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タイトルTRPV3 activation by different agonists accompanied by lipid dissociation from the vanilloid site.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 10, Issue 18, Page eadn2453, Year 2024
掲載日2024年5月3日
著者Kirill D Nadezhdin / Arthur Neuberger / Lena S Khosrof / Irina A Talyzina / Jeffrey Khau / Maria V Yelshanskaya / Alexander I Sobolevsky /
PubMed 要旨TRPV3 represents both temperature- and ligand-activated transient receptor potential (TRP) channel. Physiologically relevant opening of TRPV3 channels by heat has been captured structurally, while ...TRPV3 represents both temperature- and ligand-activated transient receptor potential (TRP) channel. Physiologically relevant opening of TRPV3 channels by heat has been captured structurally, while opening by agonists has only been observed in structures of mutant channels. Here, we present cryo-EM structures that illuminate opening and inactivation of wild-type human TRPV3 in response to binding of two types of agonists: either the natural cannabinoid tetrahydrocannabivarin (THCV) or synthetic agonist 2-aminoethoxydiphenylborane (2-APB). We found that THCV binds to the vanilloid site, while 2-APB binds to the S1-S4 base and ARD-TMD linker sites. Despite binding to distally located sites, both agonists induce similar pore opening and cause dissociation of a lipid that occupies the vanilloid site in their absence. Our results uncover different but converging allosteric pathways through which small-molecule agonists activate TRPV3 and provide a framework for drug design and understanding the role of lipids in ion channel function.
リンクSci Adv / PubMed:38691614 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.46 - 3.68 Å
構造データ

42994

8v6k

EMDB-42994, PDB-8v6k:
Apo-state cryo-EM structure of human TRPV3 in cNW30 nanodiscs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.46 Å

42995

8v6l

EMDB-42995, PDB-8v6l:
Open-state cryo-EM structure of human TRPV3 in presence of tetrahydrocannabivarin (THCV) in cNW30 nanodiscs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.68 Å

42996

8v6m

EMDB-42996, PDB-8v6m:
Inactivated-state cryo-EM structure of human TRPV3 in presence of tetrahydrocannabivarin (THCV) in cNW30 nanodiscs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.63 Å

42997

8v6n

EMDB-42997, PDB-8v6n:
Open-state cryo-EM structure of human TRPV3 in presence of 2-APB in cNW30 nanodiscs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.59 Å

42998

8v6o

EMDB-42998, PDB-8v6o:
Inactivated-state cryo-EM structure of human TRPV3 in presence of 2-APB in cNW30 nanodiscs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.83 Å

化合物

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM / POホスファチジルコリン

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-I8E:
Tetrahydrocannabivarin / Δ9-テトラヒドロカンナビバリン

ChemComp-ACD:
ARACHIDONIC ACID / アラキドン酸 / アラキドン酸

ChemComp-FZ4:
2-aminoethyl diphenylborinate / 2-APB / ジフェニルボリン酸2-アミノエチル

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / transient receptor potential V family member 3 / TRP / channel / TRPV3 / TRP channels (TRPチャネル) / tetrahydrocannabivarin / THCV / 2-Aminoethoxydiphenylborane / 2-APB

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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