220.001

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添付データ

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マスク #1

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追加マップ: Beta ring (half 2)

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注釈Motor (sharpened)
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追加マップ: Motor (half 1)

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追加マップ: Motor (half 2)

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注釈Motor (half 2)
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追加マップ: Global (half 1)

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追加マップ: Global (half 2)

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追加マップ: Rpn11 (sharpened)

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注釈Rpn11 (sharpened)
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追加マップ: Rpn11 (half 1)

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注釈Rpn11 (half 1)
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追加マップ: Rpn11 (half 2)

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注釈Rpn11 (half 2)
投影像・断面図
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密度ヒストグラム

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追加マップ: N-ring (sharpened)

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注釈N-ring (sharpened)
投影像・断面図
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追加マップ: N-ring (half 1)

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注釈N-ring (half 1)
投影像・断面図
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密度ヒストグラム

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追加マップ: N-ring (half 2)

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注釈N-ring (half 2)
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試料の構成要素

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全体 : Substrate-engaged 26S proteasome in the 4D state

全体名称: Substrate-engaged 26S proteasome in the 4D state
要素
  • 複合体: Substrate-engaged 26S proteasome in the 4D state
    • 複合体: Proteasomeプロテアソーム
      • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-1PSMB1
      • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-2PSMB2
      • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-3PSMB3
      • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-4PSMB4
      • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-5PSMB5
      • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-6プロテアソーム
      • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-7プロテアソーム
      • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-1プロテアソーム
      • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-2プロテアソーム
      • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-3プロテアソーム
      • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-4プロテアソーム
      • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-5プロテアソーム
      • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit alpha type-6プロテアソーム
      • タンパク質・ペプチド: Probable proteasome subunit alpha type-7
      • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome regulatory subunit 7 homolog
      • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome regulatory subunit 4 homolog
      • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome regulatory subunit 8 homolog
      • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome regulatory subunit 6B homolog
      • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome subunit RPT4プロテアソーム
      • タンパク質・ペプチド: 26S proteasome regulatory subunit 6A
      • タンパク質・ペプチド: Proteasome subunit beta type-7プロテアソーム
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11
      • タンパク質・ペプチド: Model substrate polypeptide
    • 複合体: substrate
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: Substrate-engaged 26S proteasome in the 4D state

超分子名称: Substrate-engaged 26S proteasome in the 4D state / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#24
詳細: Yeast 26S proteasome bound to ubiquitinated substrate in the presence of ATP

+
超分子 #2: Proteasome

超分子名称: Proteasome / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#23
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)

+
超分子 #3: substrate

超分子名称: substrate / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #24
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換株: BL21

+
分子 #1: Proteasome subunit beta type-1

分子名称: Proteasome subunit beta type-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 23.573604 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MNGIQVDINR LKKGEVSLGT SIMAVTFKDG VILGADSRTT TGAYIANRVT DKLTRVHDKI WCCRSGSAAD TQAIADIVQY HLELYTSQY GTPSTETAAS VFKELCYENK DNLTAGIIVA GYDDKNKGEV YTIPLGGSVH KLPYAIAGSG STFIYGYCDK N FRENMSKE ...文字列:
MNGIQVDINR LKKGEVSLGT SIMAVTFKDG VILGADSRTT TGAYIANRVT DKLTRVHDKI WCCRSGSAAD TQAIADIVQY HLELYTSQY GTPSTETAAS VFKELCYENK DNLTAGIIVA GYDDKNKGEV YTIPLGGSVH KLPYAIAGSG STFIYGYCDK N FRENMSKE ETVDFIKHSL SQAIKWDGSS GGVIRMVVLT AAGVERLIFY PDEYEQL

