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タイトルStructural insights into vesicular monoamine storage and drug interactions.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 629, Issue 8010, Page 235-243, Year 2024
掲載日2024年3月18日
著者Jin Ye / Huaping Chen / Kaituo Wang / Yi Wang / Aaron Ammerman / Samjhana Awasthi / Jinbin Xu / Bin Liu / Weikai Li /
PubMed 要旨Biogenic monoamines-vital transmitters orchestrating neurological, endocrinal and immunological functions-are stored in secretory vesicles by vesicular monoamine transporters (VMATs) for controlled ...Biogenic monoamines-vital transmitters orchestrating neurological, endocrinal and immunological functions-are stored in secretory vesicles by vesicular monoamine transporters (VMATs) for controlled quantal release. Harnessing proton antiport, VMATs enrich monoamines around 10,000-fold and sequester neurotoxicants to protect neurons. VMATs are targeted by an arsenal of therapeutic drugs and imaging agents to treat and monitor neurodegenerative disorders, hypertension and drug addiction. However, the structural mechanisms underlying these actions remain unclear. Here we report eight cryo-electron microscopy structures of human VMAT1 in unbound form and in complex with four monoamines (dopamine, noradrenaline, serotonin and histamine), the Parkinsonism-inducing MPP, the psychostimulant amphetamine and the antihypertensive drug reserpine. Reserpine binding captures a cytoplasmic-open conformation, whereas the other structures show a lumenal-open conformation stabilized by extensive gating interactions. The favoured transition to this lumenal-open state contributes to monoamine accumulation, while protonation facilitates the cytoplasmic-open transition and concurrently prevents monoamine binding to avoid unintended depletion. Monoamines and neurotoxicants share a binding pocket that possesses polar sites for specificity and a wrist-and-fist shape for versatility. Variations in this pocket explain substrate preferences across the SLC18 family. Overall, these structural insights and supporting functional studies elucidate the mechanism of vesicular monoamine transport and provide the basis to develop therapeutics for neurodegenerative diseases and substance abuse.
リンクNature / PubMed:38499039 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 3.7 Å
構造データ

EMDB-41235, PDB-8tgg:
VMAT1 dimer with MPP+ and reserpine
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-41236, PDB-8tgh:
VMAT1 dimer with amphetamine and reserpine
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-41237, PDB-8tgi:
VMAT1 dimer with dopamine and reserpine
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-41238, PDB-8tgj:
VMAT1 dimer in unbound form and with reserpine
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-41239, PDB-8tgk:
VMAT1 dimer with histamine and reserpine
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-41240, PDB-8tgl:
VMAT1 dimer with norepinephrine and reserpine
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-41241, PDB-8tgm:
VMAT1 dimer with reserpine
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-41242, PDB-8tgn:
VMAT1 dimer with serotonin and reserpine
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

化合物

ChemComp-WRF:
1-methyl-4-phenylpyridin-1-ium / MPP+

ChemComp-YHR:
reserpine / レセルピン

ChemComp-1WE:
(2S)-1-phenylpropan-2-amine / d-アンフェタミン / デキストロアンフェタミン

ChemComp-LDP:
L-DOPAMINE / ド-パミン / 薬剤*YM / Dopamine (medication)

ChemComp-HSM:
HISTAMINE / ヒスタミン / 神経伝達物質, ホルモン*YM / ヒスタミン

ChemComp-LNR:
L-NOREPINEPHRINE / ノルアドレナリン / 神経伝達物質, ホルモン*YM / ノルアドレナリン

ChemComp-SRO:
SEROTONIN / セロトニン / 神経伝達物質*YM / セロトニン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / VMAT / SLC18 / vascular monoamine transporter / monoamines / neurotransmitters / MPP+ / amphetamine / dopamine (ドーパミン) / reserpine / histamine (ヒスタミン) / norepinephrine (ノルアドレナリン) / serotonin (セロトニン)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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