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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1atg | ||||||
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タイトル | AZOTOBACTER VINELANDII PERIPLASMIC MOLYBDATE-BINDING PROTEIN | ||||||
要素 | PERIPLASMIC MOLYBDATE-BINDING PROTEIN | ||||||
キーワード | BINDING PROTEIN (結合タンパク質) / MOLYBDATE (モリブデン酸塩) / TUNGSTATE / PERIPLASM (ペリプラズム) / ABC TRANSPORTER | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Azotobacter vinelandii (窒素固定) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / SINGLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT WITH ANOMALOUS SCATTERING / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Lawson, D.M. / Pau, R.N. / Williams, C.E.M. / Mitchenall, L.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 1998 タイトル: Ligand size is a major determinant of specificity in periplasmic oxyanion-binding proteins: the 1.2 A resolution crystal structure of Azotobacter vinelandii ModA. 著者: Lawson, D.M. / Williams, C.E. / Mitchenall, L.A. / Pau, R.N. #1: ジャーナル: J.Chem.Soc.,Dalton Trans. / 年: 1997 タイトル: Protein Ligands for Molybdate. Specificity and Charge Stabilisation at the Anion-Binding Sites of Periplasmic and Intracellular Molybdate-Binding Proteins of Azotobacter Vinelandii 著者: Lawson, D.M. / Williams, C.E.M. / White, D.J. / Choay, A.P. / Mitchenall, L.A. / Pau, R.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1atg.cif.gz | 65.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1atg.ent.gz | 47 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1atg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/1atg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/1atg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 24390.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Azotobacter vinelandii (窒素固定) / 細胞内の位置: PERIPLASMペリプラズム / 株: RP2 / 参照: UniProt: Q7SIH2 |
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-非ポリマー , 5種, 360分子
#2: 化合物 | ChemComp-WO4 / | ||
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#3: 化合物 | ChemComp-ACT / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | ||
#5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION WITH PROTEIN CONCENTRATION IN THE RANGE 10-15 MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.0. 1 OR 2 MICROLITER DROPS OF THE LATTER WERE MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF 11-14% (W/V) ...詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION WITH PROTEIN CONCENTRATION IN THE RANGE 10-15 MG/ML IN 10MM TRIS-HCL PH 7.0. 1 OR 2 MICROLITER DROPS OF THE LATTER WERE MIXED WITH AN EQUAL VOLUME OF 11-14% (W/V) PEG 4000 AND 0.4M AMMONIUM SULFATE IN 0.1M ACETATE BUFFER AT PH 4.0, AND THEN EQUILIBRATED AGAINST THIS SOLUTION AT 18 DEG C. CRYOPROTECTED USING THE SAME SOLUTION CONTAINING 25% (V/V) ETHYLENE GLYCOL., vapor diffusion - hanging drop, temperature 291K PH範囲: 4.0-7.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 18 ℃ / pH: 7 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9116 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9116 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→100 Å / Num. obs: 74061 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 12.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.161 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / % possible all: 99.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: SINGLE ISOMORPHOUS REPLACEMENT WITH ANOMALOUS SCATTERING 解像度: 1.2→40 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: LUZZATI ESD BASED ON TEST REFLECTIONS ONLY. PLANE RESTRAINT RMS BASED ON NON-AROMATIC PLANAR GROUPS ONLY.
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.13 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→40 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.164 / Rfactor Rfree: 0.18354 / Rfactor Rwork: 0.1644 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |