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タイトルCryo-EM structures of the translocational binary toxin complex CDTa-bound CDTb-pore from Clostridioides difficile.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 6119, Year 2022
掲載日2022年10月17日
著者Akihiro Kawamoto / Tomohito Yamada / Toru Yoshida / Yusui Sato / Takayuki Kato / Hideaki Tsuge /
PubMed 要旨Some bacteria express a binary toxin translocation system, consisting of an enzymatic subunit and translocation pore, that delivers enzymes into host cells through endocytosis. The most clinically ...Some bacteria express a binary toxin translocation system, consisting of an enzymatic subunit and translocation pore, that delivers enzymes into host cells through endocytosis. The most clinically important bacterium with such a system is Clostridioides difficile (formerly Clostridium). The CDTa and CDTb proteins from its system represent important therapeutic targets. CDTb has been proposed to be a di-heptamer, but its physiological heptameric structure has not yet been reported. Here, we report the cryo-EM structure of CDTa bound to the CDTb-pore, which reveals that CDTa binding induces partial unfolding and tilting of the first CDTa α-helix. In the CDTb-pore, an NSS-loop exists in 'in' and 'out' conformations, suggesting its involvement in substrate translocation. Finally, 3D variability analysis revealed CDTa movements from a folded to an unfolded state. These dynamic structural information provide insights into drug design against hypervirulent C. difficile strains.
リンクNat Commun / PubMed:36253419 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.56 - 3.19 Å
構造データ

32041

7vnj

EMDB-32041, PDB-7vnj:
Complex structure of Clostridioides difficile enzymatic component (CDTa) and binding component (CDTb) pore with short stem
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.56 Å

32043

7vnn

EMDB-32043, PDB-7vnn:
Complex structure of Clostridioides difficile enzymatic component (CDTa) and binding component (CDTb) pore with long stem
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.64 Å

EMDB-33188: Complex map of Clostridioides difficile enzymatic component (CDTa) and binding component (CDTb) di-heptamer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.19 Å

34136

7yvq

EMDB-34136, PDB-7yvq:
Complex structure of Clostridioides difficile binary toxin folded CDTa-bound CDTb-pore (short).
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

34137

7yvs

EMDB-34137, PDB-7yvs:
Complex structure of Clostridioides difficile binary toxin unfolded CDTa-bound CDTb-pore (short).
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

由来
  • clostridioides difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル)
キーワードTOXIN (毒素) / Complex / Translocation / Oligomer (オリゴマー) / Unfoldase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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