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タイトルParkinson's disease kinase LRRK2 coordinates a cell-intrinsic itaconate-dependent defence pathway against intracellular Salmonella.
ジャーナル・号・ページNat Microbiol, Vol. 8, Issue 10, Page 1880-1895, Year 2023
掲載日2023年8月28日
著者Huan Lian / Donghyun Park / Meixin Chen / Florian Schueder / Maria Lara-Tejero / Jun Liu / Jorge E Galán /
PubMed 要旨Cell-intrinsic defences constitute the first line of defence against intracellular pathogens. The guanosine triphosphatase RAB32 orchestrates one such defence response against the bacterial pathogen ...Cell-intrinsic defences constitute the first line of defence against intracellular pathogens. The guanosine triphosphatase RAB32 orchestrates one such defence response against the bacterial pathogen Salmonella, through delivery of antimicrobial itaconate. Here we show that the Parkinson's disease-associated leucine-rich repeat kinase 2 (LRRK2) orchestrates this defence response by scaffolding a complex between RAB32 and aconitate decarboxylase 1, which synthesizes itaconate from mitochondrial precursors. Itaconate delivery to Salmonella-containing vacuoles was impaired and Salmonella replication increased in LRRK2-deficient cells. Loss of LRRK2 also restored virulence of a Salmonella mutant defective in neutralizing this RAB32-dependent host defence pathway in mice. Cryo-electron tomography revealed tether formation between Salmonella-containing vacuoles and host mitochondria upon Salmonella infection, which was significantly impaired in LRRK2-deficient cells. This positions LRRK2 centrally within a host defence mechanism, which may have favoured selection of a common familial Parkinson's disease mutant allele in the human population.
リンクNat Microbiol / PubMed:37640963 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度19.0 - 25.0 Å
構造データ

EMDB-41046: Subtomogram average structure of the injectisome
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-41047: Intermembrane Tether between SCV and Mitochondria
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 19.0 Å

由来
  • Salmonella enterica (サルモネラ菌)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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