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タイトルStructural insight into selectivity of amylin and calcitonin receptor agonists.
ジャーナル・号・ページNat Chem Biol, Vol. 20, Issue 2, Page 162-169, Year 2024
掲載日2023年8月3日
著者Jianjun Cao / Matthew J Belousoff / Elliot Gerrard / Radostin Danev / Madeleine M Fletcher / Emma Dal Maso / Herman Schreuder / Katrin Lorenz / Andreas Evers / Garima Tiwari / Melissa Besenius / Ziyu Li / Rachel M Johnson / Denise Wootten / Patrick M Sexton /
PubMed 要旨Amylin receptors (AMYRs), heterodimers of the calcitonin receptor (CTR) and one of three receptor activity-modifying proteins, are promising obesity targets. A hallmark of AMYR activation by Amy is ...Amylin receptors (AMYRs), heterodimers of the calcitonin receptor (CTR) and one of three receptor activity-modifying proteins, are promising obesity targets. A hallmark of AMYR activation by Amy is the formation of a 'bypass' secondary structural motif (residues S19-P25). This study explored potential tuning of peptide selectivity through modification to residues 19-22, resulting in a selective AMYR agonist, San385, as well as nonselective dual amylin and calcitonin receptor agonists (DACRAs), with San45 being an exemplar. We determined the structure and dynamics of San385-bound AMYR, and San45 bound to AMYR or CTR. San45, via its conjugated lipid at position 21, was anchored at the edge of the receptor bundle, enabling a stable, alternative binding mode when bound to the CTR, in addition to the bypass mode of binding to AMYR. Targeted lipid modification may provide a single intervention strategy for design of long-acting, nonselective, Amy-based DACRAs with potential anti-obesity effects.
リンクNat Chem Biol / PubMed:37537379
手法EM (単粒子)
解像度1.9 - 2.2 Å
構造データ

28758

8f0j

EMDB-28758, PDB-8f0j:
Calcitonin Receptor in complex with Gs and Pramlintide analogue peptide San45
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.0 Å

28759

8f0k

EMDB-28759, PDB-8f0k:
Human Amylin3 Receptor in complex with Gs and Pramlintide analogue peptide San385
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.9 Å

28810

8f2a

EMDB-28810, PDB-8f2a:
Human Amylin3 Receptor in complex with Gs and Pramlintide analogue peptide San385 (Cluster 5 conformation)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.2 Å

28812

8f2b

EMDB-28812, PDB-8f2b:
Amylin 3 Receptor in complex with Gs and Pramlintide analogue peptide San45
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.0 Å

化合物

ChemComp-D6M:
N-hexadecanoyl-L-glutamic acid / N-ヘキサデカノイル-L-グルタミン酸

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM / ホスファチジルエタノールアミン

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸 / パルミチン酸

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

ChemComp-P42:
(2S)-2-{[(1R)-1-hydroxyhexadecyl]oxy}-3-{[(1R)-1-hydroxyoctadecyl]oxy}propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / SPPC, リン脂質*YM

ChemComp-HOH:
WATER / 水

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • lama glama (ラマ)
キーワードSIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / calcitonin receptor / dual amylin and calcitonin receptor agonists / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / amylin receptor / receptor activity-modifying protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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