+
分子 #2: Proteasome subunit beta type-2

分子名称: Proteasome subunit beta type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 28.299889 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MAGLSFDNYQ RNNFLAENSH TQPKATSTGT TIVGVKFNNG VVIAADTRST QGPIVADKNC AKLHRISPKI WCAGAGTAAD TEAVTQLIG SNIELHSLYT SREPRVVSAL QMLKQHLFKY QGHIGAYLIV AGVDPTGSHL FSIHAHGSTD VGYYLSLGSG S LAAMAVLE ...文字列:
MAGLSFDNYQ RNNFLAENSH TQPKATSTGT TIVGVKFNNG VVIAADTRST QGPIVADKNC AKLHRISPKI WCAGAGTAAD TEAVTQLIG SNIELHSLYT SREPRVVSAL QMLKQHLFKY QGHIGAYLIV AGVDPTGSHL FSIHAHGSTD VGYYLSLGSG S LAAMAVLE SHWKQDLTKE EAIKLASDAI QAGIWNDLGS GSNVDVCVME IGKDAEYLRN YLTPNVREEK QKSYKFPRGT TA VLKESIV NICDIQEEQV DITA

+
分子 #3: Proteasome subunit beta type-3

分子名称: Proteasome subunit beta type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 22.627842 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MSDPSSINGG IVVAMTGKDC VAIACDLRLG SQSLGVSNKF EKIFHYGHVF LGITGLATDV TTLNEMFRYK TNLYKLKEER AIEPETFTQ LVSSSLYERR FGPYFVGPVV AGINSKSGKP FIAGFDLIGC IDEAKDFIVS GTASDQLFGM CESLYEPNLE P EDLFETIS ...文字列:
MSDPSSINGG IVVAMTGKDC VAIACDLRLG SQSLGVSNKF EKIFHYGHVF LGITGLATDV TTLNEMFRYK TNLYKLKEER AIEPETFTQ LVSSSLYERR FGPYFVGPVV AGINSKSGKP FIAGFDLIGC IDEAKDFIVS GTASDQLFGM CESLYEPNLE P EDLFETIS QALLNAADRD ALSGWGAVVY IIKKDEVVKR YLKMRQD

+
分子 #4: Proteasome subunit beta type-4

分子名称: Proteasome subunit beta type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 22.545676 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MDIILGIRVQ DSVILASSKA VTRGISVLKD SDDKTRQLSP HTLMSFAGEA GDTVQFAEYI QANIQLYSIR EDYELSPQAV SSFVRQELA KSIRSRRPYQ VNVLIGGYDK KKNKPELYQI DYLGTKVELP YGAHGYSGFY TFSLLDHHYR PDMTTEEGLD L LKLCVQEL ...文字列:
MDIILGIRVQ DSVILASSKA VTRGISVLKD SDDKTRQLSP HTLMSFAGEA GDTVQFAEYI QANIQLYSIR EDYELSPQAV SSFVRQELA KSIRSRRPYQ VNVLIGGYDK KKNKPELYQI DYLGTKVELP YGAHGYSGFY TFSLLDHHYR PDMTTEEGLD L LKLCVQEL EKRMPMDFKG VIVKIVDKDG IRQVDDFQAQ

+
分子 #5: Proteasome subunit beta type-5

分子名称: Proteasome subunit beta type-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 31.670539 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MQAIADSFSV PNRLVKELQY DNEQNLESDF VTGASQFQRL APSLTVPPIA SPQQFLRAHT DDSRNPDCKI KIAHGTTTLA FRFQGGIIV AVDSRATAGN WVASQTVKKV IEINPFLLGT MAGGAADCQF WETWLGSQCR LHELREKERI SVAAASKILS N LVYQYKGA ...文字列:
MQAIADSFSV PNRLVKELQY DNEQNLESDF VTGASQFQRL APSLTVPPIA SPQQFLRAHT DDSRNPDCKI KIAHGTTTLA FRFQGGIIV AVDSRATAGN WVASQTVKKV IEINPFLLGT MAGGAADCQF WETWLGSQCR LHELREKERI SVAAASKILS N LVYQYKGA GLSMGTMICG YTRKEGPTIY YVDSDGTRLK GDIFCVGSGQ TFAYGVLDSN YKWDLSVEDA LYLGKRSILA AA HRDAYSG GSVNLYHVTE DGWIYHGNHD VGELFWKVKE EEGSFNNVIG

