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Structure paper

タイトルTarget RNA activates the protease activity of Craspase to confer antiviral defense.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 82, Issue 23, Page 4503-44518.e8, Year 2022
掲載日2022年12月1日
著者Xi Liu / Laixing Zhang / Hao Wang / Yu Xiu / Ling Huang / Zhengyu Gao / Ningning Li / Feixue Li / Weijia Xiong / Teng Gao / Yi Zhang / Maojun Yang / Yue Feng /
PubMed 要旨In the type III-E CRISPR-Cas system, a Cas effector (gRAMP) is associated with a TPR-CHAT to form Craspase (CRISPR-guided caspase). However, both the structural features of gRAMP and the immunity ...In the type III-E CRISPR-Cas system, a Cas effector (gRAMP) is associated with a TPR-CHAT to form Craspase (CRISPR-guided caspase). However, both the structural features of gRAMP and the immunity mechanism remain unknown for this system. Here, we report structures of gRAMP-crRNA and gRAMP:cRNA:target RNA as well as structures of Craspase and Craspase complexed with cognate target RNA (CTR) or non-cognate target RNA (NTR). Importantly, the 3' anti-tag region of NTR and CTR binds at two distinct channels in Craspase, and CTR with a non-complementary 3' anti-tag induces a marked conformational change of the TPR-CHAT, which allosterically activates its protease activity to cleave an ancillary protein Csx30. This cleavage then triggers an abortive infection as the antiviral strategy of the type III-E system. Together, our study provides crucial insights into both the catalytic mechanism of the gRAMP and the immunity mechanism of the type III-E system.
リンクMol Cell / PubMed:36306795
手法EM (単粒子)
解像度2.88 - 3.2 Å
構造データ

33429

7xso

EMDB-33429, PDB-7xso:
Structure of the type III-E CRISPR-Cas effector gRAMP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.01 Å

33430

7xsp

EMDB-33430, PDB-7xsp:
Structure of gRAMP-target RNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

33431

7xsq

EMDB-33431, PDB-7xsq:
Structure of the Craspase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.88 Å

33432

7xsr

EMDB-33432, PDB-7xsr:
Structure of Craspase-target RNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

33433

7xss

EMDB-33433, PDB-7xss:
Structure of Craspase-CTR
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

33439

7xt4

EMDB-33439, PDB-7xt4:
Structure of Craspase-NTR
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.08 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • candidatus scalindua brodae (バクテリア)
キーワードIMMUNE SYSTEM/RNA (免疫系) / IMMUNE SYSTEM-RNA complex (免疫系)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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