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タイトルFocusing antibody responses to the fusion peptide in rhesus macaques.
ジャーナル・号・ページbioRxiv, Year 2023
掲載日2023年6月27日
著者Christopher A Cottrell / Payal P Pratap / Kimberly M Cirelli / Diane G Carnathan / Chiamaka A Enemuo / Aleksandar Antanasijevic / Gabriel Ozorowski / Leigh M Sewall / Hongmei Gao / Kelli M Greene / Joel D Allen / Julia T Ngo / Yury Choe / Bartek Nogal / Murillo Silva / Jinal Bhiman / Matthias Pauthner / Darrell J Irvine / David Montefiori / Max Crispin / Dennis R Burton / Guido Silvestri / Shane Crotty / Andrew B Ward /
PubMed 要旨Immunodominance of antibodies targeting non-neutralizing epitopes and the high level of somatic hypermutation within germinal centers (GCs) required for most HIV broadly neutralizing antibodies ...Immunodominance of antibodies targeting non-neutralizing epitopes and the high level of somatic hypermutation within germinal centers (GCs) required for most HIV broadly neutralizing antibodies (bnAbs) are major impediments to the development of an effective HIV vaccine. Rational protein vaccine design and non-conventional immunization strategies are potential avenues to overcome these hurdles. Here, we report using implantable osmotic pumps to continuously deliver a series of epitope-targeted immunogens to rhesus macaques over the course of six months to elicit immune responses against the conserved fusion peptide. Antibody specificities and GC responses were tracked longitudinally using electron microscopy polyclonal epitope mapping (EMPEM) and lymph node fine-needle aspirates, respectively. Application of cryoEMPEM delineated key residues for on-target and off-target responses that can drive the next round of structure-based vaccine design.
リンクbioRxiv / PubMed:37425865 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.37 - 4.5 Å
構造データ

EMDB-40803: BG505 Boost2 SOSIP.664 in complex with NHP polyclonal antibody FP2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-40804: BG505 Boost2 SOSIP.664 in complex with NHP Polyclonal Antibody FP4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-40805: BG505 Boost 2 in complex with NHP antibody V1V2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-40806: BG505 Boost 2 in complex with NHP Polyclonal Antibody N625
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-40807: BG505 Boost2 SOSIP.664 in complex with NHP polyclonal antibody Base1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-40808: Boost 2 SOSIP.664 in complex with NHP polyclonal antibody Base2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.32 Å

EMDB-40809: BG505 Boost2 SOSIP.664 in complex with NHP polyclonal antibody Base3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.17 Å

40810

8sw7

EMDB-40810, PDB-8sw7:
BG505 Boost2 SOSIP.664 in complex with NHP polyclonal antibody FP1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.37 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • Unspecified (未定義)
  • macaca mulatta (アカゲザル)
キーワードVIRAL PROTEIN/Immune System (ウイルス性) / HIV-1 / Env / NHP / Antibody (抗体) / Fusion Peptide (膜融合タンパク質) / Polyclonal / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / VIRAL PROTEIN-Immune System complex (ウイルス性)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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