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分子 #6: Proteasome subunit beta type-6

分子名称: Proteasome subunit beta type-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 26.905076 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MATIASEYSS EASNTPIEHQ FNPYGDNGGT ILGIAGEDFA VLAGDTRNIT DYSINSRYEP KVFDCGDNIV MSANGFAADG DALVKRFKN SVKWYHFDHN DKKLSINSAA RNIQHLLYGK RFFPYYVHTI IAGLDEDGKG AVYSFDPVGS YEREQCRAGG A AASLIMPF ...文字列:
MATIASEYSS EASNTPIEHQ FNPYGDNGGT ILGIAGEDFA VLAGDTRNIT DYSINSRYEP KVFDCGDNIV MSANGFAADG DALVKRFKN SVKWYHFDHN DKKLSINSAA RNIQHLLYGK RFFPYYVHTI IAGLDEDGKG AVYSFDPVGS YEREQCRAGG A AASLIMPF LDNQVNFKNQ YEPGTNGKVK KPLKYLSVEE VIKLVRDSFT SATERHIQVG DGLEILIVTK DGVRKEFYEL KR D

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分子 #7: Proteasome subunit beta type-7

分子名称: Proteasome subunit beta type-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 29.471289 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MNHDPFSWGR PADSTYGAYN TQIANAGASP MVNTQQPIVT GTSVISMKYD NGVIIAADNL GSYGSLLRFN GVERLIPVGD NTVVGISGD ISDMQHIERL LKDLVTENAY DNPLADAEEA LEPSYIFEYL ATVMYQRRSK MNPLWNAIIV AGVQSNGDQF L RYVNLLGV ...文字列:
MNHDPFSWGR PADSTYGAYN TQIANAGASP MVNTQQPIVT GTSVISMKYD NGVIIAADNL GSYGSLLRFN GVERLIPVGD NTVVGISGD ISDMQHIERL LKDLVTENAY DNPLADAEEA LEPSYIFEYL ATVMYQRRSK MNPLWNAIIV AGVQSNGDQF L RYVNLLGV TYSSPTLATG FGAHMANPLL RKVVDRESDI PKTTVQVAEE AIVNAMRVLY YRDARSSRNF SLAIIDKNTG LT FKKNLQV ENMKWDFAKD IKGYGTQKI

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分子 #8: Proteasome subunit alpha type-1

分子名称: Proteasome subunit alpha type-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 28.03383 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MSGAAAASAA GYDRHITIFS PEGRLYQVEY AFKATNQTNI NSLAVRGKDC TVVISQKKVP DKLLDPTTVS YIFCISRTIG MVVNGPIPD ARNAALRAKA EAAEFRYKYG YDMPCDVLAK RMANLSQIYT QRAYMRPLGV ILTFVSVDEE LGPSIYKTDP A GYYVGYKA ...文字列:
MSGAAAASAA GYDRHITIFS PEGRLYQVEY AFKATNQTNI NSLAVRGKDC TVVISQKKVP DKLLDPTTVS YIFCISRTIG MVVNGPIPD ARNAALRAKA EAAEFRYKYG YDMPCDVLAK RMANLSQIYT QRAYMRPLGV ILTFVSVDEE LGPSIYKTDP A GYYVGYKA TATGPKQQEI TTNLENHFKK SKIDHINEES WEKVVEFAIT HMIDALGTEF SKNDLEVGVA TKDKFFTLSA EN IEERLVA IAEQD

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分子 #9: Proteasome subunit alpha type-2

