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Structure paper

タイトルMolecular basis for proofreading by the unique exonuclease domain of Family-D DNA polymerases.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 8306, Year 2023
掲載日2023年12月14日
著者Leonardo Betancurt-Anzola / Markel Martínez-Carranza / Marc Delarue / Kelly M Zatopek / Andrew F Gardner / Ludovic Sauguet /
PubMed 要旨Replicative DNA polymerases duplicate entire genomes at high fidelity. This feature is shared among the three domains of life and is facilitated by their dual polymerase and exonuclease activities. ...Replicative DNA polymerases duplicate entire genomes at high fidelity. This feature is shared among the three domains of life and is facilitated by their dual polymerase and exonuclease activities. Family D replicative DNA polymerases (PolD), found exclusively in Archaea, contain an unusual RNA polymerase-like catalytic core, and a unique Mre11-like proofreading active site. Here, we present cryo-EM structures of PolD trapped in a proofreading mode, revealing an unanticipated correction mechanism that extends the repertoire of protein domains known to be involved in DNA proofreading. Based on our experimental structures, mutants of PolD were designed and their contribution to mismatch bypass and exonuclease kinetics was determined. This study sheds light on the convergent evolution of structurally distinct families of DNA polymerases, and the domain acquisition and exchange mechanism that occurred during the evolution of the replisome in the three domains of life.
リンクNat Commun / PubMed:38097591 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.02 Å
構造データ

17815

8ppt

EMDB-17815, PDB-8ppt:
Pyrococcus abyssi DNA polymerase D (PolD) in its editing mode bound to a primer/template substrate containing a mismatch
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

17816

8ppu

EMDB-17816, PDB-8ppu:
Pyrococcus abyssi DNA polymerase D (PolD) in its editing mode bound to a primer/template substrate containing three consecutive mismatches
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.02 Å

17817

8ppv

EMDB-17817, PDB-8ppv:
Intermediate conformer of Pyrococcus abyssi DNA polymerase D (PolD) bound to a primer/template substrate containing three consecutive mismatches
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.02 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • pyrococcus abyssi ge5 (古細菌)
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / Polymerase (ポリメラーゼ) / DNA (デオキシリボ核酸) / Replication (DNA複製) / PolD / Archaea (古細菌) / Editing (編集) / Proofreading (校正) / Exonuclease (エキソヌクレアーゼ) / Nuclease (ヌクレアーゼ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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