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タイトルCryo-EM structures of the plant anion channel SLAC1 from Arabidopsis thaliana suggest a combined activation model.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 7345, Year 2023
掲載日2023年11月14日
著者Yeongmok Lee / Hyeon Seong Jeong / Seoyeon Jung / Junmo Hwang / Chi Truc Han Le / Sung-Hoon Jun / Eun Jo Du / KyeongJin Kang / Beom-Gi Kim / Hyun-Ho Lim / Sangho Lee /
PubMed 要旨The anion channel SLAC1 functions as a crucial effector in the ABA signaling, leading to stomata closure. SLAC1 is activated by phosphorylation in its intracellular domains. Both a binding-activation ...The anion channel SLAC1 functions as a crucial effector in the ABA signaling, leading to stomata closure. SLAC1 is activated by phosphorylation in its intracellular domains. Both a binding-activation model and an inhibition-release model for activation have been proposed based on only the closed structures of SLAC1, rendering the structure-based activation mechanism controversial. Here we report cryo-EM structures of Arabidopsis SLAC1 WT and its phosphomimetic mutants in open and closed states. Comparison of the open structure with the closed ones reveals the structural basis for opening of the conductance pore. Multiple phosphorylation of an intracellular domain (ICD) causes dissociation of ICD from the transmembrane domain. A conserved, positively-charged sequence motif in the intracellular loop 2 (ICL2) seems to be capable of sensing of the negatively charged phosphorylated ICD. Interactions between ICL2 and ICD drive drastic conformational changes, thereby widening the pore. From our results we propose that SLAC1 operates by a mechanism combining the binding-activation and inhibition-release models.
リンクNat Commun / PubMed:37963863 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 3.84 Å
構造データ

34303

8gw6

EMDB-34303, PDB-8gw6:
AtSLAC1 6D mutant in closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

34304

8gw7

EMDB-34304, PDB-8gw7:
AtSLAC1 6D mutant in open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

35904

8j0j

EMDB-35904, PDB-8j0j:
AtSLAC1 8D mutant in closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

35920

8j1e

EMDB-35920, PDB-8j1e:
AtSLAC1 in open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.84 Å

化合物

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド / 塩化物

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

由来
  • arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
  • aequorea victoria (オワンクラゲ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Stomatal closure / anion channel (イオンチャネル) / phosphorylation-dependent activation

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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