分子名称: Proteasome subunit alpha type-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 27.191828 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MTDRYSFSLT TFSPSGKLGQ IDYALTAVKQ GVTSLGIKAT NGVVIATEKK SSSPLAMSET LSKVSLLTPD IGAVYSGMGP DYRVLVDKS RKVAHTSYKR IYGEYPPTKL LVSEVAKIMQ EATQSGGVRP FGVSLLIAGH DEFNGFSLYQ VDPSGSYFPW K ATAIGKGS ...文字列:
MTDRYSFSLT TFSPSGKLGQ IDYALTAVKQ GVTSLGIKAT NGVVIATEKK SSSPLAMSET LSKVSLLTPD IGAVYSGMGP DYRVLVDKS RKVAHTSYKR IYGEYPPTKL LVSEVAKIMQ EATQSGGVRP FGVSLLIAGH DEFNGFSLYQ VDPSGSYFPW K ATAIGKGS VAAKTFLEKR WNDELELEDA IHIALLTLKE SVEGEFNGDT IELAIIGDEN PDLLGYTGIP TDKGPRFRKL TS QEINDRL EAL

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分子 #10: Proteasome subunit alpha type-3

分子名称: Proteasome subunit alpha type-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 28.74823 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MGSRRYDSRT TIFSPEGRLY QVEYALESIS HAGTAIGIMA SDGIVLAAER KVTSTLLEQD TSTEKLYKLN DKIAVAVAGL TADAEILIN TARIHAQNYL KTYNEDIPVE ILVRRLSDIK QGYTQHGGLR PFGVSFIYAG YDDRYGYQLY TSNPSGNYTG W KAISVGAN ...文字列:
MGSRRYDSRT TIFSPEGRLY QVEYALESIS HAGTAIGIMA SDGIVLAAER KVTSTLLEQD TSTEKLYKLN DKIAVAVAGL TADAEILIN TARIHAQNYL KTYNEDIPVE ILVRRLSDIK QGYTQHGGLR PFGVSFIYAG YDDRYGYQLY TSNPSGNYTG W KAISVGAN TSAAQTLLQM DYKDDMKVDD AIELALKTLS KTTDSSALTY DRLEFATIRK GANDGEVYQK IFKPQEIKDI LV KTGITKK DEDEEADEDM K

+
分子 #11: Proteasome subunit alpha type-4

分子名称: Proteasome subunit alpha type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 28.478111 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MSGYDRALSI FSPDGHIFQV EYALEAVKRG TCAVGVKGKN CVVLGCERRS TLKLQDTRIT PSKVSKIDSH VVLSFSGLNA DSRILIEKA RVEAQSHRLT LEDPVTVEYL TRYVAGVQQR YTQSGGVRPF GVSTLIAGFD PRDDEPKLYQ TEPSGIYSSW S AQTIGRNS ...文字列:
MSGYDRALSI FSPDGHIFQV EYALEAVKRG TCAVGVKGKN CVVLGCERRS TLKLQDTRIT PSKVSKIDSH VVLSFSGLNA DSRILIEKA RVEAQSHRLT LEDPVTVEYL TRYVAGVQQR YTQSGGVRPF GVSTLIAGFD PRDDEPKLYQ TEPSGIYSSW S AQTIGRNS KTVREFLEKN YDRKEPPATV EECVKLTVRS LLEVVQTGAK NIEITVVKPD SDIVALSSEE INQYVTQIEQ EK QEQQEQD KKKKSNH

+
分子 #12: Proteasome subunit alpha type-5

分子名称: Proteasome subunit alpha type-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 28.649086 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MFLTRSEYDR GVSTFSPEGR LFQVEYSLEA IKLGSTAIGI ATKEGVVLGV EKRATSPLLE SDSIEKIVEI DRHIGCAMSG LTADARSMI EHARTAAVTH NLYYDEDINV ESLTQSVCDL ALRFGEGASG EERLMSRPFG VALLIAGHDA DDGYQLFHAE P SGTFYRYN ...文字列:
MFLTRSEYDR GVSTFSPEGR LFQVEYSLEA IKLGSTAIGI ATKEGVVLGV EKRATSPLLE SDSIEKIVEI DRHIGCAMSG LTADARSMI EHARTAAVTH NLYYDEDINV ESLTQSVCDL ALRFGEGASG EERLMSRPFG VALLIAGHDA DDGYQLFHAE P SGTFYRYN AKAIGSGSEG AQAELLNEWH SSLTLKEAEL LVLKILKQVM EEKLDENNAQ LSCITKQDGF KIYDNEKTAE LI KELKEKE AAESPEEADV EMS

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分子 #13: Proteasome subunit alpha type-6

分子名称: Proteasome subunit alpha type-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 25.634 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MFRNNYDGDT VTFSPTGRLF QVEYALEAIK QGSVTVGLRS NTHAVLVALK RNADELSSYQ KKIIKCDEHM GLSLAGLAPD ARVLSNYLR QQCNYSSLVF NRKLAVERAG HLLCDKAQKN TQSYGGRPYG VGLLIIGYDK SGAHLLEFQP SGNVTELYGT A IGARSQGA ...文字列:
MFRNNYDGDT VTFSPTGRLF QVEYALEAIK QGSVTVGLRS NTHAVLVALK RNADELSSYQ KKIIKCDEHM GLSLAGLAPD ARVLSNYLR QQCNYSSLVF NRKLAVERAG HLLCDKAQKN TQSYGGRPYG VGLLIIGYDK SGAHLLEFQP SGNVTELYGT A IGARSQGA KTYLERTLDT FIKIDGNPDE LIKAGVEAIS QSLRDESLTV DNLSIAIVGK DTPFTIYDGE AVAKYI

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分子 #14: Probable proteasome subunit alpha type-7

分子名称: Probable proteasome subunit alpha type-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: proteasome endopeptidase complex
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 31.575068 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MTSIGTGYDL SNSVFSPDGR NFQVEYAVKA VENGTTSIGI KCNDGVVFAV EKLITSKLLV PQKNVKIQVV DRHIGCVYSG LIPDGRHLV NRGREEAASF KKLYKTPIPI PAFADRLGQY VQAHTLYNSV RPFGVSTIFG GVDKNGAHLY MLEPSGSYWG Y KGAATGKG ...文字列:
MTSIGTGYDL SNSVFSPDGR NFQVEYAVKA VENGTTSIGI KCNDGVVFAV EKLITSKLLV PQKNVKIQVV DRHIGCVYSG LIPDGRHLV NRGREEAASF KKLYKTPIPI PAFADRLGQY VQAHTLYNSV RPFGVSTIFG GVDKNGAHLY MLEPSGSYWG Y KGAATGKG RQSAKAELEK LVDHHPEGLS AREAVKQAAK IIYLAHEDNK EKDFELEISW CSLSETNGLH KFVKGDLLQE AI DFAQKEI NGDDDEDEDD SDNVMSSDDE NAPVATNANA TTDQEGDIHL E

+
分子 #15: 26S proteasome regulatory subunit 7 homolog

分子名称: 26S proteasome regulatory subunit 7 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 52.054891 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MPPKEDWEKY KAPLEDDDKK PDDDKIVPLT EGDIQVLKSY GAAPYAAKLK QTENDLKDIE ARIKEKAGVK ESDTGLAPSH LWDIMGDRQ RLGEEHPLQV ARCTKIIKGN GESDETTTDN NNSGNSNSNS NQQSTDADED DEDAKYVINL KQIAKFVVGL G ERVSPTDI ...文字列:
MPPKEDWEKY KAPLEDDDKK PDDDKIVPLT EGDIQVLKSY GAAPYAAKLK QTENDLKDIE ARIKEKAGVK ESDTGLAPSH LWDIMGDRQ RLGEEHPLQV ARCTKIIKGN GESDETTTDN NNSGNSNSNS NQQSTDADED DEDAKYVINL KQIAKFVVGL G ERVSPTDI EEGMRVGVDR SKYNIELPLP PRIDPSVTMM TVEEKPDVTY SDVGGCKDQI EKLREVVELP LLSPERFATL GI DPPKGIL LYGPPGTGKT LCARAVANRT DATFIRVIGS ELVQKYVGEG ARMVRELFEM ARTKKACIIF FDEIDAVGGA RFD DGAGGD NEVQRTMLEL ITQLDGFDPR GNIKVMFATN RPNTLDPALL RPGRIDRKVE FSLPDLEGRA NIFRIHSKSM SVER GIRWE LISRLCPNST GAELRSVCTE AGMFAIRARR KVATEKDFLK AVDKVISGYK KFSSTSRYMQ YN

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分子 #16: 26S proteasome regulatory subunit 4 homolog

分子名称: 26S proteasome regulatory subunit 4 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 48.89816 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MGQGVSSGQD KKKKKGSNQK PKYEPPVQSK FGRKKRKGGP ATAEKLPNIY PSTRCKLKLL RMERIKDHLL LEEEFVSNSE ILKPFEKKQ EEEKKQLEEI RGNPLSIGTL EEIIDDDHAI VTSPTMPDYY VSILSFVDKE LLEPGCSVLL HHKTMSIVGV L QDDADPMV ...文字列:
MGQGVSSGQD KKKKKGSNQK PKYEPPVQSK FGRKKRKGGP ATAEKLPNIY PSTRCKLKLL RMERIKDHLL LEEEFVSNSE ILKPFEKKQ EEEKKQLEEI RGNPLSIGTL EEIIDDDHAI VTSPTMPDYY VSILSFVDKE LLEPGCSVLL HHKTMSIVGV L QDDADPMV SVMKMDKSPT ESYSDIGGLE SQIQEIKESV ELPLTHPELY EEMGIKPPKG VILYGAPGTG KTLLAKAVAN QT SATFLRI VGSELIQKYL GDGPRLCRQI FKVAGENAPS IVFIDEIDAI GTKRYDSNSG GEREIQRTML ELLNQLDGFD DRG DVKVIM ATNKIETLDP ALIRPGRIDR KILFENPDLS TKKKILGIHT SKMNLSEDVN LETLVTTKDD LSGADIQAMC TEAG LLALR ERRMQVTAED FKQAKERVMK NKVEENLEGL YL

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分子 #17: 26S proteasome regulatory subunit 8 homolog

分子名称: 26S proteasome regulatory subunit 8 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 45.342742 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MTAAVTSSNI VLETHESGIK PYFEQKIQET ELKIRSKTEN VRRLEAQRNA LNDKVRFIKD ELRLLQEPGS YVGEVIKIVS DKKVLVKVQ PEGKYIVDVA KDINVKDLKA SQRVCLRSDS YMLHKVLENK ADPLVSLMMV EKVPDSTYDM VGGLTKQIKE I KEVIELPV ...文字列:
MTAAVTSSNI VLETHESGIK PYFEQKIQET ELKIRSKTEN VRRLEAQRNA LNDKVRFIKD ELRLLQEPGS YVGEVIKIVS DKKVLVKVQ PEGKYIVDVA KDINVKDLKA SQRVCLRSDS YMLHKVLENK ADPLVSLMMV EKVPDSTYDM VGGLTKQIKE I KEVIELPV KHPELFESLG IAQPKGVILY GPPGTGKTLL ARAVAHHTDC KFIRVSGAEL VQKYIGEGSR MVRELFVMAR EH APSIIFM DEIDSIGSTR VEGSGGGDSE VQRTMLELLN QLDGFETSKN IKIIMATNRL DILDPALLRP GRIDRKIEFP PPS VAARAE ILRIHSRKMN LTRGINLRKV AEKMNGCSGA DVKGVCTEAG MYALRERRIH VTQEDFELAV GKVMNKNQET AISV AKLFK

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分子 #18: 26S proteasome regulatory subunit 6B homolog

分子名称: 26S proteasome regulatory subunit 6B homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 47.953676 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MEELGIVTPV EKAVEEKPAV KSYASLLAQL NGTVNNNSAL SNVNSDIYFK LKKLEKEYEL LTLQEDYIKD EQRHLKRELK RAQEEVKRI QSVPLVIGQF LEPIDQNTGI VSSTTGMSYV VRILSTLDRE LLKPSMSVAL HRHSNALVDI LPPDSDSSIS V MGENEKPD ...文字列:
MEELGIVTPV EKAVEEKPAV KSYASLLAQL NGTVNNNSAL SNVNSDIYFK LKKLEKEYEL LTLQEDYIKD EQRHLKRELK RAQEEVKRI QSVPLVIGQF LEPIDQNTGI VSSTTGMSYV VRILSTLDRE LLKPSMSVAL HRHSNALVDI LPPDSDSSIS V MGENEKPD VTYADVGGLD MQKQEIREAV ELPLVQADLY EQIGIDPPRG VLLYGPPGTG KTMLVKAVAN STKAAFIRVN GS EFVHKYL GEGPRMVRDV FRLARENAPS IIFIDEVDSI ATKRFDAQTG SDREVQRILI ELLTQMDGFD QSTNVKVIMA TNR ADTLDP ALLRPGRLDR KIEFPSLRDR RERRLIFGTI ASKMSLAPEA DLDSLIIRND SLSGAVIAAI MQEAGLRAVR KNRY VILQS DLEEAYATQV KTDNTVDKFD FYK

+
分子 #19: 26S proteasome subunit RPT4

分子名称: 26S proteasome subunit RPT4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 49.480137 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MSEEQDPLLA GLGETSGDNH TQQSHEQQPE QPQETEEHHE EEPSRVDPEQ EAHNKALNQF KRKLLEHRRY DDQLKQRRQN IRDLEKLYD KTENDIKALQ SIGQLIGEVM KELSEEKYIV KASSGPRYIV GVRNSVDRSK LKKGVRVTLD ITTLTIMRIL P RETDPLVY ...文字列:
MSEEQDPLLA GLGETSGDNH TQQSHEQQPE QPQETEEHHE EEPSRVDPEQ EAHNKALNQF KRKLLEHRRY DDQLKQRRQN IRDLEKLYD KTENDIKALQ SIGQLIGEVM KELSEEKYIV KASSGPRYIV GVRNSVDRSK LKKGVRVTLD ITTLTIMRIL P RETDPLVY NMTSFEQGEI TFDGIGGLTE QIRELREVIE LPLKNPEIFQ RVGIKPPKGV LLYGPPGTGK TLLAKAVAAT IG ANFIFSP ASGIVDKYIG ESARIIREMF AYAKEHEPCI IFMDEVDAIG GRRFSEGTSA DREIQRTLME LLTQMDGFDN LGQ TKIIMA TNRPDTLDPA LLRPGRLDRK VEIPLPNEAG RLEIFKIHTA KVKKTGEFDF EAAVKMSDGF NGADIRNCAT EAGF FAIRD DRDHINPDDL MKAVRKVAEV KKLEGTIEYQ KL

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分子 #20: 26S proteasome regulatory subunit 6A

分子名称: 26S proteasome regulatory subunit 6A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 48.315727 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MATLEELDAQ TLPGDDELDQ EILNLSTQEL QTRAKLLDNE IRIFRSELQR LSHENNVMLE KIKDNKEKIK NNRQLPYLVA NVVEVMDMN EIEDKENSES TTQGGNVNLD NTAVGKAAVV KTSSRQTVFL PMVGLVDPDK LKPNDLVGVN KDSYLILDTL P SEFDSRVK ...文字列:
MATLEELDAQ TLPGDDELDQ EILNLSTQEL QTRAKLLDNE IRIFRSELQR LSHENNVMLE KIKDNKEKIK NNRQLPYLVA NVVEVMDMN EIEDKENSES TTQGGNVNLD NTAVGKAAVV KTSSRQTVFL PMVGLVDPDK LKPNDLVGVN KDSYLILDTL P SEFDSRVK AMEVDEKPTE TYSDVGGLDK QIEELVEAIV LPMKRADKFK DMGIRAPKGA LMYGPPGTGK TLLARACAAQ TN ATFLKLA APQLVQMYIG EGAKLVRDAF ALAKEKAPTI IFIDELDAIG TKRFDSEKSG DREVQRTMLE LLNQLDGFSS DDR VKVLAA TNRVDVLDPA LLRSGRLDRK IEFPLPSEDS RAQILQIHSR KMTTDDDINW QELARSTDEF NGAQLKAVTV EAGM IALRN GQSSVKHEDF VEGISEVQAR KSKSVSFYA

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分子 #21: Proteasome subunit beta type-7

分子名称: Proteasome subunit beta type-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
分子量理論値: 1.789039 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列:
KWDFAKDIKG YGTQK

+
分子 #22: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11

分子名称: Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase RPN11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ubiquitinyl hydrolase 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 34.442281 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母)
配列文字列: MERLQRLMMN SKVGSADTGR DDTKETVYIS SIALLKMLKH GRAGVPMEVM GLMLGEFVDD YTVNVVDVFA MPQSGTGVSV EAVDDVFQA KMMDMLKQTG RDQMVVGWYH SHPGFGCWLS SVDVNTQKSF EQLNSRAVAV VVDPIQSVKG KVVIDAFRLI D TGALINNL ...文字列:
MERLQRLMMN SKVGSADTGR DDTKETVYIS SIALLKMLKH GRAGVPMEVM GLMLGEFVDD YTVNVVDVFA MPQSGTGVSV EAVDDVFQA KMMDMLKQTG RDQMVVGWYH SHPGFGCWLS SVDVNTQKSF EQLNSRAVAV VVDPIQSVKG KVVIDAFRLI D TGALINNL EPRQTTSNTG LLNKANIQAL IHGLNRHYYS LNIDYHKTAK ETKMLMNLHK EQWQSGLKMY DYEEKEESNL AA TKSMVKI AEQYSKRIEE EKELTEEELK TRYVGRQDPK KHLSETADET LENNIVSVLT AGVNSVAIK

+
分子 #23: Model substrate polypeptide

分子名称: Model substrate polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 4.068414 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
GGKHTFNNEN VSARLGGASI AVQAPAQPPP YSHHHHHH

+
分子 #24: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40

分子名称: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 14.583077 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli B (大腸菌)
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVESS DTIDNVKSKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRGGIIEP SLKALASKY NCDKSVCRKC YARLPPRATN CRKRKCGHTN QLRPKKKLK

+
分子 #25: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 4 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

+
分子 #26: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 2 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度25 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度名称
20.0 mMHEPES
25.0 mMNaCl塩化ナトリウム
25.0 mMKCl
10.0 mMMgCl2
1.0 mMTCEP
5.0 mMATPアデノシン三リン酸
0.05 % (w/v)Nonidet P-40
6.0 mMortho-phenanthroline
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: specimens were manually blotted with Whatman #1 filter paper.
詳細26S proteasomes were diluted to a concentration of 20 micromolar in a buffer with an ATP regeneration system, and 6 mM ortho-phenanthroline. This solution was mixed with an equal volume of 50 micromolar ubiquitinated model substrate

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: -3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: -1.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -1.0 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
詳細images were acquired in nanoprobe mode
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-25 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11656 / 平均露光時間: 6.25 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 579361
詳細: Particles were selected using the Relion template-based particle picker
CTF補正ソフトウェア: (名称: MotionCorr2 (ver. 2), RELION (ver. 2.1), CTFFIND (ver. 4), Gctf)
詳細: CTF correction was performed by Relion during reconstruction
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5mp9

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 48335
詳細Camera was operated in counting mode
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5mpc

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6ef3:
Yeast 26S proteasome bound to ubiquitinated substrate (4D motor state)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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